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万見
- EMDB-16469: Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Dimer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16469
タイトルCryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Dimer complex
マップデータMap-Dimer
試料
  • 複合体: Complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3
    • タンパク質・ペプチド: Protein ORM1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
  • リガンド: N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
キーワードSerine-Palmitoyl-Transferase / SPT / Orm-Protein / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process ...negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / response to unfolded protein / enzyme activator activity / Neutrophil degranulation / pyridoxal phosphate binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / Protein ORM1 / Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schaefer J / Koerner C / Parey K / Januliene D / Moeller A / Froehlich F
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1557 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the ceramide-bound SPOTS complex.
著者: Jan-Hannes Schäfer / Carolin Körner / Bianca M Esch / Sergej Limar / Kristian Parey / Stefan Walter / Dovile Januliene / Arne Moeller / Florian Fröhlich /
要旨: Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. ...Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. Its activity is tightly regulated through multiple binding partners, including Tsc3, Orm proteins, ceramides, and the phosphatidylinositol-4-phosphate (PI4P) phosphatase Sac1. The structural organization and regulatory mechanisms of this complex are not yet understood. Here, we report the high-resolution cryo-EM structures of the yeast SPT in complex with Tsc3 and Orm1 (SPOT) as dimers and monomers and a monomeric complex further carrying Sac1 (SPOTS). In all complexes, the tight interaction of the downstream metabolite ceramide and Orm1 reveals the ceramide-dependent inhibition. Additionally, observation of ceramide and ergosterol binding suggests a co-regulation of sphingolipid biogenesis and sterol metabolism within the SPOTS complex.
履歴
登録2023年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16469.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16469.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map-Dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 432 pix.
= 399.168 Å		0.92 Å/pix.
x 432 pix.
= 399.168 Å		0.92 Å/pix.
x 432 pix.
= 399.168 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.924 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.92881656 - 1.3970312
平均 (標準偏差)0.0001838157 (±0.025894796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 399.168 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-A-Map-Dimer

ファイルemd_16469_half_map_1.map
注釈Half-A-Map-Dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-B-Map-Dimer

ファイルemd_16469_half_map_2.map
注釈Half-B-Map-Dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3

全体名称: Complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3
要素
  • 複合体: Complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3
    • タンパク質・ペプチド: Protein ORM1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
  • リガンド: N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

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超分子 #1: Complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3

超分子名称: Complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: C2-symmetric complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3 in each protomer
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 325 KDa

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分子 #1: Protein ORM1

分子名称: Protein ORM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.221674 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTELDYQGTA EAASTSYSRN QTDLKPFPSA GSASSSIKTT EPVKDHRRRR AAAIISHVEP ETFEDENDQQ LLPNMNATWV DQRGAWIIH VVIIILLKLF YNLFPGVTTE WSWTLTNMTY VIGSYVMFHL IKGTPFDFNG GAYDNLTMWE QIDDETLYTP S RKFLISVP ...文字列:
MTELDYQGTA EAASTSYSRN QTDLKPFPSA GSASSSIKTT EPVKDHRRRR AAAIISHVEP ETFEDENDQQ LLPNMNATWV DQRGAWIIH VVIIILLKLF YNLFPGVTTE WSWTLTNMTY VIGSYVMFHL IKGTPFDFNG GAYDNLTMWE QIDDETLYTP S RKFLISVP IALFLVSTHY AHYDLKLFSW NCFLTTFGAV VPKLPVTHRL RISIPGITGR AQIS

UniProtKB: Protein ORM1

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分子 #2: Serine palmitoyltransferase 1

分子名称: Serine palmitoyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 62.266793 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAHIPEVLPK SIPIPAFIVT TSSYLWYYFN LVLTQIPGGQ FIVSYIKKSH HDDPYRTTVE IGLILYGIIY YLSKPQQKKS LQAQKPNLS PQEIDALIED WEPEPLVDPS ATDEQSWRVA KTPVTMEMPI QNHITITRNN LQEKYTNVFN LASNNFLQLS A TEPVKEVV ...文字列:
MAHIPEVLPK SIPIPAFIVT TSSYLWYYFN LVLTQIPGGQ FIVSYIKKSH HDDPYRTTVE IGLILYGIIY YLSKPQQKKS LQAQKPNLS PQEIDALIED WEPEPLVDPS ATDEQSWRVA KTPVTMEMPI QNHITITRNN LQEKYTNVFN LASNNFLQLS A TEPVKEVV KTTIKNYGVG ACGPAGFYGN QDVHYTLEYD LAQFFGTQGS VLYGQDFCAA PSVLPAFTKR GDVIVADDQV SL PVQNALQ LSRSTVYYFN HNDMNSLECL LNELTEQEKL EKLPAIPRKF IVTEGIFHNS GDLAPLPELT KLKNKYKFRL FVD ETFSIG VLGATGRGLS EHFNMDRATA IDITVGSMAT ALGSTGGFVL GDSVMCLHQR IGSNAYCFSA CLPAYTVTSV SKVL KLMDS NNDAVQTLQK LSKSLHDSFA SDDSLRSYVI VTSSPVSAVL HLQLTPAYRS RKFGYTCEQL FETMSALQKK SQTNK FIEP YEEEEKFLQS IVDHALINYN VLITRNTIVL KQETLPIVPS LKICCNAAMS PEELKNACES VKQSILACCQ ESNK

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 1

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分子 #3: Serine palmitoyltransferase 2

分子名称: Serine palmitoyltransferase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 63.189707 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTPANYTRV PLCEPEELPD DIQKENEYGT LDSPGHLYQV KSRHGKPLPE PVVDTPPYYI SLLTYLNYLI LIILGHVHDF LGMTFQKNK HLDLLEHDGL APWFSNFESF YVRRIKMRID DCFSRPTTGV PGRFIRCIDR ISHNINEYFT YSGAVYPCMN L SSYNYLGF ...文字列:
MSTPANYTRV PLCEPEELPD DIQKENEYGT LDSPGHLYQV KSRHGKPLPE PVVDTPPYYI SLLTYLNYLI LIILGHVHDF LGMTFQKNK HLDLLEHDGL APWFSNFESF YVRRIKMRID DCFSRPTTGV PGRFIRCIDR ISHNINEYFT YSGAVYPCMN L SSYNYLGF AQSKGQCTDA ALESVDKYSI QSGGPRAQIG TTDLHIKAEK LVARFIGKED ALVFSMGYGT NANLFNAFLD KK CLVISDE LNHTSIRTGV RLSGAAVRTF KHGDMVGLEK LIREQIVLGQ PKTNRPWKKI LICAEGLFSM EGTLCNLPKL VEL KKKYKC YLFIDEAHSI GAMGPTGRGV CEIFGVDPKD VDILMGTFTK SFGAAGGYIA ADQWIIDRLR LDLTTVSYSE SMPA PVLAQ TISSLQTISG EICPGQGTER LQRIAFNSRY LRLALQRLGF IVYGVADSPV IPLLLYCPSK MPAFSRMMLQ RRIAV VVVA YPATPLIESR VRFCMSASLT KEDIDYLLRH VSEVGDKLNL KSNSGKSSYD GKRQRWDIEE VIRRTPEDCK DDKYFV N

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 2

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分子 #4: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3

分子名称: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.590233 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTQHKSSMVY IPTTKEAKRR NGKSEGILNT IEEVVEKLYW TYYIHLPFYL MASFDSFFLH VFFLTIFSLS FFGILKYCFL

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3

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分子 #5: N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide

分子名称: N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: Z8A
分子量理論値: 696.182 Da
Chemical component information

ChemComp-Z8A:
N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide / N-ヘキサコサノイルフィトスフィンゴシン

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分子 #6: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

分子名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PLP
分子量理論値: 247.142 Da
Chemical component information

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

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分子 #7: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl...

分子名称: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: Q7G
分子量理論値: 1.165315 KDa
Chemical component information

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10.0 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 13604 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 141900
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 105
得られたモデル

PDB-8c82:
Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Dimer complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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