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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Befiradol-bound serotonin 5-HT1A receptor - Gi Protein Complex | ||||||||||||
![]() | sharpened and filtered map | ||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of serotonin secretion / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of hormone secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor signaling pathway / receptor-receptor interaction / regulation of dopamine metabolic process / serotonin metabolic process ...regulation of serotonin secretion / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / regulation of hormone secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor signaling pathway / receptor-receptor interaction / regulation of dopamine metabolic process / serotonin metabolic process / serotonin binding / G protein-coupled serotonin receptor activity / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / exploration behavior / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / regulation of vasoconstriction / Adenylate cyclase inhibitory pathway / behavioral fear response / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / response to peptide hormone / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell cycle / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / synapse / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / nucleolus / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Schneider J / Gmeiner P / Hove TT / Rasmussen T / Boettcher B | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of a functionally selective serotonin 1A receptor agonist for the treatment of pain 著者: Boettcher B | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 58.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 141.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 846.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 846.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pkmMC ![]() 8pjkC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened and filtered map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91375 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17747_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17747_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : befiradol-bound Serotonin 5-HT1A receptor - Gi Protein Complex
全体 | 名称: befiradol-bound Serotonin 5-HT1A receptor - Gi Protein Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: befiradol-bound Serotonin 5-HT1A receptor - Gi Protein Complex
超分子 | 名称: befiradol-bound Serotonin 5-HT1A receptor - Gi Protein Complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Complex of human serotonin 5-HT1A receptor and Gi Protein bound to the agonist befiradol |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.414047 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.810352 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHG SSGSELDQLR QEAEQLKNQI RDARKACADA TLSQITNNID PVGRIQMRTR RTLRGHLAKI YAMHWGTDSR LLVSASQDG KLIIWDSYTT NKVHAIPLRS SWVMTCAYAP SGNYVACGGL DNICSIYNLK TREGNVRVSR ELAGHTGYLS C CRFLDDNQ ...文字列: MHHHHHHHHG SSGSELDQLR QEAEQLKNQI RDARKACADA TLSQITNNID PVGRIQMRTR RTLRGHLAKI YAMHWGTDSR LLVSASQDG KLIIWDSYTT NKVHAIPLRS SWVMTCAYAP SGNYVACGGL DNICSIYNLK TREGNVRVSR ELAGHTGYLS C CRFLDDNQ IVTSSGDTTC ALWDIETGQQ TTTFTGHTGD VMSLSLAPDT RLFVSGACDA SAKLWDVREG MCRQTFTGHE SD INAICFF PNGNAFATGS DDATCRLFDL RADQELMTYS HDNIICGITS VSFSKSGRLL LAGYDDFNCN VWDALKADRA GVL AGHDNR VSCLGVTDDG MAVATGSWDS FLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: 5-hydroxytryptamine receptor 1A
分子 | 名称: 5-hydroxytryptamine receptor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 51.431578 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAAAHHH HHHHHHHENL YFQGMDVLSP GQGNNTTSPP APFETGGNTT GISDVTVSYQ VITSLLLGT LIFCAVLGNA CVVAAIALER SLQNVANYLI GSLAVTDLMV SVLVLPMAAL YQVLNKWTLG QVTCDLFIAL D VLCCTSSI ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAAAHHH HHHHHHHENL YFQGMDVLSP GQGNNTTSPP APFETGGNTT GISDVTVSYQ VITSLLLGT LIFCAVLGNA CVVAAIALER SLQNVANYLI GSLAVTDLMV SVLVLPMAAL YQVLNKWTLG QVTCDLFIAL D VLCCTSSI WHLCAIALDR YWAITDPIDY VNKRTPRRAA ALISLTWLIG FLISIPPMLG WRTPEDRSDP DACTISKDHG YT IYSTFGA FYIPLLLMLV LYGRIFRAAR FRIRKTVKKV EKTGADTRHG ASPAPQPKKS VNGESGSRNW RLGVESKAGG ALC ANGAVR QGDDGAALEV IEVHRVGNSK EHLPLPSEAG PTPCAPASFE RKNERNAEAK RKMALARERK TVKTLGIIMG TFIL CWLPF FIVALVLPFC ESSCHMPTLL GAIINWLGYS NSLLNPVIYA YFNKDFQNAF KKIIKCKFCR Q UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 1A |
-分子 #5: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #6: (2R)-1-(heptadecanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,...
分子 | 名称: (2R)-1-(heptadecanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: T7M |
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分子量 | 理論値: 953.081 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-T7M: |
-分子 #7: (3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)-[4-fluoranyl-4-[[(5-methylpyridi...
分子 | 名称: (3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)-[4-fluoranyl-4-[[(5-methylpyridin-2-yl)methylamino]methyl]piperidin-1-yl]methanone タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZKV |
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分子量 | 理論値: 393.858 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.9 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 100 mM NaCl, 20 mM HEPES, 0.002% LMNG, 0.0004 CHS | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse with a few impurities through dimeric complexes. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11578 / 平均露光時間: 5.8 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8pkm: |