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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1622 | |||||||||
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タイトル | Helical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA helices | |||||||||
マップデータ | Helical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA nucleocapsid-like structure. (Related to PDB entry 2wj8) | |||||||||
試料 |
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キーワード | paramyxovirus / virus / nucleocapsid / RNP / nucleoprotein | |||||||||
生物種 | Respiratory syncytial virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | MacLellan K / Yeo RP / Bhella D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Crystal structure of a nucleocapsid-like nucleoprotein-RNA complex of respiratory syncytial virus. 著者: Rajiv G Tawar / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Paloma F Varela / Laurence Damier-Piolle / Nathalie Castagné / Kirsty MacLellan / Hugues Bedouelle / Gérard Bricogne / David Bhella ...著者: Rajiv G Tawar / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Paloma F Varela / Laurence Damier-Piolle / Nathalie Castagné / Kirsty MacLellan / Hugues Bedouelle / Gérard Bricogne / David Bhella / Jean-François Eléouët / Félix A Rey / 要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of ...The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of this RNA virus, we determined the three-dimensional (3D) crystal structure at 3.3 A resolution of a decameric, annular ribonucleoprotein complex of the RSV nucleoprotein (N) bound to RNA. This complex mimics one turn of the viral helical nucleocapsid complex, which serves as template for viral RNA synthesis. The RNA wraps around the protein ring, with seven nucleotides contacting each N subunit, alternating rows of four and three stacked bases that are exposed and buried within a protein groove, respectively. Combined with electron microscopy data, this structure provides a detailed model for the RSV nucleocapsid, in which the bases are accessible for readout by the viral polymerase. Furthermore, the nucleoprotein structure highlights possible key sites for drug targeting. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1622.map.gz | 3.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1622-v30.xml emd-1622.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1622.png | 1.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1622 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1622_validation.pdf.gz | 184.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1622_full_validation.pdf.gz | 183.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1622_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1622 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1622 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Helical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA nucleocapsid-like structure. (Related to PDB entry 2wj8) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA
全体 | 名称: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA
超分子 | 名称: Respiratory Syncytial Virus Nucleoprotein-RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Nucleoprotein was expressed in insect cells / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Nucleocapsid protein
分子 | 名称: Nucleocapsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: nucleoprotein / 集合状態: helical / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス) / 別称: RSV / 細胞: SF21 |
分子量 | 理論値: 43 MDa |
組換発現 | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Cryo-negative staining 5 ul of protein suspension at an approximate concentration of 0.2 mg/ml was loaded onto a freshly glow-discharged Quantifoil holey carbon support film for approximately ...詳細: Cryo-negative staining 5 ul of protein suspension at an approximate concentration of 0.2 mg/ml was loaded onto a freshly glow-discharged Quantifoil holey carbon support film for approximately 10 seconds. The grid was then transferred to a droplet of 20% (w/v) ammonium molybdate solution (pH 7.4) for approximately 10 seconds, blotted for 2-3 seconds and plunged into a bath of liquid nitrogen cooled ethane slush |
グリッド | 詳細: 400 mesh quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 手法: blot for 2 seconds, wait for 2 seconds plunge |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EXII |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective astigmatism corrected at 200k x |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.18 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 29200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 36.8 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, HELICALS, HELICALI |
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