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- EMDB-17721: human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 3 with GTPBP5 -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 3 with GTPBP5 | |||||||||
![]() | full map, sharpened | |||||||||
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![]() | mitochondria / maturation / biogenesis / ribosome / GTPBP5 / OBGH1 / LSU | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||
![]() | Kummer E / Nguyen TG | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the role of GTPBP10 in the RNA maturation of the mitoribosome. 著者: Thu Giang Nguyen / Christina Ritter / Eva Kummer / ![]() 要旨: Mitochondria contain their own genetic information and a dedicated translation system to express it. The mitochondrial ribosome is assembled from mitochondrial-encoded RNA and nuclear-encoded ...Mitochondria contain their own genetic information and a dedicated translation system to express it. The mitochondrial ribosome is assembled from mitochondrial-encoded RNA and nuclear-encoded ribosomal proteins. Assembly is coordinated in the mitochondrial matrix by biogenesis factors that transiently associate with the maturing particle. Here, we present a structural snapshot of a large mitoribosomal subunit assembly intermediate containing 7 biogenesis factors including the GTPases GTPBP7 and GTPBP10. Our structure illustrates how GTPBP10 aids the folding of the ribosomal RNA during the biogenesis process, how this process is related to bacterial ribosome biogenesis, and why mitochondria require two biogenesis factors in contrast to only one in bacteria. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 398.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 117.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 421.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 212.3 MB 391 MB 390.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | full map, sharpened | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: full map, unsharpened
ファイル | emd_17721_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | full map, unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17721_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17721_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : large mitoribosomal subunit biogenesis intermediate with GTPBP10,...
全体 | 名称: large mitoribosomal subunit biogenesis intermediate with GTPBP10, GTPBP7, NSUN4-MTERF4, ACP-module |
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要素 |
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-超分子 #1: large mitoribosomal subunit biogenesis intermediate with GTPBP10,...
超分子 | 名称: large mitoribosomal subunit biogenesis intermediate with GTPBP10, GTPBP7, NSUN4-MTERF4, ACP-module タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#58 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.9 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39296 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |