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万見
- EMDB-17413: Cryo-electron tomogram of intact mature Vaccinia Virus particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17413
タイトルCryo-electron tomogram of intact mature Vaccinia Virus particle
マップデータIsoNet corrected tomogram of whole Vaccinia Virus
試料
  • ウイルス: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
キーワードPoxvirus / Vaccinia virus / core / cryo-electron tomography / AlphaFold / VIRAL PROTEIN
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Datler J / Hansen JM / Thader A / Schloegl A / Hodirnau VV / Schur FKM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Multi-modal cryo-EM reveals trimers of protein A10 to form the palisade layer in poxvirus cores.
著者: Julia Datler / Jesse M Hansen / Andreas Thader / Alois Schlögl / Lukas W Bauer / Victor-Valentin Hodirnau / Florian K M Schur /
要旨: Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural ...Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural proteins that form the viral core has remained sparse. While major core proteins have been annotated via indirect experimental evidence, their structures have remained elusive and they could not be assigned to individual core features. Hence, which proteins constitute which layers of the core, such as the palisade layer and the inner core wall, has remained enigmatic. Here we show, using a multi-modal cryo-electron microscopy (cryo-EM) approach in combination with AlphaFold molecular modeling, that trimers formed by the cleavage product of VACV protein A10 are the key component of the palisade layer. This allows us to place previously obtained descriptions of protein interactions within the core wall into perspective and to provide a detailed model of poxvirus core architecture. Importantly, we show that interactions within A10 trimers are likely generalizable over members of orthopox- and parapoxviruses.
履歴
登録2023年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17413.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 367.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IsoNet corrected tomogram of whole Vaccinia Virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.048 Å
密度
最小 - 最大-7.357534 - 13.245633
平均 (標準偏差)-0.47191113 (±0.3768954)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720511262
Spacing511720262
セルA: 5645.5283 Å / B: 7954.56 Å / C: 2894.5762 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia virus Western Reserve

全体名称: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)

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超分子 #1: Vaccinia virus Western Reserve

超分子名称: Vaccinia virus Western Reserve / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Purified from HeLa cells infected with Vaccinia Virus Western Reserve.
NCBI-ID: 696871 / 生物種: Vaccinia virus Western Reserve / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 9 / 構成要素 - 濃度: 1.0 mM / 構成要素 - 式: Tris-HCl / 構成要素 - 名称: Tris Hydrochloride
詳細: diluted 1:1 with 0.25% Trypsin (final concentration 0.125%) and 1:1 4% paraformaldehyde (final concentration 2%) in 1mM Tris-HCl.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2.
詳細Intact mature Vaccinia Virus particle
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion Immuno Gold Reagents / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
詳細Cryo-electron tomography data was collected with the SerialEM software package version 3.8 (Mastronarde 2005). New gain reference images were collected before data acquisition. DigitalMicrograph 3.4.3 as integrated into the Gatan Microscopy Suite v3.3 (Gatan) was used for filter tuning and SerialEM for microscope tuning.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 165.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected in movie-mode with 10 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / ソフトウェア - 詳細: IsoNET version 0.2 / 使用した粒子像数: 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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