+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of 20S Trichomonas vaginalis proteasome in complex with proteasome inhibitor Salinosporamid A | |||||||||
![]() | 2.89A CryoEM map of Tv20S proteasome with covalent inhibitor Salinosporamide A (Marizomib) bound to beta1 and beta2 subunits. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Proteasome / 20S / Trichomonas vaginalis / covalently bound Salinosporamide A / Marizomib / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
![]() | Silhan J / Fajtova P / Boura E | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Tv20S proteasome in the complex with marizomib 著者: Silhan J / Fajtova P / O'Donoghue A / Boura E | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 306.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 33.5 KB 33.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 170.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 300.9 MB 300.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8oixMC ![]() 8p0tC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 2.89A CryoEM map of Tv20S proteasome with covalent inhibitor Salinosporamide A (Marizomib) bound to beta1 and beta2 subunits. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.7 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: 2.89A CryoEM map of Tv20S proteasome with covalent...
ファイル | emd_16901_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 2.89A CryoEM map of Tv20S proteasome with covalent inhibitor Salinosporamide A (Marizomib) bound to beta1 and beta2 subunits. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 2.89A CryoEM map of Tv20S proteasome with covalent...
ファイル | emd_16901_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 2.89A CryoEM map of Tv20S proteasome with covalent inhibitor Salinosporamide A (Marizomib) bound to beta1 and beta2 subunits. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis
+超分子 #1: Ternary complex of 20S proteasome from Trichomonas vaginalis
+分子 #1: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
+分子 #2: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
+分子 #3: Proteasome subunit alpha type
+分子 #4: Proteasome subunit alpha type
+分子 #5: Proteasome subunit alpha type
+分子 #6: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
+分子 #7: Family T1, proteasome alpha subunit, threonine peptidase
+分子 #8: Proteasome subunit beta
+分子 #9: proteasome endopeptidase complex
+分子 #10: Proteasome subunit beta
+分子 #11: Proteasome subunit beta
+分子 #12: Proteasome subunit beta
+分子 #13: Proteasome subunit beta
+分子 #14: Family T1, proteasome beta subunit, threonine peptidase
+分子 #15: (3AR,6R,6AS)-6-((S)-((S)-CYCLOHEX-2-ENYL)(HYDROXY)METHYL)-6A-METH...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.015 kPa / 詳細: 15 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7983 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |