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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Helical structure of BcThsA in complex with 1''-3'gcADPR | |||||||||
![]() | Sharpened EM map | |||||||||
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![]() | Thoeris / SIR2 domain / SLOG domain / 3'cADPR / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+ glycohydrolase / defense response to virus / hydrolase activity / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
![]() | Tamulaitiene G / Sasnauskas G / Sabonis D | |||||||||
資金援助 | リトアニア, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Activation of Thoeris antiviral system via SIR2 effector filament assembly. 著者: Giedre Tamulaitiene / Dziugas Sabonis / Giedrius Sasnauskas / Audrone Ruksenaite / Arunas Silanskas / Carmel Avraham / Gal Ofir / Rotem Sorek / Mindaugas Zaremba / Virginijus Siksnys / ![]() ![]() 要旨: To survive bacteriophage (phage) infections, bacteria developed numerous anti-phage defence systems. Some of them (for example, type III CRISPR-Cas, CBASS, Pycsar and Thoeris) consist of two modules: ...To survive bacteriophage (phage) infections, bacteria developed numerous anti-phage defence systems. Some of them (for example, type III CRISPR-Cas, CBASS, Pycsar and Thoeris) consist of two modules: a sensor responsible for infection recognition and an effector that stops viral replication by destroying key cellular components. In the Thoeris system, a Toll/interleukin-1 receptor (TIR)-domain protein, ThsB, acts as a sensor that synthesizes an isomer of cyclic ADP ribose, 1''-3' glycocyclic ADP ribose (gcADPR), which is bound in the Smf/DprA-LOG (SLOG) domain of the ThsA effector and activates the silent information regulator 2 (SIR2)-domain-mediated hydrolysis of a key cell metabolite, NAD (refs. ). Although the structure of ThsA has been solved, the ThsA activation mechanism remained incompletely understood. Here we show that 1''-3' gcADPR, synthesized in vitro by the dimeric ThsB' protein, binds to the ThsA SLOG domain, thereby activating ThsA by triggering helical filament assembly of ThsA tetramers. The cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of activated ThsA revealed that filament assembly stabilizes the active conformation of the ThsA SIR2 domain, enabling rapid NAD depletion. Furthermore, we demonstrate that filament formation enables a switch-like response of ThsA to the 1''-3' gcADPR signal. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.8 KB 27.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 62.1 MB 117 MB 60.3 MB 114.9 MB 114.9 MB 115.9 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Sharpened EM map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened EM map
ファイル | emd_16233_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement (mask on A subunit) sharpened EM...
ファイル | emd_16233_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement (mask on A subunit) sharpened EM map resampled on main EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement (mask on A subunit) EM map resampled on main EM map
ファイル | emd_16233_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement (mask on A subunit) EM map resampled on main EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement (mask on A subunit) EM half...
ファイル | emd_16233_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement (mask on A subunit) EM half map resampled on main EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement (mask on A subunit) EM half...
ファイル | emd_16233_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement (mask on A subunit) EM half map resampled on main EM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16233_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16233_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : BcThsA in complex with 1''-3'gcADPR
全体 | 名称: BcThsA in complex with 1''-3'gcADPR |
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要素 |
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-超分子 #1: BcThsA in complex with 1''-3'gcADPR
超分子 | 名称: BcThsA in complex with 1''-3'gcADPR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: NAD(+) hydrolase ThsA
分子 | 名称: NAD(+) hydrolase ThsA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NAD+ glycohydrolase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 55.417746 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SGGMKMNPIV ELFIKDFTKE VMEENAAIFA GAGLSMSVGY VSWAKLLEPI AQEIGLDVNK ENDLVSLAQY YCNENQGNRG RINQIILDE FSRKVDLTEN HKILARLPIH TYWTTAYDRL IEKALEEENK IADVKYTVKQ LATTKVKRDA VVYKMHGDVE H PSEAVLIK ...文字列: SGGMKMNPIV ELFIKDFTKE VMEENAAIFA GAGLSMSVGY VSWAKLLEPI AQEIGLDVNK ENDLVSLAQY YCNENQGNRG RINQIILDE FSRKVDLTEN HKILARLPIH TYWTTAYDRL IEKALEEENK IADVKYTVKQ LATTKVKRDA VVYKMHGDVE H PSEAVLIK DDYEKYSIKM DPYIKALSGD LVSKTFLFVG FSFTDPNLDY ILSRVRSAYE RDQRRHYCLI KKEERRPDEL EA DFEYRVR KQELFISDLS RFNIKTIVLN NYNEITEILQ RIENNIKTKT VFLSGSAVEY NHWETEHAEQ FIHQLSKELI RKD FNIVSG FGLGVGSFVI NGVLEELYMN QGTIDDDRLI LRPFPQGKKG EEQWDKYRRD MITRTGVSIF LYGNKIDKGQ VVKA KGVQS EFNISFEQNN YVVPVGATGY IAKDLWNKVN EEFETYYPGA DARMKKLFGE LNNEALSIEE LINTIIEFVE ILSN UniProtKB: NAD(+) hydrolase ThsA |
-分子 #2: (2R,3R,3aS,5S,6R,7S,8R,11R,13S,15aR)-2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,...
分子 | 名称: (2R,3R,3aS,5S,6R,7S,8R,11R,13S,15aR)-2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,6,7,11,13-pentahydroxyoctahydro-2H,5H,11H,13H-5,8-epoxy-11lambda~5~,13lambda~5~-furo[2,3-g][1,3,5,9,2,4] ...名称: (2R,3R,3aS,5S,6R,7S,8R,11R,13S,15aR)-2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,6,7,11,13-pentahydroxyoctahydro-2H,5H,11H,13H-5,8-epoxy-11lambda~5~,13lambda~5~-furo[2,3-g][1,3,5,9,2,4]tetraoxadiphosphacyclotetradecine-11,13-dione タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: OJC |
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分子量 | 理論値: 541.3 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-OJC: |
-分子 #3: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2321 / 平均露光時間: 46.33 sec. / 平均電子線量: 30.64 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8bto: |