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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of apo Clostridioides difficile toxin B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | overall map used for defining masked regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | microbiology / pore forming region / CROP dynamics / TOXIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Kinsolving J / Bous J / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insight into the interaction of Clostridioides difficile toxin B and FZD. 著者: Julia Kinsolving / Julien Bous / Pawel Kozielewicz / Sara Košenina / Rawan Shekhani / Lukas Grätz / Geoffrey Masuyer / Yuankai Wang / Pål Stenmark / Min Dong / Gunnar Schulte / ![]() ![]() 要旨: The G protein-coupled receptors of the Frizzled (FZD) family, in particular FZD, are receptors that are exploited by Clostridioides difficile toxin B (TcdB), the major virulence factor responsible ...The G protein-coupled receptors of the Frizzled (FZD) family, in particular FZD, are receptors that are exploited by Clostridioides difficile toxin B (TcdB), the major virulence factor responsible for pathogenesis associated with Clostridioides difficile infection. We employ a live-cell assay examining the affinity between full-length FZDs and TcdB. Moreover, we present cryoelectron microscopy structures of TcdB alone and in complex with full-length FZD, which reveal that large structural rearrangements of the combined repetitive polypeptide domain are required for interaction with FZDs and other TcdB receptors, constituting a first step for receptor recognition. Furthermore, we show that bezlotoxumab, an FDA-approved monoclonal antibody to treat Clostridioides difficile infection, favors the apo-TcdB structure and thus disrupts binding with FZD. The dynamic transition between the two conformations of TcdB also governs the stability of the pore-forming region. Thus, our work provides structural and functional insight into how conformational dynamics of TcdB determine receptor binding. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 447.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.9 KB 24.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() ![]() ![]() | 16.5 KB 16.5 KB 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 77.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 476.8 MB 476.8 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 441.9 MB 441.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qenMC ![]() 8qeoC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | overall map used for defining masked regions | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1592 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18373_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18373_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : apo-structure of Clostridioides difficile toxin B
全体 | 名称: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B |
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要素 |
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-超分子 #1: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B
超分子 | 名称: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Masked region 1
超分子 | 名称: Masked region 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Masked region 2
超分子 | 名称: Masked region 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Toxin B
分子 | 名称: Toxin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 273.551562 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDKLVHLNQR GKCTMSLVNR KQLEKMANVR FRTQEDEYVA ILDALEEYHN MSENTVVEKY LKLKDINSLT DIYIDTYKKS GRNKALKKF KEYLVTEVLE LKNNNLTPVE KNLHFVWIGG QINDTAINYI NQWKDVNSDY NVNVFYDSNA FLINTLKKTV V ESAINDTL ...文字列: MDKLVHLNQR GKCTMSLVNR KQLEKMANVR FRTQEDEYVA ILDALEEYHN MSENTVVEKY LKLKDINSLT DIYIDTYKKS GRNKALKKF KEYLVTEVLE LKNNNLTPVE KNLHFVWIGG QINDTAINYI NQWKDVNSDY NVNVFYDSNA FLINTLKKTV V ESAINDTL ESFRENLNDP RFDYNKFFRK RMEIIYDKQK NFINYYKAQR EENPELIIDD IVKTYLSNEY SKEIDELNTY IE ESLNKIT QNSGNDVRNF EEFKNGESFN LYEQELVERW NLAAASDILR ISALKEIGGM YLDVDMLPGI QPDLFESIEK PSS VTVDFW EMTKLEAIMK YKEYIPEYTS EHFDMLDEEV QSSFESVLAS KSDKSEIFSS LGDMEASPLE VKIAFNSKGI INQG LISVK DSYCSNLIVK QIENRYKILN NSLNPAISED NDFNTTTNTF IDSIMAEANA DNGRFMMELG KYLRVGFFPD VKTTI NLSG PEAYAAAYQD LLMFKEGSMN IHLIEADLRN FEISKTNISQ STEQEMASLW SFDDARAKAQ FEEYKRNYFE GSLGED DNL DFSQNIVVDK EYLLEKISSL ARSSERGYIH YIVQLQGDKI SYEAACNLFA KTPYDSVLFQ KNIEDSEIAY YYNPGDG EI QEIDKYKIPS IISDRPKIKL TFIGHGKDEF NTDIFAGFDV DSLSTEIEAA IDLAKEDISP KSIEINLLGC NMFSYSIN V EETYPGKLLL KVKDKISELM PSISQDSIIV SANQYEVRIN SEGRRELLDH SGEWINKEES IIKDISSKEY ISFNPKENK ITVKSKNLPE LSTLLQEIRN NSNSSDIELE EKVMLTECEI NVISNIDTQI VEERIEEAKN LTSDSINYIK DEFKLIESIS DALCDLKQQ NELEDSHFIS FEDISETDEG FSIRFINKET GESIFVETEK TIFSEYANHI TEEISKIKGT IFDTVNGKLV K KVNLDTTH EVNTLNAAFF IQSLIEYNSS KESLSNLSVA MKVQVYAQLF STGLNTITDA AKVVELVSTA LDETIDLLPT LS EGLPIIA TIIDGVSLGA AIKELSETSD PLLRQEIEAK IGIMAVNLTT ATTAIITSSL GIASGFSILL VPLAGISAGI PSL VNNELV LRDKATKVVD YFKHVSLVET EGVFTLLDDK IMMPQDDLVI SEIDFNNNSI VLGKCEIWRM EGGSGHTVTD DIDH FFSAP SITYREPHLS IYDVLEVQKE ELDLSKDLMV LPNAPNRVFA WETGWTPGLR SLENDGTKLL DRIRDNYEGE FYWRY FAFI ADALITTLKP RYEDTNIRIN LDSNTRSFIV PIITTEYIRE KLSYSFYGSG GTYALSLSQY NMGINIELSE SDVWII DVD NVVRDVTIES DKIKKGDLIE GILSTLSIEE NKIILNSHEI NFSGEVNGSN GFVSLTFSIL EGINAIIEVD LLSKSYK LL ISGELKILML NSNHIQQKID YIGFNSELQK NIPYSFVDSE GKENGFINGS TKEGLFVSEL PDVVLISKVY MDDSKPSF G YYSNNLKDVK VITKDNVNIL TGYYLKDDIK ISLSLTLQDE KTIKLNSVHL DESGVAEILK FMNRKGNTNT SDSLMSFLE SMNIKSIFVN FLQSNIKFIL DANFIISGTT SIGQFEFICD ENDNIQPYFI KFNTLETNYT LYVGNRQNMI VEPNYDLDDS GDISSTVIN FSQKYLYGID SCVNKVVISP NIYTDEINIT PVYETNNTYP EVIVLDANYI NEKINVNIND LSIRYVWSND G NDFILMST SEENKVSQVK IRFVNVFKDK TLANKLSFNF SDKQDVPVSE IILSFTPSYY EDGLIGYDLG LVSLYNEKFY IN NFGMMVS GLIYINDSLY YFKPPVNNLI TGFVTVGDDK YYFNPINGGA ASIGETIIDD KNYYFNQSGV LQTGVFSTED GFK YFAPAN TLDENLEGEA IDFTGKLIID ENIYYFDDNY RGAVEWKELD GEMHYFSPET GKAFKGLNQI GDYKYYFNSD GVMQ KGFVS INDNKHYFDD SGVMKVGYTE IDGKHFYFAE NGEMQIGVFN TEDGFKYFAH HNEDLGNEEG EEISYSGILN FNNKI YYFD DSFTAVVGWK DLEDGSKYYF DEDTAEAYIG LSLINDGQYY FNDDGIMQVG FVTINDKVFY FSDSGIIESG VQNIDD NYF YIDDNGIVQI GVFDTSDGYK YFAPANTVND NIYGQAVEYS GLVRVGEDVY YFGETYTIET GWIYDMENES DKYYFNP ET KKACKGINLI DDIKYYFDEK GIMRTGLISF ENNNYYFNEN GEMQFGYINI EDKMFYFGED GVMQIGVFNT PDGFKYFA H QNTLDENFEG ESINYTGWLD LDEKRYYFTD EYIAATGSVI IDGEEYYFDP DTAQLVISEG YRPHAGLRGS HHHHHH UniProtKB: Toxin B |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.630 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 100 mM TRIS-HCl pH 7.5 200 mM NaCl 0.002% LMNG 0.0002% CHS 0.0002% GDN | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.101 kPa | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17269 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.453 e/Å2 詳細: Images collected in super-resolution mode, faster acquisition mode, with 4 exposures per hole |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8qen: |