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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16793 | |||||||||
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タイトル | Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, C16S, C20S, C870S, T1279C mutant | |||||||||
マップデータ | Local resolution filtered map that was used for model building | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial toxin / Tc toxin / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Nganga PN / Roderer D / Belyy A / Prumbaum D / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Kinetics of the syringe-like injection mechanism of Tc toxins 著者: Nganga PN / Folz J / Kucher S / Roderer D / Xu Y / Sitsel O / Belyy A / Prumbaum D / Assafa TE / Kuehnemuth R / Dong M / Seidel C / Bordignon E / Raunser S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16793.map.gz | 130.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16793-v30.xml emd-16793.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16793.png | 108.9 KB | ||
マスクデータ | emd_16793_msk_1.map emd_16793_msk_2.map | 216 MB 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16793.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_16793_additional_1.map.gz emd_16793_half_map_1.map.gz emd_16793_half_map_2.map.gz | 23.5 MB 171.8 MB 171.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16793 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered map that was used for model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16793_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_16793_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: A map that was used to model the...
ファイル | emd_16793_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | A map that was used to model the receptor binding region in the open state | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second half map
ファイル | emd_16793_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First half map
ファイル | emd_16793_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | First half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TcdA1
全体 | 名称: TcdA1 |
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要素 |
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-超分子 #1: TcdA1
超分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.5 MDa |
-分子 #1: TcdA1
分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 285.329625 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHSS GLEVLFQGPM NESVKEIPDV LKSQSGFNSL TDISHSSFNE FRQQVSEHLS WSETHDLYHD AQQAQKDNRL YEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAELI GYNNQFSGRA SQYVAPGTVS SMFSPAAYLT ELYREARNLH ASDSVYYLDT R RPDLKSMA ...文字列: MAHHHHHHSS GLEVLFQGPM NESVKEIPDV LKSQSGFNSL TDISHSSFNE FRQQVSEHLS WSETHDLYHD AQQAQKDNRL YEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAELI GYNNQFSGRA SQYVAPGTVS SMFSPAAYLT ELYREARNLH ASDSVYYLDT R RPDLKSMA LSQQNMDIEL STLSLSNELL LESIKTESKL ENYTKVMEML STFRPSGATP YHDAYENVRE VIQLQDPGLE QL NASPAIA GLMHQASLLG INASISPELF NILTEEITEG NAEELYKKNF GNIEPASLAM PEYLKRYYNL SDEELSQFIG KAS NFGQQE YSNNQLITPV VNSSDGTVKV YRITREYTTN AYQMDVELFP FGGENYRLDY KFKNFYNASY LSIKLNDKRE LVRT EGAPQ VNIEYSANIT LNTADISQPF EIGLTRVLPS GSWAYAAAKF TVEEYNQYSF LLKLNKAIRL SRATELSPTI LEGIV RSVN LQLDINTDVL GKVFLTKYYM QRYAIHAETA LILCNAPISQ RSYDNQPSQF DRLFNTPLLN GQYFSTGDEE IDLNSG STG DWRKTILKRA FNIDDVSLFR LLKITDHDNK DGKIKNNLKN LSNLYIGKLL ADIHQLTIDE LDLLLIAVGE GKTNLSA IS DKQLATLIRK LNTITSWLHT QKWSVFQLFI MTSTSYNKTL TPEIKNLLDT VYHGLQGFDK DKADLLHVMA PYIAATLQ L SSENVAHSVL LWADKLQPGD GAMTAEKFWD WLNTKYTPGS SEAVETQEHI VQYCQALAQL EMVYHSTGIN ENAFRLFVT KPEMFGAATG AAPAHDALSL IMLTRFADWV NALGEKASSV LAAFEANSLT AEQLADAMNL DANLLLQASI QAQNHQHLPP VTPENAFSS WTSINTILQW VNVAQQLNVA PQGVSALVGL DYIQSMKETP TYAQWENAAG VLTAGLNSQQ ANTLHAFLDE S RSAALSTY YIRQVAKAAA AIKSRDDLYQ YLLIDNQVSA AIKTTRIAEA IASIQLYVNR ALENVEENAN SGVISRQFFI DW DKYNKRY STWAGVSQLV YYPENYIDPT MRIGQTKMMD ALLQSVSQSQ LNADTVEDAF MSYLTSFEQV ANLKVISAYH DNI NNDQGL TYFIGLSETD AGEYYWRSVD HSKFNDGKFA ANAWSEWHKI DCPINPYKST IRPVIYKSRL YLLWLEQKEI TKQT GNSKD GYQTETDYRY ELKLAHIRYD GTWNTPITFD VNKKISELKL EKNRAPGLYC AGYQGEDTLL VMFYNQQDTL DSYKN ASMQ GLYIFADMAS KDMCPEQSNV YRDNSYQQFD TNNVRRVNNR YAEDYEIPSS VSSRKDYGWG DYYLSMVYNG DIPTIN YKA ASSDLKIYIS PKLRIIHNGY EGQKRNQCNL MNKYGKLGDK FIVYTSLGVN PNNSSNKLMF YPVYQYSGNT SGLNQGR LL FHRDTTYPSK VEAWIPGAKR SLTNQNAAIG DDYATDSLNK PDDLKQYIFM TDSKGTATDV SGPVEINTAI SPAKVQII V KAGGKEQTFT ADKDVSIQPS PSFDEMNYQF NALEIDGSGL NFINNSASID VTFTAFAEDG RKLGYESFSI PVTLKVSTD NALTLHHNEN GAQYMQWQSY RTRLNTLFAR QLVARATTGI DTILSMETQN IQEPQLGKGF YATFVIPPYN LSTHGDERWF KLYIKHVVD NNSHIIYSGQ LTDTNINITL FIPLDDVPLN QDYHAKVYMT FKKSPSDGTW WGPHFVRDDK GIVTINPKSI L THFESVNV LNNISSEPMD FSGANSLYFW ELFYYTPMLV AQRLLHEQNF DEANRWLKYV WSPSGYIVHG QIQNYQWNVR PL LEDTSWN SDPLDSVDPD AVAQHDPMHY KVSTFMRTLD LLIARGDHAY RQLERDTLNE AKMWYMQALH LLGDKPYLPL STT WSDPRL DRAADITTQN AHDSAIVALR QNIPTPAPLS LRSANTLTDL FLPQINEVMM NYWQTLAQRV YNLRHNLSID GQPL YLPIY ATPADPKALL SAAVATSQGG GKLPESFMSL WRFPHMLENA RGMVSQLTQF GSTLQNIIER QDAEALNALL QNQAA ELIL TNLSIQDKTI EELDAEKTVL EKSKAGAQSR FDSYGKLYDE NINAGENQAM TLRASAAGLT TAVQASRLAG AAADLV PNI FGFAGGGSRW GAIAEATGYV MEFSANVMNT EADKISQSET YRRRRQEWEI QRNNAEAELK QIDAQLKSLA VRREAAV LQ KTSLKTQQEQ TQSQLAFLQR KFSNQALYNW LRGRLAAIYF QFYDLAVARC LMAEQAYRWE LNDDSARFIK PGAWQGTY A GLLAGETLML SLAQMEDAHL KRDKRALEVE RTVSLAEVYA GLPKDNGPFS LAQEIDKLVS QGSGSAGSGN NNLAFGAGT DTKTSLQASV SFADLKIRED YPASLGKIRR IKQISVTLPA LLGPYQDVQA ILSYGDKAGL ANGCEALAVS HGMNDSGQFQ LDFNDGKFL PFEGIAIDQG TLTLSFPNAS MPEKGKQATM LKTLNDIILH IRYTIK UniProtKB: TcdA1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 11.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13059 / 平均電子線量: 78.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8cq2: |