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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17377 | |||||||||
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タイトル | Structure of human SIT1 (focussed map / refinement) | |||||||||
マップデータ | Autosharpened map (BF - 152) from cryoSPARC used for model refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | COVID-19 receptor / amino acid transport / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proline:sodium symporter activity / L-isoleucine transmembrane transporter activity / solute:sodium symporter activity / amino-acid betaine transport / L-isoleucine import across plasma membrane / L-proline import across plasma membrane / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / proline import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity ...proline:sodium symporter activity / L-isoleucine transmembrane transporter activity / solute:sodium symporter activity / amino-acid betaine transport / L-isoleucine import across plasma membrane / L-proline import across plasma membrane / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / Variant SLC6A20 contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / proline import across plasma membrane / L-proline transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / glycine transport / amino acid import across plasma membrane / proline transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Li HZ / Pike ACW / Chi G / Hansen JS / Lee SG / Rodstrom KEJ / Bushell SR / Speedman D / Evans A / Wang D ...Li HZ / Pike ACW / Chi G / Hansen JS / Lee SG / Rodstrom KEJ / Bushell SR / Speedman D / Evans A / Wang D / He D / Shrestha L / Nasrallah C / Chalk R / Moreira T / MacLean EM / Marsden B / Bountra C / Burgess-Brown NA / Dafforn TR / Carpenter EP / Sauer DB | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure and function of the SIT1 proline transporter in complex with the COVID-19 receptor ACE2. 著者: Huanyu Z Li / Ashley C W Pike / Irina Lotsaris / Gamma Chi / Jesper S Hansen / Sarah C Lee / Karin E J Rödström / Simon R Bushell / David Speedman / Adam Evans / Dong Wang / Didi He / Leela ...著者: Huanyu Z Li / Ashley C W Pike / Irina Lotsaris / Gamma Chi / Jesper S Hansen / Sarah C Lee / Karin E J Rödström / Simon R Bushell / David Speedman / Adam Evans / Dong Wang / Didi He / Leela Shrestha / Chady Nasrallah / Nicola A Burgess-Brown / Robert J Vandenberg / Timothy R Dafforn / Elisabeth P Carpenter / David B Sauer / 要旨: Proline is widely known as the only proteogenic amino acid with a secondary amine. In addition to its crucial role in protein structure, the secondary amino acid modulates neurotransmission and ...Proline is widely known as the only proteogenic amino acid with a secondary amine. In addition to its crucial role in protein structure, the secondary amino acid modulates neurotransmission and regulates the kinetics of signaling proteins. To understand the structural basis of proline import, we solved the structure of the proline transporter SIT1 in complex with the COVID-19 viral receptor ACE2 by cryo-electron microscopy. The structure of pipecolate-bound SIT1 reveals the specific sequence requirements for proline transport in the SLC6 family and how this protein excludes amino acids with extended side chains. By comparing apo and substrate-bound SIT1 states, we also identify the structural changes that link substrate release and opening of the cytoplasmic gate and provide an explanation for how a missense mutation in the transporter causes iminoglycinuria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17377.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17377-v30.xml emd-17377.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17377_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17377.png | 124.5 KB | ||
マスクデータ | emd_17377_msk_1.map emd_17377_msk_2.map | 64 MB 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17377.cif.gz | 8 KB | ||
その他 | emd_17377_half_map_1.map.gz emd_17377_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17377 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17377_validation.pdf.gz | 776.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17377_full_validation.pdf.gz | 775.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17377_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17377_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17377 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Autosharpened map (BF - 152) from cryoSPARC used for model refinement | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24922 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17377_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_17377_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map2
ファイル | emd_17377_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map1
ファイル | emd_17377_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SIT1:ACE2 complex
全体 | 名称: SIT1:ACE2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SIT1:ACE2 complex
超分子 | 名称: SIT1:ACE2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 340 KDa |
-分子 #1: Processed angiotensin-converting enzyme 2
分子 | 名称: Processed angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: TM domain only / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 93.42557 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSSSSWLLLS LVAVTAADYK DDDDKSTIEE QAKTFLDKFN HEAEDLFYQS SLASWNYNTN ITEENVQNMN NAGDKWSAFL KEQSTLAQM YPLQEIQNLT VKLQLQALQQ NGSSVLSEDK SKRLNTILNT MSTIYSTGKV CNPDNPQECL LLEPGLNEIM A NSLDYNER ...文字列: MSSSSWLLLS LVAVTAADYK DDDDKSTIEE QAKTFLDKFN HEAEDLFYQS SLASWNYNTN ITEENVQNMN NAGDKWSAFL KEQSTLAQM YPLQEIQNLT VKLQLQALQQ NGSSVLSEDK SKRLNTILNT MSTIYSTGKV CNPDNPQECL LLEPGLNEIM A NSLDYNER LWAWESWRSE VGKQLRPLYE EYVVLKNEMA RANHYEDYGD YWRGDYEVNG VDGYDYSRGQ LIEDVEHTFE EI KPLYEHL HAYVRAKLMN AYPSYISPIG CLPAHLLGDM WGRFWTNLYS LTVPFGQKPN IDVTDAMVDQ AWDAQRIFKE AEK FFVSVG LPNMTQGFWE NSMLTDPGNV QKAVCHPTAW DLGKGDFRIL MCTKVTMDDF LTAHHEMGHI QYDMAYAAQP FLLR NGANE GFHEAVGEIM SLSAATPKHL KSIGLLSPDF QEDNETEINF LLKQALTIVG TLPFTYMLEK WRWMVFKGEI PKDQW MKKW WEMKREIVGV VEPVPHDETY CDPASLFHVS NDYSFIRYYT RTLYQFQFQE ALCQAAKHEG PLHKCDISNS TEAGQK LFN MLRLGKSEPW TLALENVVGA KNMNVRPLLN YFEPLFTWLK DQNKNSFVGW STDWSPYADQ SIKVRISLKS ALGDKAY EW NDNEMYLFRS SVAYAMRQYF LKVKNQMILF GEEDVRVANL KPRISFNFFV TAPKNVSDII PRTEVEKAIR MSRSRIND A FRLNDNSLEF LGIQPTLGPP NQPPVSIWLI VFGVVMGVIV VGIVILIFTG IRDRKKKNKA RSGENPYASI DISKGENNP GFQNTDDVQT SF UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2 |
-分子 #2: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3
分子 | 名称: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 71.376258 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEKARPLWAN SLQFVFACIS YAVGLGNVWR FPYLCQMYGG GSFLVPYIIM LIVEGMPLLY LELAVGQRMR QGSIGAWRTI SPYLSGVGV ASVVVSFFLS MYYNVINAWA FWYLFHSFQD PLPWSVCPLN GNHTGYDEEC EKASSTQYFW YRKTLNISPS L QENGGVQW ...文字列: MEKARPLWAN SLQFVFACIS YAVGLGNVWR FPYLCQMYGG GSFLVPYIIM LIVEGMPLLY LELAVGQRMR QGSIGAWRTI SPYLSGVGV ASVVVSFFLS MYYNVINAWA FWYLFHSFQD PLPWSVCPLN GNHTGYDEEC EKASSTQYFW YRKTLNISPS L QENGGVQW EPALCLLLAW LVVYLCILRG TESTGKVVYF TASLPYCVLI IYLIRGLTLH GATNGLMYMF TPKIEQLANP KA WINAATQ IFFSLGLGFG SLIAFASYNE PSNNCQKHAI IVSLINSFTS IFASIVTFSI YGFKATFNYE NCLKKVSLLL TNT FDLEDG FLTASNLEQV KGYLASAYPS KYSEMFPQIK NCSLESELDT AVQGTGLAFI VYTEAIKNME VSQLWSVLYF FMLL MLGIG SMLGNTAAIL TPLTDSKIIS SHLPKEAISG LVCLVNCAIG MVFTMEAGNY WFDIFNDYAA TLSLLLIVLV ETIAV CYVY GLRRFESDLK AMTGRAVSWY WKVMWAGVSP LLIVSLFVFY LSDYILTGTL KYQAWDASQG QLVTKDYPAY ALAVIG LLV ASSTMCIPLA ALGTFVQRRL KRGDADPVAA ENLYFQSHHH HHHHHHHGSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFE K UniProtKB: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: grid blotted for 3sec. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8704 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 50.09 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: C / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Initial model fitting was peformed in Chimera and model building in COOT |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 150 |
得られたモデル | PDB-8p2w: |