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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17730 | |||||||||
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タイトル | masked refinement giving rise to better defined protruding densities of the potential macrodomain outside the AUD helical assemblies. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Helical scaffold / Replication complex / Alpha granules / Viral factories / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Reguera J / Hons M / Zimberger C / Ptchelkine D / Jones R / Desfosses A | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The alphavirus nsP3 protein forms helical tubular scaffolds important for viral replication and particle assembly 著者: Reguera J / Hons M / Zimberger C / Ptchelkine D / Jones R / Desfosses A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17730.map.gz | 203.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17730-v30.xml emd-17730.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17730_fsc.xml | 14.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17730.png | 119.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17730.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_17730_additional_1.map.gz emd_17730_additional_2.map.gz emd_17730_half_map_1.map.gz emd_17730_half_map_2.map.gz | 5.7 MB 200.2 MB 204.5 MB 204.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17730 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17730 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17730_validation.pdf.gz | 766.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17730_full_validation.pdf.gz | 765.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17730_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17730_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17730 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17730 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 259.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Class of a mask including 16 protomers Map alligned to EMD-17729
ファイル | emd_17730_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Class of a mask including 16 protomers Map alligned to EMD-17729 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map alligned to EMD-17729
ファイル | emd_17730_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Map alligned to EMD-17729 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17730_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17730_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique al...
全体 | 名称: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain. |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique al...
超分子 | 名称: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 220.25 kDa/nm |
-分子 #1: Chikungunya virus non structural protein 3
分子 | 名称: Chikungunya virus non structural protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Zn / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: APSYRVKRMD IAKNDEECVV NAANPRGLPG DGVCKAVYKK WPESFKNSAT PVGTAKTVMC GTYPVIHAVG PNFSNYSESE GDRELAAAYR EVAKEVTRLG VNSVAIPLLS TGVYSGGKDR LTQSLNHLFT AMDSTDADVV IYCRDKEWEK KISEAIQMRT QVELLDEHIS ...文字列: APSYRVKRMD IAKNDEECVV NAANPRGLPG DGVCKAVYKK WPESFKNSAT PVGTAKTVMC GTYPVIHAVG PNFSNYSESE GDRELAAAYR EVAKEVTRLG VNSVAIPLLS TGVYSGGKDR LTQSLNHLFT AMDSTDADVV IYCRDKEWEK KISEAIQMRT QVELLDEHIS IDCDVVRVHP DSSLAGRKGY STTEGALYSY LEGTRFHQTA VDMAEIYTMW PKQTEANEQV CLYALGESIE SIRQKCPVDD ADASSPPKTV PCLCRYAMTP ERVTRLRMNH VTSIIVCSSF PLPKYKIEGV QKVKCSKVML FDHNVPSRVS PREYRPSQES VQEASTTTSL THSQFDLSVD GKILPVPSDL DADAPALEPA LDDGAIHTLP SATGNLAAVS DWVMSTVPVA PPRRRRGRNL TVTCDEREGN ITPMASVRFF RAELCPVVQE TAETRDTAMS LQAPPSTATE LSHPPISFGA PSETFPITFG DFNEGEIESL SSELLTFGDF LPGEVDDLTD SDWSTCSDTD DEL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
詳細 | his sample was heterogeneous in lenght |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 18.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |