+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1776 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The eye lens chaperone alphaB-crystallin forms defined globular, 24meric assemblies | |||||||||
マップデータ | This is a map of human alphaB crystallin | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Molecular chaperone / Protein Aggregation / Small Heat Shock Protein / Stress Response | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / microtubule binding / perikaryon / dendritic spine / lysosome / response to hypoxia / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Peschek J / Braun N / Franzmann TM / Georgalis Y / Haslbeck M / Weinkauf S / Buchner J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009 タイトル: The eye lens chaperone alpha-crystallin forms defined globular assemblies. 著者: Jirka Peschek / Nathalie Braun / Titus M Franzmann / Yannis Georgalis / Martin Haslbeck / Sevil Weinkauf / Johannes Buchner / 要旨: Alpha-crystallins are molecular chaperones that protect vertebrate eye lens proteins from detrimental protein aggregation. alphaB-Crystallin, 1 of the 2 alpha-crystallin isoforms, is also associated ...Alpha-crystallins are molecular chaperones that protect vertebrate eye lens proteins from detrimental protein aggregation. alphaB-Crystallin, 1 of the 2 alpha-crystallin isoforms, is also associated with myopathies and neuropathological diseases. Despite the importance of alpha-crystallins in protein homeostasis, only little is known about their quaternary structures because of their seemingly polydisperse nature. Here, we analyzed the structures of recombinant alpha-crystallins using biophysical methods. In contrast to previous reports, we show that alphaB-crystallin assembles into defined oligomers consisting of 24 subunits. The 3-dimensional (3D) reconstruction of alphaB-crystallin by electron microscopy reveals a sphere-like structure with large openings to the interior of the protein. alphaA-Crystallin forms, in addition to complexes of 24 subunits, also smaller oligomers and large clusters consisting of individual oligomers. This propensity might explain the previously reported polydisperse nature of alpha-crystallin. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1776.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1776-v30.xml emd-1776.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1776.gif EMD-1776.jpg | 61.2 KB 100.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1776 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1776 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1776_validation.pdf.gz | 208.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1776_full_validation.pdf.gz | 207.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1776_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1776 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1776 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is a map of human alphaB crystallin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human alphaB crystallin
全体 | 名称: Human alphaB crystallin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Human alphaB crystallin
超分子 | 名称: Human alphaB crystallin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 24-mer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 485 KDa |
-分子 #1: alphaB crystallin
分子 | 名称: alphaB crystallin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Small heat shock protein / コピー数: 24 / 集合状態: 24mer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 137mM NaCl, 2.7mM KCl, 12 mM PBS |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Samples were negatively stained for 30s using Ammonium Molybdate solution pH 5.5 |
グリッド | 詳細: 300 mesh carbon-coated copper grids |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 100CX |
---|---|
日付 | 2008年2月6日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.69 µm / 実像数: 11 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.8 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
詳細 | After correction of contrast transfer function by phase flipping the reconstructions have been performed by iterative cycles of MRA, MSA, classification and angular reconstitution of the obtained class averages. See also publication Peschek et al., 2009. The eye lens chaperone alpha-crystallin forms defined globular assemblies. PNAS 106 |
---|---|
CTF補正 | 詳細: Phase flipping of each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 詳細: Final maps were calculated from 40 class averages / 使用した粒子像数: 2565 |
最終 2次元分類 | クラス数: 40 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: C |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. The dimers were separately fitted by manual docking using program chimera. AS 14-103 were used |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3j07: |