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万見
- EMDB-1788: Doublecortin-stabilised microtubules at secondary structure resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1788
タイトルDoublecortin-stabilised microtubules at secondary structure resolution
マップデータThis is the corner between 4 tubulin dimers bound by doublecortin, in 13-protofilament microtubules
試料
  • 試料: Microtubules co-polymerised with doublecortin
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1D chain
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
  • タンパク質・ペプチド: Doublecortin
キーワードTubulin / MAP / microtubule / stabilisation / doublecortin
機能・相同性
機能・相同性情報


axoneme assembly / Neurofascin interactions / positive regulation of axon guidance / microtubule associated complex / microtubule organizing center / microtubule-based process / central nervous system development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron migration / structural constituent of cytoskeleton ...axoneme assembly / Neurofascin interactions / positive regulation of axon guidance / microtubule associated complex / microtubule organizing center / microtubule-based process / central nervous system development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuron migration / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / retina development in camera-type eye / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / intracellular signal transduction / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neuronal migration protein doublecortin, chordata / : / Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin ...Neuronal migration protein doublecortin, chordata / : / Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal migration protein doublecortin / Tubulin alpha-1D chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Fourniol FJ / Sindelar CV / Amigues B / Clare D / Thomas G / Perderiset M / Francis F / Houdusse A / Moores CA
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2010
タイトル: Template-free 13-protofilament microtubule-MAP assembly visualized at 8 A resolution.
著者: Franck J Fourniol / Charles V Sindelar / Béatrice Amigues / Daniel K Clare / Geraint Thomas / Mylène Perderiset / Fiona Francis / Anne Houdusse / Carolyn A Moores /
要旨: Microtubule-associated proteins (MAPs) are essential for regulating and organizing cellular microtubules (MTs). However, our mechanistic understanding of MAP function is limited by a lack of detailed ...Microtubule-associated proteins (MAPs) are essential for regulating and organizing cellular microtubules (MTs). However, our mechanistic understanding of MAP function is limited by a lack of detailed structural information. Using cryo-electron microscopy and single particle algorithms, we solved the 8 Å structure of doublecortin (DCX)-stabilized MTs. Because of DCX's unusual ability to specifically nucleate and stabilize 13-protofilament MTs, our reconstruction provides unprecedented insight into the structure of MTs with an in vivo architecture, and in the absence of a stabilizing drug. DCX specifically recognizes the corner of four tubulin dimers, a binding mode ideally suited to stabilizing both lateral and longitudinal lattice contacts. A striking consequence of this is that DCX does not bind the MT seam. DCX binding on the MT surface indirectly stabilizes conserved tubulin-tubulin lateral contacts in the MT lumen, operating independently of the nucleotide bound to tubulin. DCX's exquisite binding selectivity uncovers important insights into regulation of cellular MTs.
履歴
登録2010年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年9月24日-
マップ公開2010年10月29日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.92
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.92
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2xrp
  • 表面レベル: 0.92
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 319.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the corner between 4 tubulin dimers bound by doublecortin, in 13-protofilament microtubules
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.92 / ムービー #1: 0.92
最小 - 最大-4.73387 - 5.69783
平均 (標準偏差)0.106293 (±0.755376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0150
サイズ503449
Spacing503449
セルA: 95.2 Å / B: 140 Å / C: 137.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z345049
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z95.200140.000137.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS1500
NC/NR/NS345049
D min/max/mean-4.7345.6980.106

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubules co-polymerised with doublecortin

全体名称: Microtubules co-polymerised with doublecortin
要素
  • 試料: Microtubules co-polymerised with doublecortin
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1D chain
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
  • タンパク質・ペプチド: Doublecortin

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超分子 #1000: Microtubules co-polymerised with doublecortin

超分子名称: Microtubules co-polymerised with doublecortin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 13-protofilament microtubule / Number unique components: 2

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分子 #1: Tubulin alpha-1D chain

分子名称: Tubulin alpha-1D chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Alpha Tubulin / 集合状態: Heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Bovine / 組織: Brain / 細胞中の位置: Cytoplasm
配列InterPro: Alpha tubulin

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分子 #2: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Beta Tubulin / 集合状態: Heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Bovine / 組織: Brain / 細胞中の位置: Cytoplasm
配列InterPro: Beta tubulin, autoregulation binding site

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分子 #3: Doublecortin

分子名称: Doublecortin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: DCX / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (Sf9) / 組換プラスミド: pFastBac
配列InterPro: Doublecortin domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
詳細: 80mM Pipes, 1mM EGTA, 3mM MgCl2, 1mM TCEP, 0.5mM GTP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: 300 mesh lacey carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot (FEI) / 手法: Chamber at 37 degrees C, blot 2s

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 63 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / 詳細: Images were binned with a factor of 2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.76 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, FREALIGN
詳細: Approximately 168,000 asymmetric units were averaged together in the final map
CTF補正詳細: done with FREALIGN

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jff

ソフトウェア名称: UCSF Chimera, Flex-EM
詳細Protocol: Rigid body. 4 tubulin monomers were fitted separately in 3D map, which was zoned around the subunits, and multiple subunit fitting was refined in Flex-EM
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-2xrp:
Human Doublecortin N-DC Repeat (1MJD) and Mammalian Tubulin (1JFF and 3HKE) Docked into the 8-Angstrom Cryo-EM Map of Doublecortin- Stabilised Microtubules

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1mjd


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: UCSF Chimera, Flex-EM
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. 4 tubulin monomers were fitted separately in 3D map, which was zoned around the subunits, and multiple subunit fitting was refined in Flex-EM
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-2xrp:
Human Doublecortin N-DC Repeat (1MJD) and Mammalian Tubulin (1JFF and 3HKE) Docked into the 8-Angstrom Cryo-EM Map of Doublecortin- Stabilised Microtubules

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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