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万見- EMDB-17530: CryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17530 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | METTL6 / tRNA / SerRS / Serine tRNA / 3-Methylcytosine / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 selenocysteine-tRNA ligase activity / tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor production / selenocysteine incorporation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / tRNA methylation ...selenocysteine-tRNA ligase activity / tRNA (cytidine-3-)-methyltransferase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor production / selenocysteine incorporation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / tRNA methylation / Selenocysteine synthesis / negative regulation of angiogenesis / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / translation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Throll P / Dolce LG / Kowalinski E | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of tRNA recognition by the mC RNA methyltransferase METTL6 in complex with SerRS seryl-tRNA synthetase. 著者: Philipp Throll / Luciano G Dolce / Palma Rico-Lastres / Katharina Arnold / Laura Tengo / Shibom Basu / Stefanie Kaiser / Robert Schneider / Eva Kowalinski / 要旨: Methylation of cytosine 32 in the anticodon loop of tRNAs to 3-methylcytosine (mC) is crucial for cellular translation fidelity. Misregulation of the RNA methyltransferases setting this modification ...Methylation of cytosine 32 in the anticodon loop of tRNAs to 3-methylcytosine (mC) is crucial for cellular translation fidelity. Misregulation of the RNA methyltransferases setting this modification can cause aggressive cancers and metabolic disturbances. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the human mC tRNA methyltransferase METTL6 in complex with seryl-tRNA synthetase (SerRS) and their common substrate tRNA. Through the complex structure, we identify the tRNA-binding domain of METTL6. We show that SerRS acts as the tRNA substrate selection factor for METTL6. We demonstrate that SerRS augments the methylation activity of METTL6 and that direct contacts between METTL6 and SerRS are necessary for efficient tRNA methylation. Finally, on the basis of the structure of METTL6 in complex with SerRS and tRNA, we postulate a universal tRNA-binding mode for mC RNA methyltransferases, including METTL2 and METTL8, suggesting that these mammalian paralogs use similar ways to engage their respective tRNA substrates and cofactors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17530.map.gz | 313.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17530-v30.xml emd-17530.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17530_fsc.xml | 18.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17530.png | 21.1 KB | ||
マスクデータ | emd_17530_msk_1.map | 634.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17530.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_17530_half_map_1.map.gz emd_17530_half_map_2.map.gz | 588.2 MB 588.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17530 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17530 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17530_validation.pdf.gz | 964.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17530_full_validation.pdf.gz | 964.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17530_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17530_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17530 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17530 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.645 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17530_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17530_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17530_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry
全体 | 名称: METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry |
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要素 |
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-超分子 #1: METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry
超分子 | 名称: METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6
分子 | 名称: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 33.296055 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MASLQRKGLQ ARILTSEEEE KLKRDQTLVS DFKQQKLEQE AQKNWDLFYK RNSTNFFKDR HWTTREFEEL RSCREFEDQK LTMLEAGCG VGNCLFPLLE EDPNIFAYAC DFSPRAIEYV KQNPLYDTER CKVFQCDLTK DDLLDHVPPE SVDVVMLIFV L SAVHPDKM ...文字列: MASLQRKGLQ ARILTSEEEE KLKRDQTLVS DFKQQKLEQE AQKNWDLFYK RNSTNFFKDR HWTTREFEEL RSCREFEDQK LTMLEAGCG VGNCLFPLLE EDPNIFAYAC DFSPRAIEYV KQNPLYDTER CKVFQCDLTK DDLLDHVPPE SVDVVMLIFV L SAVHPDKM HLVLQNIYKV LKPGKSVLFR DYGLYDHAML RFKASSKLGE NFYVRQDGTR SYFFTDDFLA QLFMDTGYEE VV NEYVFRE TVNKKEGLCV PRVFLQSKFL KPPKNPSPVV LGLDPKS UniProtKB: tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6 |
-分子 #2: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
分子 | 名称: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine-tRNA ligase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 58.863211 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MVLDLDLFRV DKGGDPALIR ETQEKRFKDP GLVDQLVKAD SEWRRCRFRA DNLNKLKNLC SKTIGEKMKK KEPVGDDESV PENVLSFDD LTADALANLK VSQIKKVRLL IDEAILKCDA ERIKLEAERF ENLREIGNLL HPSVPISNDE DVDNKVERIW G DCTVRKKY ...文字列: MVLDLDLFRV DKGGDPALIR ETQEKRFKDP GLVDQLVKAD SEWRRCRFRA DNLNKLKNLC SKTIGEKMKK KEPVGDDESV PENVLSFDD LTADALANLK VSQIKKVRLL IDEAILKCDA ERIKLEAERF ENLREIGNLL HPSVPISNDE DVDNKVERIW G DCTVRKKY SHVDLVVMVD GFEGEKGAVV AGSRGYFLKG VLVFLEQALI QYALRTLGSR GYIPIYTPFF MRKEVMQEVA QL SQFDEEL YKVIGKGSEK SDDNSYDEKY LIATSEQPIA ALHRDEWLRP EDLPIKYAGL STCFRQEVGS HGRDTRGIFR VHQ FEKIEQ FVYSSPHDNK SWEMFEEMIT TAEEFYQSLG IPYHIVNIVS GSLNHAASKK LDLEAWFPGS GAFRELVSCS NCTD YQARR LRIRYGQTKK MMDKVEFVHM LNATMCATTR TICAILENYQ TEKGITVPEK LKEFMPPGLQ ELIPFVKPAP IEQEP SKKQ KKQHEGSKKK AAARDVTLEN RLQNMEVTDA UniProtKB: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic |
-分子 #3: Serine tRNA
分子 | 名称: Serine tRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 27.620635 KDa |
配列 | 文字列: GCAGUGGUGG C(4AC)GAGU(OMG)G(H2U)U AAGGC(M2G)UCGG A(JMH)UUGA(6IA)A(PSU)C CGA(OMU)UCGC U CUGCGAG(5MC)GU GGG(5MU)(PSU)CG(1MA)AU CCCACCCACU GCGCCA |
-分子 #4: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子 | 名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SAH |
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分子量 | 理論値: 384.411 Da |
Chemical component information | ChemComp-SAH: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 63.27 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |