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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17878 | |||||||||||||||
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タイトル | 2.5 A cryo-EM structure of the in vitro FimD-catalyzed assembly of type 1 pilus rod | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | FimA / pilus (性繊毛) / monomer (モノマー) / subunit / pili / main structural subunit / high resolution (解像度) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / helical processing / RELION / Chaperone-usher pilus | |||||||||||||||
機能・相同性 | Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / 性繊毛 / 細胞接着 / identical protein binding / Type-1 fimbrial protein, A chain 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zyla D / Hospenthal M / Glockshuber R / Waksman G | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: The assembly platform FimD is required to obtain the most stable quaternary structure of type 1 pili. 著者: Dawid S Zyla / Thomas Wiegand / Paul Bachmann / Rafal Zdanowicz / Christoph Giese / Beat H Meier / Gabriel Waksman / Manuela K Hospenthal / Rudi Glockshuber / 要旨: Type 1 pili are important virulence factors of uropathogenic Escherichia coli that mediate bacterial attachment to epithelial cells in the urinary tract. The pilus rod is comprised of thousands of ...Type 1 pili are important virulence factors of uropathogenic Escherichia coli that mediate bacterial attachment to epithelial cells in the urinary tract. The pilus rod is comprised of thousands of copies of the main structural subunit FimA and is assembled in vivo by the assembly platform FimD. Although type 1 pilus rods can self-assemble from FimA in vitro, this reaction is slower and produces structures with lower kinetic stability against denaturants compared to in vivo-assembled rods. Our study reveals that FimD-catalysed in vitro-assembled type 1 pilus rods attain a similar stability as pilus rods assembled in vivo. Employing structural, biophysical and biochemical analyses, we show that in vitro assembly reactions lacking FimD produce pilus rods with structural defects, reducing their stability against dissociation. Overall, our results indicate that FimD is not only required for the catalysis of pilus assembly, but also to control the assembly of the most stable quaternary structure. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17878.map.gz | 5.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17878-v30.xml emd-17878.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17878.png | 52.8 KB | ||
マスクデータ | emd_17878_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17878.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_17878_half_map_1.map.gz emd_17878_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17878 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17878 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17878_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17878_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17878_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type 1 pilus rod
全体 | 名称: Type 1 pilus rod |
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要素 |
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-超分子 #1: Type 1 pilus rod
超分子 | 名称: Type 1 pilus rod / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Type 1 pilus rod assembled from FimA-FimC complexes in vitro in the presence of the usher FimD activated by FimG/FimF (250 molar excess of FimA-FimC over FimD) |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 20.3 kDa/nm |
-分子 #1: Type-1 fimbrial protein, A chain
分子 | 名称: Type-1 fimbrial protein, A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 18.121074 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKIKTLAIVV LSALSLSSTA ALAAATTVNG GTVHFKGEVV NAACAVDAGS VDQTVQLGQV RTASLAQEGA TSSAVGFNIQ LNDCDTNVA SKAAVAFLGT AIDAGHTNVL ALQSSAAGSA TNVGVQILDR TGAALTLDGA TFSSETTLNN GTNTIPFQAR Y FATGAATP GAANADATFK VQYQ UniProtKB: Type-1 fimbrial protein, A chain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1.58 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: in ddH2O. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 ul sample, 30 s wait time, 0.5 s drain time, 6 s blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 47393 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 725 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
Segment selection | 選択した数: 416000 / ソフトウェア - 名称: RELION 詳細: Autopicking based on the 2D classes from manually chosen filaments |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 115.0 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 詳細: standard Relion protocol / 使用した粒子像数: 135000 |