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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17650 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) virion vertex with a diameter of 50 nm. | |||||||||
マップデータ | main map - bin 2x | |||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-EM / subtomogram averaging / EhV-201 / enveloped virus / capsid / major capsid protein / VIRUS | |||||||||
生物種 | Emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Homola M / Buttner CR / Fuzik T / Novacek J / Chaillet M / Forster F / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Structure and replication cycle of a virus infecting climate-modulating alga . 著者: Miroslav Homola / Carina R Büttner / Tibor Füzik / Pavel Křepelka / Radka Holbová / Jiří Nováček / Marten L Chaillet / Jakub Žák / Danyil Grybchuk / Friedrich Förster / William H ...著者: Miroslav Homola / Carina R Büttner / Tibor Füzik / Pavel Křepelka / Radka Holbová / Jiří Nováček / Marten L Chaillet / Jakub Žák / Danyil Grybchuk / Friedrich Förster / William H Wilson / Declan C Schroeder / Pavel Plevka / 要旨: The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses ...The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses on the climate, there is limited information about their structure and replication. Here, we show that the dsDNA genome inside the EhV-201 virion is protected by an inner membrane, capsid, and outer membrane. EhV-201 virions infect by using fivefold vertices to bind to and fuse the virus' inner membrane with the cell plasma membrane. Progeny virions assemble in the cytoplasm at the surface of endoplasmic reticulum-derived membrane segments. Genome packaging initiates synchronously with the capsid assembly and completes through an aperture in the forming capsid. The genome-filled capsids acquire an outer membrane by budding into intracellular vesicles. EhV-201 infection induces a loss of surface protective layers from cells, which enables the continuous release of virions by exocytosis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17650.map.gz | 2.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17650-v30.xml emd-17650.xml | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17650_fsc.xml | 6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17650.png | 141 KB | ||
マスクデータ | emd_17650_msk_1.map | 8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17650.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_17650_additional_1.map.gz emd_17650_additional_2.map.gz emd_17650_half_map_1.map.gz emd_17650_half_map_2.map.gz | 7.4 MB 227.6 KB 6 MB 6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17650 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17650_validation.pdf.gz | 875.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17650_full_validation.pdf.gz | 874.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17650_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17650_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17650 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main map - bin 2x | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17650_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: main map - cut
ファイル | emd_17650_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | main map - cut | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: mask main map - cut
ファイル | emd_17650_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | mask main map - cut | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1 - bin 2x
ファイル | emd_17650_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 - bin 2x | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2 - bin 2x
ファイル | emd_17650_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 - bin 2x | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Emiliania huxleyi virus 201
全体 | 名称: Emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Emiliania huxleyi virus 201
超分子 | 名称: Emiliania huxleyi virus 201 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: EhV-201 was propagated on a non-calcifying Emiliania huxleyi strain (CCPM 2090). NCBI-ID: 181210 / 生物種: Emiliania huxleyi virus 201 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Emiliania huxleyi CCMP1516 (真核生物) / 株: CCMP 2090 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: inner membrane |
ウイルス殻 | Shell ID: 2 / 名称: capsid / 直径: 1990.0 Å / T番号(三角分割数): 169 |
ウイルス殻 | Shell ID: 3 / 名称: outer membrane / 直径: 2110.0 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 名称: sea salt 詳細: Sea salts (Sigma Aldrich - S9883) were dissolved in distilled water (40 g/L w/v), filtered through a 0.22 um filter, and pH adjusted to 8. |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 5e-05 kPa / 詳細: top side only |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Sample: 3.5 ul; Wait time: 10 s; Blot time: 3 s; Blot force: -2; Drain time: 0 s. |
詳細 | The viral sample was concentrated down to 1x10^10 plaque-forming units per ml (PFU ml^-1) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 2800 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 28.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 37000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |