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- EMDB-16355: Structure of Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16355
タイトルStructure of Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5
  • リガンド: ZINC ION
キーワードE3 ligase / UBR5 / Ubiquitination / UBQ / Ubiquitin / HECT / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


heterochromatin boundary formation / protein K29-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling ...heterochromatin boundary formation / protein K29-linked ubiquitination / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / protein branched polyubiquitination / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / HECT-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasm protein quality control / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / protein K48-linked ubiquitination / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of smoothened signaling pathway / ubiquitin binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of gene expression / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase EDD, ubiquitin-associated domain / : / E3 ubiquitin ligase EDD / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain ...E3 ubiquitin ligase EDD, ubiquitin-associated domain / : / E3 ubiquitin ligase EDD / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / Poly-adenylate binding protein, unique domain / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UBR5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hehl LA / Prabu JR / Schulman BA
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Structural snapshots along K48-linked ubiquitin chain formation by the HECT E3 UBR5.
著者: Laura A Hehl / Daniel Horn-Ghetko / J Rajan Prabu / Ronnald Vollrath / D Tung Vu / David A Pérez Berrocal / Monique P C Mulder / Gerbrand J van der Heden van Noort / Brenda A Schulman /
要旨: Ubiquitin (Ub) chain formation by homologous to E6AP C-terminus (HECT)-family E3 ligases regulates vast biology, yet the structural mechanisms remain unknown. We used chemistry and cryo-electron ...Ubiquitin (Ub) chain formation by homologous to E6AP C-terminus (HECT)-family E3 ligases regulates vast biology, yet the structural mechanisms remain unknown. We used chemistry and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to visualize stable mimics of the intermediates along K48-linked Ub chain formation by the human E3, UBR5. The structural data reveal a ≈ 620 kDa UBR5 dimer as the functional unit, comprising a scaffold with flexibly tethered Ub-associated (UBA) domains, and elaborately arranged HECT domains. Chains are forged by a UBA domain capturing an acceptor Ub, with its K48 lured into the active site by numerous interactions between the acceptor Ub, manifold UBR5 elements and the donor Ub. The cryo-EM reconstructions allow defining conserved HECT domain conformations catalyzing Ub transfer from E2 to E3 and from E3. Our data show how a full-length E3, ubiquitins to be adjoined, E2 and intermediary products guide a feed-forward HECT domain conformational cycle establishing a highly efficient, broadly targeting, K48-linked Ub chain forging machine.
履歴
登録2022年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月23日-
マップ公開2023年8月23日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16355.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.861 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.861 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 326.861 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0101
最小 - 最大-0.04995323 - 0.09133466
平均 (標準偏差)0.00013561577 (±0.0014846632)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 326.86078 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16355_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_16355_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16355_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16355_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5

全体名称: Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5
要素
  • 複合体: Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5

超分子名称: Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 620 KDa

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 310.266188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSGSGAPMTS IHFVVHPLPG TEDQLNDRLR EVSEKLNKYN LNSHPPLNVL EQATIKQCVV GPNHAAFLLE DGRVCRIGFS VQPDRLELG KPDNNDGSKL NSNSGAGRTS RPGRTSDSPW FLSGSETLGR LAGNTLGSRW SSGVGGSGGG SSGRSSAGAR D SRRQTRVI ...文字列:
GSGSGAPMTS IHFVVHPLPG TEDQLNDRLR EVSEKLNKYN LNSHPPLNVL EQATIKQCVV GPNHAAFLLE DGRVCRIGFS VQPDRLELG KPDNNDGSKL NSNSGAGRTS RPGRTSDSPW FLSGSETLGR LAGNTLGSRW SSGVGGSGGG SSGRSSAGAR D SRRQTRVI RTGRDRGSGL LGSQPQPVIP ASVIPEELIS QAQVVLQGKS RSVIIRELQR TNLDVNLAVN NLLSRDDEDG DD GDDTASE SYLPGEDLMS LLDADIHSAH PSVIIDADAM FSEDISYFGY PSFRRSSLSR LGSSRVLLLP LERDSELLRE RES VLRLRE RRWLDGASFD NERGSTSKEG EPNLDKKNTP VQSPVSLGED LQWWPDKDGT KFICIGALYS ELLAVSSKGE LYQW KWSES EPYRNAQNPS LHHPRATFLG LTNEKIVLLS ANSIRATVAT ENNKVATWVD ETLSSVASKL EHTAQTYSEL QGERI VSLH CCALYTCAQL ENSLYWWGVV PFSQRRKMLE KARAKNKKPK SSAGISSMPN ITVGTQVCLR NNPLYHAGAV AFSISA GIP KVGVLMESVW NMNDSCRFQL RSPESLKNME KASKTTEAKP ESKQEPVKTE MGPPPSPAST CSDASSIASS ASMPYKR RR STPAPKEEEK VNEEQWSLRE VVFVEDVKNV PVGKVLKVDG AYVAVKFPGT SSNTNCQNSS GPDADPSSLL QDCRDLRI D ELQVVKTGGT PKVPDCFQRT PKKLCIPEKT EILAVNVDSK GVHAVLKTGN WVRYCIFDLA TGKAEQENNF PTSSIAFLG QNERNVAIFT AGQESPIILR DGNGTIYPMA KDCMGGIRDP DWLDLPPISS LGMGVHSLIN LPANSTIKKK AAVIIMAVEK QTLMQHILR CDYEACRQYL MNLEQAVVLE QNLQMLQTFI SHRCDGNRNI LHACVSVCFP TSNKETKEEE EAERSERNTF A ERLSAVEA IANAISVVSS NGPGNRAGSS SSRSLRLREM MRRSLRAAGL GRHEAGASSS DHQDPVSPPI APPSWVPDPP AM DPDGDID FILAPAVGSL TTAATGTGQG PSTSTIPGPS TEPSVVESKD RKANAHFILK LLCDSVVLQP YLRELLSAKD ARG MTPFMS AVSGRAYPAA ITILETAQKI AKAEISSSEK EEDVFMGMVC PSGTNPDDSP LYVLCCNDTC SFTWTGAEHI NQDI FECRT CGLLESLCCC TECARVCHKG HDCKLKRTSP TAYCDCWEKC KCKTLIAGQK SARLDLLYRL LTATNLVTLP NSRGE HLLL FLVQTVARQT VEHCQYRPPR IREDRNRKTA SPEDSDMPDH DLEPPRFAQL ALERVLQDWN ALKSMIMFGS QENKDP LSA SSRIGHLLPE EQVYLNQQSG TIRLDCFTHC LIVKCTADIL LLDTLLGTLV KELQNKYTPG RREEAIAVTM RFLRSVA RV FVILSVEMAS SKKKNNFIPQ PIGKCKRVFQ ALLPYAVEEL CNVAESLIVP VRMGIARPTA PFTLASTSID AMQGSEEL F SVEPLPPRPS SDQSSSSSQS QSSYIIRNPQ QRRISQSQPV RGRDEEQDDI VSADVEEVEV VEGVAGEEDH HDEQEEHGE ENAEAEGQHD EHDEDGSDME LDLLAAAETE SDSESNHSNQ DNASGRRSVV TAATAGSEAG ASSVPAFFSE DDSQSNDSSD SDSSSSQSD DIEQETFMLD EPLERTTNSS HANGAAQAPR SMQWAVRNTQ HQRAASTAPS STSTPAASSA GLIYIDPSNL R RSGTISTS AAAAAAALEA SNASSYLTSA SSLARAYSIV IRQISDLMGL IPKYNHLVYS QIPAAVKLTY QDAVNLQNYV EE KLIPTWN WMVSIMDSTE AQLRYGSALA SAGDPGHPNH PLHASQNSAR RERMTAREEA SLRTLEGRRR ATLLSARQGM MSA RGDFLN YALSLMRSHN DEHSDVLPVL DVCSLKHVAY VFQALIYWIK AMNQQTTLDT PQLERKRTRE LLELGIDNED SEHE NDDDT NQSATLNDKD DDSLPAETGQ NHPFFRRSDS MTFLGCIPPN PFEVPLAEAI PLADQPHLLQ PNARKEDLFG RPSQG LYSS SASSGKCLME VTVDRNCLEV LPTKMSYAAN LKNVMNMQNR QKKEGEEQPV LPEETESSKP GPSAHDLAAQ LKSSLL AEI GLTESEGPPL TSFRPQCSFM GMVISHDMLL GRWRLSLELF GRVFMEDVGA EPGSILTELG GFEVKESKFR REMEKLR NQ QSRDLSLEVD RDRDLLIQQT MRQLNNHFGR RCATTPMAVH RVKVTFKDEP GEGSGVARSF YTAIAQAFLS NEKLPNLE C IQNANKGTHT SLMQRLRNRG ERDRERERER EMRRSSGLRA GSRRDRDRDF RRQLSIDTRP FRPASEGNPS DDPEPLPAH RQALGERLYP RVQAMQPAFA SKITGMLLEL SPAQLLLLLA SEDSLRARVD EAMELIIAHG RENGADSILD LGLVDSSEKV QQENRKRHG SSRSVVDMDL DDTDDGDDNA PLFYQPGKRG FYTPRPGKNT EARLNCFRNI GRILGLCLLQ NELCPITLNR H VIKVLLGR KVNWHDFAFF DPVMYESLRQ LILASQSSDA DAVFSAMDLA FAIDLCKEEG GGQVELIPNG VNIPVTPQNV YE YVRKYAE HRMLVVAEQP LHAMRKGLLD VLPKNSLEDL TAEDFRLLVN GCGEVNVQML ISFTSFNDES GENAEKLLQF KRW FWSIVE KMSMTERQDL VYFWTSSPSL PASEEGFQPM PSITIRPPDD QHLPTANTCI SRLYVPLYSS KQILKQKLLL AIKT KNFGF V

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase UBR5

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 67.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 226919
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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