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万見
- EMDB-16239: Triangle-2-version-2 for DNA ORIGAMI TRAPS FOR LARGE VIRUSES -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16239
タイトルTriangle-2-version-2 for DNA ORIGAMI TRAPS FOR LARGE VIRUSES
マップデータDNAOrigamiVirusTraps_T2v2
試料
  • 複合体: DNA Origami
    • 複合体: scaffold DNA single-strand
    • 複合体: staple ssDNA oligonucleotides
キーワードDNA origami / high-order assemblies / antivirals / virus trapping / DNA
生物種synthetic construct (人工物) / Inovirus M13 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Monferrer A / Kohler F / Sigl C / Schachtner M / Peterhoff D / Asbach B / Wagner R / Dietz H
資金援助European Union, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
European Union (EU)899619European Union
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN7657039European Union
German Research Foundation (DFG)DI1500/5 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Gottfried-Wilhelm-Leibniz Program ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DNA ORIGAMI TRAPS FOR LARGE VIRUSES
著者: Monferrer A / Kohler F / Sigl C / Schachtner M / Peterhoff D / Asbach B / Wagner R / Dietz H
履歴
登録2022年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16239.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DNAOrigamiVirusTraps_T2v2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.28 Å/pix.
x 600 pix.
= 1368. Å		2.28 Å/pix.
x 600 pix.
= 1368. Å		2.28 Å/pix.
x 600 pix.
= 1368. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.03920438 - 0.16736314
平均 (標準偏差)0.00030608638 (±0.004853744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 1368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: DNAOrigamiVirusTraps T2v2

ファイルemd_16239_half_map_1.map
注釈DNAOrigamiVirusTraps_T2v2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DNAOrigamiVirusTraps T2v2

ファイルemd_16239_half_map_2.map
注釈DNAOrigamiVirusTraps_T2v2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA Origami

全体名称: DNA Origami
要素
  • 複合体: DNA Origami
    • 複合体: scaffold DNA single-strand
    • 複合体: staple ssDNA oligonucleotides

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超分子 #1: DNA Origami

超分子名称: DNA Origami / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #2: scaffold DNA single-strand

超分子名称: scaffold DNA single-strand / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: 8064 bases
由来(天然)生物種: Inovirus M13 (ウイルス)

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超分子 #3: staple ssDNA oligonucleotides

超分子名称: staple ssDNA oligonucleotides / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: chemically synthesized
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 48.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: De novo 3D Initial Model created in Relion
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 21999
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Regularized Likelihood Optimization (Relion)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Regularized Likelihood Optimization (Relion)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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