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万見
- EMDB-17382: Structure of human SIT1:ACE2 complex (closed PD conformation) bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17382
タイトルStructure of human SIT1:ACE2 complex (closed PD conformation) bound to L-pipecolate
マップデータcryoSPARC NU refinement map sharpened with a bfactor of -75 used for model refinement
試料
  • 複合体: SIT1:ACE2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2S)-piperidine-2-carboxylic acid
キーワードamino acid transporter / proline / SLC6A20 / ACE2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


proline:sodium symporter activity / L-isoleucine transmembrane transporter activity / solute:sodium symporter activity / amino-acid betaine transport / L-isoleucine import across plasma membrane / L-proline import across plasma membrane / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / proline import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity ...proline:sodium symporter activity / L-isoleucine transmembrane transporter activity / solute:sodium symporter activity / amino-acid betaine transport / L-isoleucine import across plasma membrane / L-proline import across plasma membrane / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / proline import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / glycine transport / amino acid import across plasma membrane / proline transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Attachment and Entry / negative regulation of signaling receptor activity / carboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter ...Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2 / Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Li HZ / Pike ACW / Chi G / Hansen JS / Lee SG / Rodstrom KEJ / Bushell SR / Speedman D / Evans A / Wang D ...Li HZ / Pike ACW / Chi G / Hansen JS / Lee SG / Rodstrom KEJ / Bushell SR / Speedman D / Evans A / Wang D / He D / Shrestha L / Nasrallah C / Chalk R / Moreira T / MacLean EM / Marsden B / Bountra C / Burgess-Brown NA / Dafforn TR / Carpenter EP / Sauer DB
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/V018051/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of the SIT1 proline transporter in complex with the COVID-19 receptor ACE2
著者: Li HZ / Pike ACW / Chi G / Hansen JS / Lee SG / Rodstrom KEJ / Bushell SR / Speedman D / Evans A / Wang D / He D / Shrestha L / Nasrallah C / Burgess-Brown NA / Dafforn TR / Carpenter EP / Sauer DB
履歴
登録2023年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17382.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoSPARC NU refinement map sharpened with a bfactor of -75 used for model refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2465 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.135
最小 - 最大-0.6506547 - 1.2325522
平均 (標準偏差)0.0018478454 (±0.029783204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 319.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened NU refinement full map

ファイルemd_17382_additional_1.map
注釈unsharpened NU refinement full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_17382_half_map_1.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map1

ファイルemd_17382_half_map_2.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SIT1:ACE2 complex

全体名称: SIT1:ACE2 complex
要素
  • 複合体: SIT1:ACE2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2S)-piperidine-2-carboxylic acid

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超分子 #1: SIT1:ACE2 complex

超分子名称: SIT1:ACE2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 340 KDa

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分子 #1: Processed angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Processed angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.42557 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSSSWLLLS LVAVTAADYK DDDDKSTIEE QAKTFLDKFN HEAEDLFYQS SLASWNYNTN ITEENVQNMN NAGDKWSAFL KEQSTLAQM YPLQEIQNLT VKLQLQALQQ NGSSVLSEDK SKRLNTILNT MSTIYSTGKV CNPDNPQECL LLEPGLNEIM A NSLDYNER ...文字列:
MSSSSWLLLS LVAVTAADYK DDDDKSTIEE QAKTFLDKFN HEAEDLFYQS SLASWNYNTN ITEENVQNMN NAGDKWSAFL KEQSTLAQM YPLQEIQNLT VKLQLQALQQ NGSSVLSEDK SKRLNTILNT MSTIYSTGKV CNPDNPQECL LLEPGLNEIM A NSLDYNER LWAWESWRSE VGKQLRPLYE EYVVLKNEMA RANHYEDYGD YWRGDYEVNG VDGYDYSRGQ LIEDVEHTFE EI KPLYEHL HAYVRAKLMN AYPSYISPIG CLPAHLLGDM WGRFWTNLYS LTVPFGQKPN IDVTDAMVDQ AWDAQRIFKE AEK FFVSVG LPNMTQGFWE NSMLTDPGNV QKAVCHPTAW DLGKGDFRIL MCTKVTMDDF LTAHHEMGHI QYDMAYAAQP FLLR NGANE GFHEAVGEIM SLSAATPKHL KSIGLLSPDF QEDNETEINF LLKQALTIVG TLPFTYMLEK WRWMVFKGEI PKDQW MKKW WEMKREIVGV VEPVPHDETY CDPASLFHVS NDYSFIRYYT RTLYQFQFQE ALCQAAKHEG PLHKCDISNS TEAGQK LFN MLRLGKSEPW TLALENVVGA KNMNVRPLLN YFEPLFTWLK DQNKNSFVGW STDWSPYADQ SIKVRISLKS ALGDKAY EW NDNEMYLFRS SVAYAMRQYF LKVKNQMILF GEEDVRVANL KPRISFNFFV TAPKNVSDII PRTEVEKAIR MSRSRIND A FRLNDNSLEF LGIQPTLGPP NQPPVSIWLI VFGVVMGVIV VGIVILIFTG IRDRKKKNKA RSGENPYASI DISKGENNP GFQNTDDVQT SF

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2

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分子 #2: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3

分子名称: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.376258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEKARPLWAN SLQFVFACIS YAVGLGNVWR FPYLCQMYGG GSFLVPYIIM LIVEGMPLLY LELAVGQRMR QGSIGAWRTI SPYLSGVGV ASVVVSFFLS MYYNVINAWA FWYLFHSFQD PLPWSVCPLN GNHTGYDEEC EKASSTQYFW YRKTLNISPS L QENGGVQW ...文字列:
MEKARPLWAN SLQFVFACIS YAVGLGNVWR FPYLCQMYGG GSFLVPYIIM LIVEGMPLLY LELAVGQRMR QGSIGAWRTI SPYLSGVGV ASVVVSFFLS MYYNVINAWA FWYLFHSFQD PLPWSVCPLN GNHTGYDEEC EKASSTQYFW YRKTLNISPS L QENGGVQW EPALCLLLAW LVVYLCILRG TESTGKVVYF TASLPYCVLI IYLIRGLTLH GATNGLMYMF TPKIEQLANP KA WINAATQ IFFSLGLGFG SLIAFASYNE PSNNCQKHAI IVSLINSFTS IFASIVTFSI YGFKATFNYE NCLKKVSLLL TNT FDLEDG FLTASNLEQV KGYLASAYPS KYSEMFPQIK NCSLESELDT AVQGTGLAFI VYTEAIKNME VSQLWSVLYF FMLL MLGIG SMLGNTAAIL TPLTDSKIIS SHLPKEAISG LVCLVNCAIG MVFTMEAGNY WFDIFNDYAA TLSLLLIVLV ETIAV CYVY GLRRFESDLK AMTGRAVSWY WKVMWAGVSP LLIVSLFVFY LSDYILTGTL KYQAWDASQG QLVTKDYPAY ALAVIG LLV ASSTMCIPLA ALGTFVQRRL KRGDADPVAA ENLYFQSHHH HHHHHHHGSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFE K

UniProtKB: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NDG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NDG:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-アセチル-α-D-グルコサミン

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: (2S)-piperidine-2-carboxylic acid

分子名称: (2S)-piperidine-2-carboxylic acid / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: YCP
分子量理論値: 129.157 Da
Chemical component information

ChemComp-YCP:
(2S)-piperidine-2-carboxylic acid / L-ピペコリン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTris
150.0 mMsodium chloride
0.02 w/vglyco-diosgenin (GDN)
10.0 mMpipecolic acid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: grid blotted for 4sec after a 20sec wait time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13194 / 平均露光時間: 1.77 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images were collected in super-resolution mode EPU bin2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 808912
詳細: particles from template and TOPAZ trained picking after initial 2D classification to remove junk
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 154699
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6m18


Chain - Chain ID: C / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.6)
詳細Initial model fitting was peformed in Chimera and model building in COOT
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 75
得られたモデル

PDB-8p31:
Structure of human SIT1:ACE2 complex (closed PD conformation) bound to L-pipecolate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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