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- EMDB-17273: Structure of complement C3 bound to Trypanosoma brucei ISG65 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17273
タイトルStructure of complement C3 bound to Trypanosoma brucei ISG65
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Human Complement C3b and T. brucei ISG65
    • 複合体: Human Complement C3b
    • 複合体: Trypanosoma brucei ISG65
キーワードComplement system / parasite virulence / trypanosome surface protein / host-pathogen complex / IMMUNE SYSTEM
生物種Homo sapiens (ヒト) / Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cook AD / Higgins MK
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust217138/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of complement inhibition by the trypanosome receptor ISG65.
著者: Alexander D Cook / Mark Carrington / Matthew K Higgins /
要旨: African trypanosomes replicate within infected mammals where they are exposed to the complement system. This system centres around complement C3, which is present in a soluble form in serum but ...African trypanosomes replicate within infected mammals where they are exposed to the complement system. This system centres around complement C3, which is present in a soluble form in serum but becomes covalently deposited onto the surfaces of pathogens after proteolytic cleavage to C3b. Membrane-associated C3b triggers different complement-mediated effectors which promote pathogen clearance. To counter complement-mediated clearance, African trypanosomes have a cell surface receptor, ISG65, which binds to C3b and which decreases the rate of trypanosome clearance in an infection model. However, the mechanism by which ISG65 reduces C3b function has not been determined. We reveal through cryogenic electron microscopy that ISG65 has two distinct binding sites for C3b, only one of which is available in C3 and C3d. We show that ISG65 does not block the formation of C3b or the function of the C3 convertase which catalyses the surface deposition of C3b. However, we show that ISG65 forms a specific conjugate with C3b, perhaps acting as a decoy. ISG65 also occludes the binding sites for complement receptors 2 and 3, which may disrupt recruitment of immune cells, including B cells, phagocytes, and granulocytes. This suggests that ISG65 protects trypanosomes by combining multiple approaches to dampen the complement cascade.
履歴
登録2023年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17273.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 336 pix.
= 279.552 Å		0.83 Å/pix.
x 336 pix.
= 279.552 Å		0.83 Å/pix.
x 336 pix.
= 279.552 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.023134038 - 1.8212236
平均 (標準偏差)0.0013067187 (±0.024490446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 279.552 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17273_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17273_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Human Complement C3b and T. brucei ISG65

全体名称: Complex of Human Complement C3b and T. brucei ISG65
要素
  • 複合体: Complex of Human Complement C3b and T. brucei ISG65
    • 複合体: Human Complement C3b
    • 複合体: Trypanosoma brucei ISG65

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超分子 #1: Complex of Human Complement C3b and T. brucei ISG65

超分子名称: Complex of Human Complement C3b and T. brucei ISG65 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood
分子量理論値: 44.2 KDa

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超分子 #2: Human Complement C3b

超分子名称: Human Complement C3b / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: C3 purified from human serum, C3b generated from C3 by limited trypsin proteolysis.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood

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超分子 #3: Trypanosoma brucei ISG65

超分子名称: Trypanosoma brucei ISG65 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMSaltNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14339 / 平均露光時間: 3.03 sec. / 平均電子線量: 49.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3824878
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC Ab initio model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 481606
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
ソフトウェア: (名称: SIMPLE (ver. 3), cryoSPARC (ver. 3))
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデル
ChainPDB ID
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5fo7

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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