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万見
- EMDB-16426: CryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleocapsid sauronoid... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16426
タイトルCryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleocapsid sauronoid assembly multimer
マップデータHendra henipavirus nucleoprotein sauronoid EM density postprocessed map
試料
  • 複合体: Sauronoid assembly of Hendra henipavirus nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleocapsid
    • RNA: RNA (84-MER)
キーワードNucleoprotein / RNA-binding protein / Sauronoid / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding / Nucleocapsid
機能・相同性情報
生物種Hendra henipavirus (ウイルス) / Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.485 Å
データ登録者Passchier TC / Maskell DP / Edwards TA / Barr JN
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission721367European Union
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: The cryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleoprotein reveals insights into paramyxoviral nucleocapsid architectures.
著者: Tim C Passchier / Joshua B R White / Daniel P Maskell / Matthew J Byrne / Neil A Ranson / Thomas A Edwards / John N Barr /
要旨: We report the first cryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleoprotein in complex with RNA, at 3.5 Å resolution, derived from single particle analysis of a double homotetradecameric RNA-bound ...We report the first cryoEM structure of the Hendra henipavirus nucleoprotein in complex with RNA, at 3.5 Å resolution, derived from single particle analysis of a double homotetradecameric RNA-bound N protein ring assembly exhibiting D14 symmetry. The structure of the HeV N protein adopts the common bi-lobed paramyxoviral N protein fold; the N-terminal and C-terminal globular domains are bisected by an RNA binding cleft containing six RNA nucleotides and are flanked by the N-terminal and C-terminal arms, respectively. In common with other paramyxoviral nucleocapsids, the lateral interface between adjacent N and N protomers involves electrostatic and hydrophobic interactions mediated primarily through the N-terminal arm and globular domains with minor contribution from the C-terminal arm. However, the HeV N multimeric assembly uniquely identifies an additional protomer-protomer contact between the N N-terminus and N C-terminal arm linker. The model presented here broadens the understanding of RNA-bound paramyxoviral nucleocapsid architectures and provides a platform for further insight into the molecular biology of HeV, as well as the development of antiviral interventions.
履歴
登録2023年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16426.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hendra henipavirus nucleoprotein sauronoid EM density postprocessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.031
最小 - 最大-0.05054455 - 0.12061005
平均 (標準偏差)0.0007801891 (±0.0058279606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 383.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16426_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hendra henipavirus nucleoprotein sauronoid EM density half map 2

ファイルemd_16426_half_map_1.map
注釈Hendra henipavirus nucleoprotein sauronoid EM density half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hendra henipavirus nucleoprotein sauronoid EM density half map 1

ファイルemd_16426_half_map_2.map
注釈Hendra henipavirus nucleoprotein sauronoid EM density half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sauronoid assembly of Hendra henipavirus nucleoprotein

全体名称: Sauronoid assembly of Hendra henipavirus nucleoprotein
要素
  • 複合体: Sauronoid assembly of Hendra henipavirus nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleocapsid
    • RNA: RNA (84-MER)

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超分子 #1: Sauronoid assembly of Hendra henipavirus nucleoprotein

超分子名称: Sauronoid assembly of Hendra henipavirus nucleoprotein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinantly expressed Hendra henipavirus nucleoprotein forming sauronoid complexes.
由来(天然)生物種: Hendra henipavirus (ウイルス)
分子量理論値: 1.691779 MDa

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分子 #1: Nucleocapsid

分子名称: Nucleocapsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 28 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hendra henipavirus (ウイルス)
分子量理論値: 58.54132 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSDIFDEAAS FRSYQSKLGR DGRASAATAT LTTKIRIFVP ATNSPELRWE LTLFALDVIR SPSAAESMKI GAAFTLISMY SERPGALIR SLLNDPDIEA VIIDVGSMLN GIPVMERRGD KAQEEMEGLM RILKTARESS KGKTPFVDSR AYGLRITDMS T LVSAVITI ...文字列:
MSDIFDEAAS FRSYQSKLGR DGRASAATAT LTTKIRIFVP ATNSPELRWE LTLFALDVIR SPSAAESMKI GAAFTLISMY SERPGALIR SLLNDPDIEA VIIDVGSMLN GIPVMERRGD KAQEEMEGLM RILKTARESS KGKTPFVDSR AYGLRITDMS T LVSAVITI EAQIWILIAK AVTAPDTAEE SETRRWAKYV QQKRVNPFFA LTQQWLTEMR NLLSQSLSVR KFMVEILMEV KK GGSAKGR AVEIISDIGN YVEETGMAGF FATIRFGLET RYPALALNEF QSDLNTIKGL MLLYREIGPR APYMVLLEES IQT KFAPGG YPLLWSFAMG VATTIDRSMG ALNINRGYLE PMYFRLGQKS ARHHAGGIDQ NMANKLGLNS DQVAELAAAV QETS VGRQD NNMQAREAKF AAGGVLVGGG EQDIDEEEEP IEHSGRQSVT FKREMSMSSL ADSVPSSSVS TSGGTRLTNS LLNLR SRLA AKAIKESTAQ SSSERNPPNN RPQADSGRKD DQEPKPAQND LDFVRADV

UniProtKB: Nucleocapsid

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分子 #2: RNA (84-MER)

分子名称: RNA (84-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: Rosetta 2
分子量理論値: 25.672984 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3548 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 59.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D14 (2回x14回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.485 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 5683
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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