+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17363 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G locked with fusidic acid cyclopentane in post-translocational state | |||||||||||||||
マップデータ | Local filtered map | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | RIBOSOME / fusidic acid / EF-G / antibiotic | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gonzalez-Lopez A / Selmer M | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024 タイトル: Structures of the Staphylococcus aureus ribosome inhibited by fusidic acid and fusidic acid cyclopentane. 著者: Adrián González-López / Daniel S D Larsson / Ravi Kiran Koripella / Brett N Cain / Martin Garcia Chavez / Paul J Hergenrother / Suparna Sanyal / Maria Selmer / 要旨: The antibiotic fusidic acid (FA) is used to treat Staphylococcus aureus infections. It inhibits protein synthesis by binding to elongation factor G (EF-G) and preventing its release from the ribosome ...The antibiotic fusidic acid (FA) is used to treat Staphylococcus aureus infections. It inhibits protein synthesis by binding to elongation factor G (EF-G) and preventing its release from the ribosome after translocation. While FA, due to permeability issues, is only effective against gram-positive bacteria, the available structures of FA-inhibited complexes are from gram-negative model organisms. To fill this knowledge gap, we solved cryo-EM structures of the S. aureus ribosome in complex with mRNA, tRNA, EF-G and FA to 2.5 Å resolution and the corresponding complex structures with the recently developed FA derivative FA-cyclopentane (FA-CP) to 2.0 Å resolution. With both FA variants, the majority of the ribosomal particles are observed in chimeric state and only a minor population in post-translocational state. As expected, FA binds in a pocket between domains I, II and III of EF-G and the sarcin-ricin loop of 23S rRNA. FA-CP binds in an identical position, but its cyclopentane moiety provides additional contacts to EF-G and 23S rRNA, suggesting that its improved resistance profile towards mutations in EF-G is due to higher-affinity binding. These high-resolution structures reveal new details about the S. aureus ribosome, including confirmation of many rRNA modifications, and provide an optimal starting point for future structure-based drug discovery on an important clinical drug target. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17363.map.gz | 62.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-17363-v30.xml emd-17363.xml | 86.1 KB 86.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17363_fsc.xml | 26.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17363.png | 168.6 KB | ||
マスクデータ | emd_17363_msk_1.map | 1.3 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17363.cif.gz | 16.1 KB | ||
その他 | emd_17363_additional_1.map.gz emd_17363_additional_2.map.gz emd_17363_half_map_1.map.gz emd_17363_half_map_2.map.gz | 654.6 MB 656.8 MB 1.2 GB 1.2 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17363 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17363_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_17363_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17363_validation.xml.gz | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17363_validation.cif.gz | 42.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17363 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Local filtered map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.728 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17363_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local map around EF-G
ファイル | emd_17363_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Local map around EF-G | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_17363_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_17363_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_17363_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G and f...
+超分子 #1: Staphylococcus aureus 70S ribosome with elongation factor G and f...
+分子 #1: 50S ribosomal protein L28
+分子 #2: 50S ribosomal protein L29
+分子 #3: 50S ribosomal protein L30
+分子 #4: 50S ribosomal protein L31 type B
+分子 #5: 50S ribosomal protein L32
+分子 #6: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #7: 50S ribosomal protein L34
+分子 #8: 50S ribosomal protein L35
+分子 #9: 50S ribosomal protein L36
+分子 #13: Elongation factor G
+分子 #14: 50S ribosomal protein L2
+分子 #15: 50S ribosomal protein L3
+分子 #16: 50S ribosomal protein L4
+分子 #17: 50S ribosomal protein L5
+分子 #18: 50S ribosomal protein L6
+分子 #19: 50S ribosomal protein L13
+分子 #20: 50S ribosomal protein L14
+分子 #21: 50S ribosomal protein L15
+分子 #22: 50S ribosomal protein L16
+分子 #23: 50S ribosomal protein L17
+分子 #24: 50S ribosomal protein L18
+分子 #25: 50S ribosomal protein L19
+分子 #26: 50S ribosomal protein L20
+分子 #27: 50S ribosomal protein L21
+分子 #28: 50S ribosomal protein L22
+分子 #29: 50S ribosomal protein L23
+分子 #30: 50S ribosomal protein L24
+分子 #31: 50S ribosomal protein L25
+分子 #32: 50S ribosomal protein L27
+分子 #35: 30S ribosomal protein S2
+分子 #36: 30S ribosomal protein S3
+分子 #37: 30S ribosomal protein S4
+分子 #38: 30S ribosomal protein S5
+分子 #39: 30S ribosomal protein S6
+分子 #40: 30S ribosomal protein S7
+分子 #41: 30S ribosomal protein S8
+分子 #42: 30S ribosomal protein S9
+分子 #43: 30S ribosomal protein S10
+分子 #44: 30S ribosomal protein S11
+分子 #45: 30S ribosomal protein S12
+分子 #46: 30S ribosomal protein S13
+分子 #47: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #48: 30S ribosomal protein S15
+分子 #49: 30S ribosomal protein S16
+分子 #50: 30S ribosomal protein S17
+分子 #51: 30S ribosomal protein S18
+分子 #52: 30S ribosomal protein S19
+分子 #53: 30S ribosomal protein S20
+分子 #10: 23S ribosomal RNA
+分子 #11: 5S ribosomal RNA
+分子 #12: tRNA
+分子 #33: 16S ribosomal RNA
+分子 #34: mRNA
+分子 #54: ZINC ION
+分子 #55: MAGNESIUM ION
+分子 #56: SPERMIDINE
+分子 #57: 1,4-DIAMINOBUTANE
+分子 #58: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #59: 2-[(3~{R},4~{S},5~{S},8~{S},9~{S},10~{S},11~{R},13~{S},14~{S},16~...
+分子 #60: POTASSIUM ION
+分子 #61: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | |||||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17252 / 平均露光時間: 2.23 sec. / 平均電子線量: 27.77 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||
得られたモデル | PDB-8p2f: |