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- EMDB-16183: In situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16183
タイトルIn situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer
マップデータPostProcessed map with B-factor sharpening
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Caulobacter crescentus S-layer
    • タンパク質・ペプチド: S-layer protein rsaAS層
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
機能・相同性RsaA N-terminal domain / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / calcium ion binding / S-layer protein rsaA
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (カウロバクター・クレセンタス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者von Kuegelgen A / Bharat T
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202231/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/31 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0.
著者: Jasenko Zivanov / Joaquín Otón / Zunlong Ke / Andriko von Kügelgen / Euan Pyle / Kun Qu / Dustin Morado / Daniel Castaño-Díez / Giulia Zanetti / Tanmay A M Bharat / John A G Briggs / Sjors H W Scheres /
要旨: We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are ...We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are based on 3D data models, we propose to optimise a regularised likelihood target that approximates a function of the 2D experimental images. In addition, analogous to Bayesian polishing and contrast transfer function (CTF) refinement in single-particle analysis, we describe the approaches that exploit the increased signal-to-noise ratio in the averaged structure to optimise tilt-series alignments, beam-induced motions of the particles throughout the tilt-series acquisition, defoci of the individual particles, as well as higher-order optical aberrations of the microscope. Implementation of our approaches in the open-source software package RELION aims to facilitate their general use, particularly for those researchers who are already familiar with its single-particle analysis tools. We illustrate for three applications that our approaches allow structure determination from cryo-ET data to resolutions sufficient for de novo atomic modelling.
#1: ジャーナル: BioRxiv / 年: 2022
タイトル: A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0
著者: Zivanov J / Oton J / Ke Z / von Kuegelgen A / Pyle E / Qu K / Morado D / Castano-Diez D / Zanetti G / Bharat TAM / Briggs JAG / Scheres SHW
履歴
登録2022年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16183.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PostProcessed map with B-factor sharpening
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 160 pix.
= 216. Å		1.35 Å/pix.
x 160 pix.
= 216. Å		1.35 Å/pix.
x 160 pix.
= 216. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.54716
最小 - 最大-1.4492271 - 2.1447482
平均 (標準偏差)1.8384515e-12 (±0.109431066)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 216.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16183_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_16183_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_16183_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Caulobacter crescentus S-layer

全体名称: Caulobacter crescentus S-layer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Caulobacter crescentus S-layer
    • タンパク質・ペプチド: S-layer protein rsaAS層
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: Caulobacter crescentus S-layer

超分子名称: Caulobacter crescentus S-layer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Caulobacter crescentus S-layer
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (カウロバクター・クレセンタス)
株: YB2811 / 細胞中の位置: extra-cellular

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分子 #1: S-layer protein rsaA

分子名称: S-layer protein rsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: In-situ S-layer / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (カウロバクター・クレセンタス)
株: NA1000 / CB15N
分子量理論値: 98.153906 KDa
組換発現生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (カウロバクター・クレセンタス)
配列文字列: MAYTTAQLVT AYTNANLGKA PDAATTLTLD AYATQTQTGG LSDAAALTNT LKLVNSTTAV AIQTYQFFTG VAPSAAGLDF LVDSTTNTN DLNDAYYSKF AQENRFINFS INLATGAGAG ATAFAAAYTG VSYAQTVATA YDKIIGNAVA TAAGVDVAAA V AFLSRQAN ...文字列:
MAYTTAQLVT AYTNANLGKA PDAATTLTLD AYATQTQTGG LSDAAALTNT LKLVNSTTAV AIQTYQFFTG VAPSAAGLDF LVDSTTNTN DLNDAYYSKF AQENRFINFS INLATGAGAG ATAFAAAYTG VSYAQTVATA YDKIIGNAVA TAAGVDVAAA V AFLSRQAN IDYLTAFVRA NTPFTAAADI DLAVKAALIG TILNAATVSG IGGYATATAA MINDLSDGAL STDNAAGVNL FT AYPSSGV SGSTLSLTTG TDTLTGTANN DTFVAGEVAG AATLTVGDTL SGGAGTDVLN WVQAAAVTAL PTGVTISGIE TMN VTSGAA ITLNTSSGVT GLTALNTNTS GAAQTVTAGA GQNLTATTAA QAANNVAVDG GANVTVASTG VTSGTTTVGA NSAA SGTVS VSVANSSTTT TGAIAVTGGT AVTVAQTAGN AVNTTLTQAD VTVTGNSSTT AVTVTQTAAA TAGATVAGRV NGAVT ITDS AAASATTAGK IATVTLGSFG AATIDSSALT TVNLSGTGTS LGIGRGALTA TPTANTLTLN VNGLTTTGAI TDSEAA ADD GFTTINIAGS TASSTIASLV AADATTLNIS GDARVTITSH TAAALTGITV TNSVGATLGA ELATGLVFTG GAGADSI LL GATTKAIVMG AGDDTVTVSS ATLGAGGSVN GGDGTDVLVA NVNGSSFSAD PAFGGFETLR VAGAAAQGSH NANGFTAL Q LGATAGATTF TNVAVNVGLT VLAAPTGTTT VTLANATGTS DVFNLTLSSS AALAAGTVAL AGVETVNIAA TDTNTTAHV DTLTLQATSA KSIVVTGNAG LNLTNTGNTA VTSFDASAVT GTGSAVTFVS ANTTVGEVVT IRGGAGADSL TGSATANDTI IGGAGADTL VYTGGTDTFT GGTGADIFDI NAIGTSTAFV TITDAAVGDK LDLVGISTNG AIADGAFGAA VTLGAAATLA Q YLDAAAAG DGSGTSVAKW FQFGGDTYVV VDSSAGATFV SGADAVIKLT GLVTLTTSAF ATEVLTLA

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: PYE medium
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1.5 s blot.
詳細Caulobacter crescentus stalk

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系球面収差補正装置: not used / 色収差補正装置: not used / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 実像数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 / 詳細: Dose symmetric tilt scheme (Hagen et al, JSB)
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 110 / 使用した粒子像数: 51866 / 参照モデル: EMDF / 手法: EMD-10388 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0) / 詳細: RELION subtomogram averaging
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 8645 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0) / 詳細: RELION 4.0.0
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 42990

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8bqe:
In situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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