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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16779 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CRaf dimer with 14:3:3 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Kinase / Complex / CYTOKINE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / GP1b-IX-V activation signalling / activation of adenylate cyclase activity / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of cell differentiation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / pseudopodium / face development / somatic stem cell population maintenance / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / thyroid gland development / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MAP kinase kinase kinase activity / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Schwann cell development / response to muscle stretch / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / : / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / RAF activation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Stimuli-sensing channels / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / Golgi apparatus / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Dedden D / Graedler U / Schwarz D / Thomsen M / Leuthner B / Schneider E / Nitsche J | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM Structures of CRAF/14-3-3 and CRAF/14-3-3/MEK1 Complexes. 著者: Dirk Dedden / Julius Nitsche / Elisabeth V Schneider / Maren Thomsen / Daniel Schwarz / Birgitta Leuthner / Ulrich Grädler / 要旨: RAF protein kinases are essential effectors in the MAPK pathway and are important cancer drug targets. Structural understanding of RAF activation is so far based on cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...RAF protein kinases are essential effectors in the MAPK pathway and are important cancer drug targets. Structural understanding of RAF activation is so far based on cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray structures of BRAF in different conformational states as inactive or active complexes with KRAS, 14-3-3 and MEK1. In this study, we have solved the first cryo-EM structures of CRAF/14-3-3 at 3.4 Å resolution and CRAF/14-3-3/MEK1 at 4.2 Å resolution using CRAF kinase domain expressed as constitutively active Y340D/Y341D mutant in insect cells. The overall architecture of our CRAF/14-3-3 and CRAF/14-3-3/MEK1 cryo-EM structures is highly similar to corresponding BRAF structures in complex with 14-3-3 or 14-3-3/MEK1 and represent the activated dimeric RAF conformation. Our CRAF cryo-EM structures provide additional insights into structural understanding of the activated CRAF/14-3-3/MEK1 complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16779.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16779-v30.xml emd-16779.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16779.png | 66.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16779.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_16779_half_map_1.map.gz emd_16779_half_map_2.map.gz | 59.1 MB 59.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16779_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16779_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16779_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16779_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cpdMC 8chfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.731 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16779_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16779_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isofo...
全体 | 名称: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isoform zeta |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isofo...
超分子 | 名称: Tetrameric complex of phosphorylated CRAF dimer with 14-3-3 isoform zeta タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
分子 | 名称: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.184477 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEHIQGAWKT ISNGFGFKDA VFDGSSCISP TIVQQFGYQR RASDDGKLTD PSKTSNTIRV FLPNKQRTVV NVRNGMSLHD CLMKALKVR GLQPECCAVF RLLHEHKGKK ARLDWNTDAA SLIGEELQVD FLDHVPLTTH NFARKTFLKL AFCDICQKFL L NGFRCQTC ...文字列: MEHIQGAWKT ISNGFGFKDA VFDGSSCISP TIVQQFGYQR RASDDGKLTD PSKTSNTIRV FLPNKQRTVV NVRNGMSLHD CLMKALKVR GLQPECCAVF RLLHEHKGKK ARLDWNTDAA SLIGEELQVD FLDHVPLTTH NFARKTFLKL AFCDICQKFL L NGFRCQTC GYKFHEHCST KVPTMCVDWS NIRQLLLFPN STIGDSGVPA LPSLTMRRMR ESVSRMPVSS QHRYSTPHAF TF NTSSPSS EGSLSQRQRS TSTPNVHMVS TTLPVDSRMI EDAIRSHSES ASPSALSSSP NNLSPTGWSQ PKTPVPAQRE RAP VSGTQE KNKIRPRGQR DSSYDWEIEA SEVMLSTRIG SGSFGTVYKG KWHGDVAVKI LKVVDPTPEQ FQAFRNEVAV LRKT RHVNI LLFMGYMTKD NLAIVTQWCE GSSLYKHLHV QETKFQMFQL IDIARQTAQG MDYLHAKNII HRDMKSNNIF LHEGL TVKI GDFGLATVKS RWSGSQQVEQ PTGSVLWMAP EVIRMQDNNP FSFQSDVYSY GIVLYELMTG ELPYSHINNR DQIIFM VGR GYASPDLSKL YKNCPKAMKR LVADCVKKVK EERPLFPQIL SSIELLQHSL PKINRSA(SEP)EP SLHRAAHTED INA CTLTTS PRLPVF UniProtKB: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase |
-分子 #2: 14-3-3 protein zeta isoform X1
分子 | 名称: 14-3-3 protein zeta isoform X1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 28.108514 KDa |
配列 | 文字列: MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI ...文字列: MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI RLGLALNFSV FYYEILNSPD KACQLAKQAF DDAIAELDTL NEDSYKDSTL IMQLLRDNLT LWTSDTQGDG DE PAEGGDN UniProtKB: 14-3-3 protein zeta isoform X1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 653449 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |