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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17586 | |||||||||
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タイトル | E. coli RNA polymerase elongation complex stalled at thymine dimer lesion | |||||||||
マップデータ | Relion4 Postprocessed EM map of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA Polymerase / RNAP / Transcription / Gene Expression / DNA lesion / Stalling | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Woodgate J / Zenkin N | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Translation selectively destroys non-functional transcription complexes. 著者: Jason Woodgate / Hamed Mosaei / Pavel Brazda / Flint Stevenson-Jones / Nikolay Zenkin / 要旨: Transcription elongation stalls at lesions in the DNA template. For the DNA lesion to be repaired, the stalled transcription elongation complex (EC) has to be removed from the damaged site. Here we ...Transcription elongation stalls at lesions in the DNA template. For the DNA lesion to be repaired, the stalled transcription elongation complex (EC) has to be removed from the damaged site. Here we show that translation, which is coupled to transcription in bacteria, actively dislodges stalled ECs from the damaged DNA template. By contrast, paused, but otherwise elongation-competent, ECs are not dislodged by the ribosome. Instead, they are helped back into processive elongation. We also show that the ribosome slows down when approaching paused, but not stalled, ECs. Our results indicate that coupled ribosomes functionally and kinetically discriminate between paused ECs and stalled ECs, ensuring the selective destruction of only the latter. This functional discrimination is controlled by the RNA polymerase's catalytic domain, the Trigger Loop. We show that the transcription-coupled DNA repair helicase UvrD, proposed to cause backtracking of stalled ECs, does not interfere with ribosome-mediated dislodging. By contrast, the transcription-coupled DNA repair translocase Mfd acts synergistically with translation, and dislodges stalled ECs that were not destroyed by the ribosome. We also show that a coupled ribosome efficiently destroys misincorporated ECs that can cause conflicts with replication. We propose that coupling to translation is an ancient and one of the main mechanisms of clearing non-functional ECs from the genome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17586.map.gz | 33.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17586-v30.xml emd-17586.xml | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17586_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17586.png | 198.8 KB | ||
マスクデータ | emd_17586_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17586.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_17586_additional_1.map.gz emd_17586_half_map_1.map.gz emd_17586_half_map_2.map.gz | 384.3 MB 385.4 MB 385.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17586 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17586 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pblMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17586.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Relion4 Postprocessed EM map of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.574 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17586_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Relion4 Refine3D Full EM map of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion
ファイル | emd_17586_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion4 Refine3D Full EM map of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion4 Refine3D Half-map 1 of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion
ファイル | emd_17586_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion4 Refine3D Half-map 1 of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion4 Refine3D Half-map 2 of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion
ファイル | emd_17586_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion4 Refine3D Half-map 2 of E.coli RNAP EC stalled at T=T lesion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : E. coli RNA Polymerase stalled at T=T lesion.
+超分子 #1: E. coli RNA Polymerase stalled at T=T lesion.
+分子 #1: Non-template DNA
+分子 #2: Template DNA
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #7: mRNA
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 250 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.00026000000000000003 kPa / 詳細: Positive Charge |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16264 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 240000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |