+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16555 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Ion channel / Receptor / pLGIC / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Sanchez U / Nury H | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J Med Chem / 年: 2023 タイトル: Superiority of the Triple-Acting 5-HTR/5-HTR Antagonist and MAO-B Reversible Inhibitor over 5-HTR Antagonist Intepirdine in Alleviation of Cognitive Deficits in Rats. 著者: Katarzyna Grychowska / Uriel López-Sánchez / Mathieu Vitalis / Geoffrey Canet / Grzegorz Satała / Agnieszka Olejarz-Maciej / Joanna Gołębiowska / Rafał Kurczab / Wojciech Pietruś / ...著者: Katarzyna Grychowska / Uriel López-Sánchez / Mathieu Vitalis / Geoffrey Canet / Grzegorz Satała / Agnieszka Olejarz-Maciej / Joanna Gołębiowska / Rafał Kurczab / Wojciech Pietruś / Monika Kubacka / Christophe Moreau / Maria Walczak / Klaudia Blicharz-Futera / Ophélie Bento / Xavier Bantreil / Gilles Subra / Andrzej J Bojarski / Frédéric Lamaty / Carine Becamel / Charleine Zussy / Séverine Chaumont-Dubel / Piotr Popik / Hugues Nury / Philippe Marin / Laurent Givalois / Paweł Zajdel / 要旨: The multifactorial origin and neurochemistry of Alzheimer's disease (AD) call for the development of multitarget treatment strategies. We report a first-in-class triple acting compound that targets ...The multifactorial origin and neurochemistry of Alzheimer's disease (AD) call for the development of multitarget treatment strategies. We report a first-in-class triple acting compound that targets serotonin type 6 and 3 receptors (5-HT-Rs) and monoamine oxidase type B (MAO-B) as an approach for treating AD. The key structural features required for MAO-B inhibition and 5-HTR antagonism and interaction with 5-HTR were determined using molecular dynamic simulations and cryo-electron microscopy, respectively. Bioavailable reversed scopolamine-induced cognitive deficits in the novel object recognition test. Furthermore, it displayed superior pro-cognitive properties compared to intepirdine (a 5-HTR antagonist) in the AD model, which involved intracerebroventricular injection of an oligomeric solution of amyloid-β peptide (oAβ) in the T-maze test in rats. , but not intepirdine, restored levels of biomarkers characteristic of the debilitating effects of oAβ. These data support the potential of a multitarget approach involving the joint modulation of 5-HTR/5-HTR/MAO-B in AD. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16555.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-16555-v30.xml emd-16555.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16555_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16555.png | 57.2 KB | ||
マスクデータ | emd_16555_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16555.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_16555_half_map_1.map.gz emd_16555_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16555 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16555 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cc6MC 8cc7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16555.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.145 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16555_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16555_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16555_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
全体 | 名称: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
超分子 | 名称: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
分子 | 名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 63.682719 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRLCIPQVLL ALFLSMLTGP GEGSRRRWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWS HPQFEKENLY FQGSGATQAR DTTQPALLRL SDHLLANYKK GVRPVRDWRK PTTVSIDVIM YAILNVDEKN Q VLTTYIWY ...文字列: MRLCIPQVLL ALFLSMLTGP GEGSRRRWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWS HPQFEKENLY FQGSGATQAR DTTQPALLRL SDHLLANYKK GVRPVRDWRK PTTVSIDVIM YAILNVDEKN Q VLTTYIWY RQYWTDEFLQ WTPEDFDNVT KLSIPTDSIW VPDILINEFV DVGKSPNIPY VYVHHRGEVQ NYKPLQLVTA CS LDIYNFP FDVQNCSLTF TSWLHTIQDI NITLWRSPEE VRSDKSIFIN QGEWELLEVF PQFKEFSIDI SNSYAEMKFY VII RRRPLF YAVSLLLPSI FLMVVDIVGF CLPPDSGERV SFKITLLLGY SVFLIIVSDT LPATAIGTPL IGVYFVVCMA LLVI SLAET IFIVRLVHKQ DLQRPVPDWL RHLVLDRIAW ILCLGEQPMA HRPPATFQAN KTDDCSGSDL LPAMGNHCSH VGGPQ DLEK TPRGRGSPLP PPREASLAVR GLLQELSSIR HFLEKRDEMR EVARDWLRVG YVLDRLLFRI YLLAVLAYSI TLVTLW SIW HSS UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 3A |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: 1-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline
分子 | 名称: 1-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: U9L |
---|---|
分子量 | 理論値: 376.882 Da |
Chemical component information | ChemComp-U9L: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |