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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16468 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Sac1 complex | |||||||||
マップデータ | SPOTS-Orm1-Sac1-Map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Serine-Palmitoyl-Transferase / SPT / Orm-Protein / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of PIPs at the ER membrane / phosphatidylinositol-3-phosphatase / phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase activity / host cell viral assembly compartment / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane ...Synthesis of PIPs at the ER membrane / phosphatidylinositol-3-phosphatase / phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase activity / host cell viral assembly compartment / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / cortical endoplasmic reticulum / ceramide metabolic process / autophagosome-lysosome fusion / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol dephosphorylation / ceramide biosynthetic process / Golgi medial cisterna / response to unfolded protein / enzyme activator activity / Neutrophil degranulation / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Schaefer J / Koerner C / Parey K / Januliene D / Moeller A / Froehlich F | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of the ceramide-bound SPOTS complex. 著者: Jan-Hannes Schäfer / Carolin Körner / Bianca M Esch / Sergej Limar / Kristian Parey / Stefan Walter / Dovile Januliene / Arne Moeller / Florian Fröhlich / 要旨: Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. ...Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. Its activity is tightly regulated through multiple binding partners, including Tsc3, Orm proteins, ceramides, and the phosphatidylinositol-4-phosphate (PI4P) phosphatase Sac1. The structural organization and regulatory mechanisms of this complex are not yet understood. Here, we report the high-resolution cryo-EM structures of the yeast SPT in complex with Tsc3 and Orm1 (SPOT) as dimers and monomers and a monomeric complex further carrying Sac1 (SPOTS). In all complexes, the tight interaction of the downstream metabolite ceramide and Orm1 reveals the ceramide-dependent inhibition. Additionally, observation of ceramide and ergosterol binding suggests a co-regulation of sphingolipid biogenesis and sterol metabolism within the SPOTS complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16468.map.gz | 290.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16468-v30.xml emd-16468.xml | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16468_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16468.png | 51.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16468.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_16468_half_map_1.map.gz emd_16468_half_map_2.map.gz | 285.3 MB 285.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16468 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16468 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16468_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16468_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16468_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16468_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16468 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16468 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c81MC 8c80C 8c82C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16468.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SPOTS-Orm1-Sac1-Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.924 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: SPOTS-Orm1-Sac1-Half-Map-A
ファイル | emd_16468_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SPOTS-Orm1-Sac1-Half-Map-A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: SPOTS-Orm1-Sac1-Half-Map-B
ファイル | emd_16468_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | SPOTS-Orm1-Sac1-Half-Map-B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Heteropentameric complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2, Tsc3 and Sac1
+超分子 #1: Heteropentameric complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2, Tsc3 and Sac1
+分子 #1: Protein ORM1
+分子 #2: Serine palmitoyltransferase 1
+分子 #3: Serine palmitoyltransferase 2
+分子 #4: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
+分子 #5: Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1
+分子 #6: ERGOSTEROL
+分子 #7: N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide
+分子 #8: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl...
+分子 #9: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 13604 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 63 |
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得られたモデル | PDB-8c81: |