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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16441 | ||||||||||||
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タイトル | Omicron B.1.1.529 2 RBD up conformation | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | COVID-19 / SPIKE TRIMER / OMICRON / B.1.1.529 / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Alphacoronavirus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Raghavan SSR / Walker MR / Salanti A / Barfod LK / Wang KT | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Omicron B.1.1.529 2 RBD up conformation 著者: Raghavan SSR / Walker MR / Salanti A / Barfod LK / Wang KT | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16441.map.gz | 215.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16441-v30.xml emd-16441.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16441.png | 76.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16441.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_16441_additional_1.map.gz emd_16441_half_map_1.map.gz emd_16441_half_map_2.map.gz | 209.9 MB 391.6 MB 391.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16441 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16441_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16441_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16441_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16441_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16441 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c5rMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_16441_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16441_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16441_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Omicron Spike trimeric complex
全体 | 名称: Omicron Spike trimeric complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Omicron Spike trimeric complex
超分子 | 名称: Omicron Spike trimeric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Alphacoronavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 0.4 kDa/nm |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Alphacoronavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 118.193594 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE G KQGNFKNL ...文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE G KQGNFKNL REFVFKNIDG YFKIYSKHTP IIVPEDLPQG FSALEPLVDL PIGINITRFQ TLLALHRSSS GWTAGAAAYY VG YLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFDEVFNAT RFA SVYAWN RKRISNCVAD YSVLYNLAPF FTFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYADSFVIRG DEVRQIAPGQ TGNIADYNYK LPDD FTGCV IAWNSKNLDS KVSGNYNYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGNKPCNGV AGFNCYFPLR SYSFRPTYGV GHQPY RVVV LSFELLHAPA TVCGPKKSTN LVKNKCVNFN FNGLKGTGVL TESNKKFLPF QQFGRDIADT TDAVRDPQTL EILDIT PCS FGGVSVITPG TNTSNQVAVL YQGVNCTEVN VFQTRAGCLI GAEYVNNSYE CDIPIGAGIC ASYQTSQSII AYTMSLG AE NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTMYI CGDSTECSNL LLQYGSFCTQ LKRALTGIAV EQDKNTQE V FAQVKQIYKT PPIKYFGGFN FSQILPDPSK SKRSFIEDLL FNKVTKFKGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWT FGAGAALQIP FAMQMAYRFN GIGVTQNVLY ENQKLIANQF NSAIGKIQDS LSSTASALGK LQDVVNHNAQ ALNTLVKQLS SKFGAISSV LNDIFSRLDP PEAEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG Y HLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CD VVIGIVN NTVYDPLQPE LDS UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19500 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8c5r: |