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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17678 | |||||||||
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タイトル | Helical reconstruction of CHIKV nsP3 helical scaffolds | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Helical scaffold / Replication complex / Alpha granules / Viral factories / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Reguera J / Hons M / Zimberger C / Ptchelkine D / Jones R / Desfosses A | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: The alphavirus nsP3 protein forms helical tubular scaffolds important for viral replication and particle assembly 著者: Reguera J / Hons M / Zimberger C / Ptchelkine D / Jones R / Desfosses A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17678.map.gz | 244.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17678-v30.xml emd-17678.xml | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17678_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17678.png | 97.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17678.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_17678_additional_1.map.gz emd_17678_additional_2.map.gz emd_17678_additional_3.map.gz emd_17678_half_map_1.map.gz emd_17678_half_map_2.map.gz | 201.2 MB 128.3 MB 5.7 MB 239.8 MB 239.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17678 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17678 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17678_validation.pdf.gz | 806.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17678_full_validation.pdf.gz | 805.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17678_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17678_validation.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17678 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17678 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 259.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: This is a masked refinement of the perifery of the tube at 2.98 A res
ファイル | emd_17678_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | This is a masked refinement of the perifery of the tube at 2.98 A res | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: This is a local refinement of one side of the tube at 2.36 A res
ファイル | emd_17678_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | This is a local refinement of one side of the tube at 2.36 A res | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: This is a asked 3D classification at 6.84 A res.
ファイル | emd_17678_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | This is a asked 3D classification at 6.84 A res. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17678_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17678_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique al...
全体 | 名称: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain. |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique al...
超分子 | 名称: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 220.25 kDa/nm |
-分子 #1: Non-structural protein 3
分子 | 名称: Non-structural protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 57.418207 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: APSYRVKRMD IAKNDEECVV NAANPRGLPG DGVCKAVYKK WPESFKNSAT PVGTAKTVMC GTYPVIHAVG PNFSNYSESE GDRELAAAY REVAKEVTRL GVNSVAIPLL STGVYSGGKD RLTQSLNHLF TAMDSTDADV VIYCRDKEWE KKISEAIQMR T QVELLDEH ...文字列: APSYRVKRMD IAKNDEECVV NAANPRGLPG DGVCKAVYKK WPESFKNSAT PVGTAKTVMC GTYPVIHAVG PNFSNYSESE GDRELAAAY REVAKEVTRL GVNSVAIPLL STGVYSGGKD RLTQSLNHLF TAMDSTDADV VIYCRDKEWE KKISEAIQMR T QVELLDEH ISIDCDVVRV HPDSSLAGRK GYSTTEGALY SYLEGTRFHQ TAVDMAEIYT MWPKQTEANE QVCLYALGES IE SIRQKCP VDDADASSPP KTVPCLCRYA MTPERVTRLR MNHVTSIIVC SSFPLPKYKI EGVQKVKCSK VMLFDHNVPS RVS PREYRP SQESVQEAST TTSLTHSQFD LSVDGKILPV PSDLDADAPA LEPALDDGAI HTLPSATGNL AAVSDWVMST VPVA PPRRR RGRNLTVTCD EREGNITPMA SVRFFRAELC PVVQETAETR DTAMSLQAPP STATELSHPP ISFGAPSETF PITFG DFNE GEIESLSSEL LTFGDFLPGE VDDLTDSDWS TCSDTDDEL UniProtKB: Polyprotein P1234 |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
詳細 | his sample was heterogeneous in lenght |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 18.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |