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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18407 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SidH from Legionella pneumophila in complex with LubX | |||||||||
マップデータ | EM Map of Legionella effector SidH bound to metaeffector LubX | |||||||||
試料 |
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キーワード | SidH / Legionella / tRNA-binding / EF-Tu-binding / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / GTPase activity / GTP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) / Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharma R / Adams M / Bhogaraju S | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for the toxicity of Legionella pneumophila effector SidH. 著者: Rahul Sharma / Michael Adams / Simonne Griffith-Jones / Tobias Sahr / Laura Gomez-Valero / Felix Weis / Michael Hons / Sarah Gharbi / Rayene Berkane / Alexandra Stolz / Carmen Buchrieser / Sagar Bhogaraju / 要旨: Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity ...Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity to proteins of known function is toxic when overexpressed in host cells. SidH is regulated by the LP metaeffector LubX which targets SidH for degradation in a temporal manner during LP infection. The mechanism underlying the toxicity of SidH and its role in LP infection are unknown. Here, we determined the cryo-EM structure of SidH at 2.7 Å revealing a unique alpha helical arrangement with no overall similarity to known protein structures. Surprisingly, purified SidH came bound to a E. coli EF-Tu/t-RNA/GTP ternary complex which could be modeled into the cryo-EM density. Mutation of residues disrupting the SidH-tRNA interface and SidH-EF-Tu interface abolish the toxicity of overexpressed SidH in human cells, a phenotype confirmed in infection of Acanthamoeba castellani. We also present the cryo-EM structure of SidH in complex with a U-box domain containing ubiquitin ligase LubX delineating the mechanism of regulation of SidH. Our data provide the basis for the toxicity of SidH and into its regulation by the metaeffector LubX. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18407.map.gz | 149.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18407-v30.xml emd-18407.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18407_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18407.png | 36.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18407.cif.gz | 8.1 KB | ||
その他 | emd_18407_half_map_1.map.gz emd_18407_half_map_2.map.gz | 194 MB 194.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18407 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18407 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18407_validation.pdf.gz | 675.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18407_full_validation.pdf.gz | 675.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18407_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18407_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18407 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18407 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qhcMC 8qfsC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EM Map of Legionella effector SidH bound to metaeffector LubX | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_18407_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_18407_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX
全体 | 名称: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX |
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要素 |
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-超分子 #1: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX
超分子 | 名称: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
-分子 #1: Elongation factor Tu
分子 | 名称: Elongation factor Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 43.370492 KDa |
配列 | 文字列: MSKEKFERTK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AITTVLAKTY GGAARAFDQI DNAPEEKARG ITINTSHVEY DTPTRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVAAT DGPMPQTREH ILLGRQVGVP YIIVFLNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS Q YDFPGDDT ...文字列: MSKEKFERTK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AITTVLAKTY GGAARAFDQI DNAPEEKARG ITINTSHVEY DTPTRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVAAT DGPMPQTREH ILLGRQVGVP YIIVFLNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS Q YDFPGDDT PIVRGSALKA LEGDAEWEAK ILELAGFLDS YIPEPERAID KPFLLPIEDV FSISGRGTVV TGRVERGIIK VG EEVEIVG IKETQKSTCT GVEMFRKLLD EGRAGENVGV LLRGIKREEI ERGQVLAKPG TIKPHTKFES EVYILSKDEG GRH TPFFKG YRPQFYFRTT DVTGTIELPE GVEMVMPGDN IKMVVTLIHP IAMDDGLRFA IREGGRTVGA GVVAKVLS UniProtKB: Elongation factor Tu |
-分子 #3: Protein SidH
分子 | 名称: Protein SidH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 255.113719 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM KRTIETYIIY LKEDLKIADT CKTIKDGLLK SITDKTHFSE ELATYFERDN PNAPFKVNTT DPTQVAVLK KLLNALENAE KSFRAIENID ISRDRYTAMI AKDAVMVSYK AVHEIYAALQ LINHSNSDIQ DIVGPHIQKL L PQMALASK ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM KRTIETYIIY LKEDLKIADT CKTIKDGLLK SITDKTHFSE ELATYFERDN PNAPFKVNTT DPTQVAVLK KLLNALENAE KSFRAIENID ISRDRYTAMI AKDAVMVSYK AVHEIYAALQ LINHSNSDIQ DIVGPHIQKL L PQMALASK ALGNFAPEHP EESAGAVLAG VVNMLPTEKP TESESLGKLS NLIFELPHYF EELQKLIATG ASGIATKSIT SA EDYQSAM IKKANETKYY FEQLSSKSGL LAIPSYLSIV KRLIAHSTDL VNAGAPLTKQ AYLDAVAKLE DIKHNILPQL ISE LEMVEE SMGLKPGLLT DPALEQMNKY YTQLAEQVDN IAKAAGVLDT VSDYSDSIGG KIVRFLAGDS KKLDVGPKLT PAPD LGVLM DDVFIQKRRS NQESRLNEAR LSSEDKSVLA AANRFFDKIG SYNSIHKAWS KWSLANISQS EKDALIKEYK QFQPH FAAL YPDIDKLVVD ALTQPTGSNI VSRLYSSDYK QLWSSDHFKQ VLSCKDSVLS SIQQSLAQSE FKAKLIEKTM SHSEET AYS MNNKTTNLTT RVQPFEPLKF TLEDDKPVEY YHKRVIAASN QILELERAQK GVAEFFNYIQ KKYPHENPSF DSLDESD KE FLRKAYKTFQ PQLLALKHDD INTRLVSSLT SSKPTDPPLR LTDLVSLKSG INDYLNEKIS DLNQDKTTLL DKEEEARE E QYAKNPLVAK GAELEKQTLF GQMSKLKLSK SVDDFFNKKF QTYLKDNLSP EVWKQLSSNG ETLDFDKIPY LEFHKDSPE VAMYKQLINS MHYMKNGLEK LESLNDYGDP NNIYHRTRFV MTTFNALVMN ICFSKYYVME AGNNPGLKAI VQEGLDLLKP LEGMPLIGD YLKTTEKQEP PKQNIITAWK KQQAVVESGL SKGPKPKTDQ QLISEQLGKI QEAIDNFDGD LEVSDSAREK I KTQIGEFA KGISGLSFGP GSVKKILAAL TKLETQLSNL DKESPEVTLG KLKDIHSELN AQFRAAAEYT EYHSGQKFGS YS NNISTIV SNFCNGLVSN LPLKQEPAPK VKAPEKPVTP VITGTTNPHE VVFGTKHEEF NSVYQPYLLL KRITDEFRDQ NNP YKPSFD ELKEEAVSYY DKIQPLLESV DPKFDKNFIA KHKESSTLLK AIDEVMSMRQ RINNPESSFA KLKDLHLEGD FEKE ENKEK FRQLYKEIQP YLHKIDSTYD QTQFLEGLKT AKDFSGALQR IMNEENALQQ STSLKDTSYL QLIAESLYQI PVKLN KLKA EPDTPEPSKE EIDANVKAFV EGLNGLSFGP GSVKKILSTA AKLQMQLSDI GKEGRELTMG RLKEIQAEFG TILMAA ADN AEFHLGLKPG TYSRTVSERF EKFYSSLIVN LPLEKDQTGL ELLIDTTSTQ KRLAREMERL ESVKEDTSAI DTKKSIF GT EHEQFSTLYQ PYASLRHIAK DIEDGVHMNL YERTLEELKE EASNEYKKIQ PYLAKINPEF TEDYISKTDG EYSLLHAI D RVFEERHKIN KPSSPFDKLR DLYLDGDFEK EENKEQFLQL YAELQPHLIK INYQYDLAYF LRELQTPEDF KAATERIIN DESKLQELIT GLDDTKRLKV KLCEERIGYF IDLLKKQELE VGPEKIQAFK EKIFFNYIHA NVNSALDAKI GSHAEQFLQF IEKDFLDKK NEILEKITID QDMEEEIAKA IDRIAPDIIN NKIESFKKLL FDSYIQSDIK NSLHNELGIY TSLFIDKISP E IHLHQSEI LGNVAFDSKM GAEIGSKINA ITPGILLNNN PLKEAYVDLN NTLKEINTLL DEENKKTRDN PCRNEKIAKL TS LKDRLSD LDSIPKENTV EFLKKMQEET RSSLKSLESN DALINIYDVL NSLKETIENG SDLPEIKKDK LQMISDVQNI LSN FDKNPA ERLNLAVQIL NDSNPEVLSK TKGNFLIGEA FKGQVFTNYI NTKISEQLNN ELGPYGKVFL KQIMPDFIAK KSEI IKEIA IDNMETGLET QFKIHAPAIF EKNKELKAAY EQLNVHLKEV QSLIEAEEKK PKGNPCREEK IAALRSHQSQ LMNTQ RIPD HETLRFLQEQ NKSAKSFMGK LEKYDTMISV YDSLTEIREH VSNHKSLSKE IKDEKIQEIS KMEDMLKTTS KEPSIR LAE VKAHGLSDQC KNVLLKNSDN FLVSFFKTLF SKLFNIKNEN ETLVSSFKQR LQNIKGPEPV ATPMETPENE APLVNAN IT RF UniProtKB: SidH |
-分子 #4: E3 ubiquitin--protein ligase
分子 | 名称: E3 ubiquitin--protein ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 30.50683 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHSAG LEVLFQGPMG YRIEMATRNP FDIDHKSKYL REAALEANLS HPETTPTMLT CPIDSGFLKD PVITPEGFVY NKSSILKWL ETKKEDPQSR KPLTAKDLQP FPELLIIVNR FVETQTNYEK LKNRLVQNAR VAARQKEYTE IPDIFLCPIS K TLIKTPVI ...文字列: MHHHHHHSAG LEVLFQGPMG YRIEMATRNP FDIDHKSKYL REAALEANLS HPETTPTMLT CPIDSGFLKD PVITPEGFVY NKSSILKWL ETKKEDPQSR KPLTAKDLQP FPELLIIVNR FVETQTNYEK LKNRLVQNAR VAARQKEYTE IPDIFLCPIS K TLIKTPVI TAQGKVYDQE ALSNFLIATG NKDETGKKLS IDDVVVFDEL YQQIKVYNFY RKREMQKNQI QPSVSSGFGF FS LNFLTSW LWGTEEKKEK TSSDMTY UniProtKB: E3 ubiquitin--protein ligase |
-分子 #2: t-RNA
分子 | 名称: t-RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 24.620766 KDa |
配列 | 文字列: GCCCGGA(4SU)AG CUCAG(H2U)CGG(H2U) AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUG(3AU)CCU UGG(5MU)(PSU)C GAU UCCGAGUCCG GGCACCA |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 43.37 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |