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- EMDB-16112: Human Urea Transporter UT-B/UT1 in Complex with Inhibitor UTBinh-14 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16112
タイトルHuman Urea Transporter UT-B/UT1 in Complex with Inhibitor UTBinh-14
マップデータ
試料
  • 複合体: Homotrimeric complex of Human Urea Transporter UT-B
    • タンパク質・ペプチド: Urea transporter 1
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 10-(4-ethylphenyl)sulfonyl-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-5-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,9,11-pentaen-7-amine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: water
キーワードSLC14A1 / UT1 / UT-B / Urea Transporter / Inhibitor / Solute Carrier / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


urea channel activity / urea transport / Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea transmembrane transport / urea transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / establishment of localization in cell / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Urea transporter / Urea transporter / Ammonium/urea transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Urea transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chi G / Dietz L / Pike ACW / Maclean EM / Mukhopadhyay SMM / Bohstedt T / Wang D / Scacioc A / McKinley G / Arrowsmith CH ...Chi G / Dietz L / Pike ACW / Maclean EM / Mukhopadhyay SMM / Bohstedt T / Wang D / Scacioc A / McKinley G / Arrowsmith CH / Edwards A / Bountra C / Fernandez-Cid A / Burgess-Brown NA / Duerr KL
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust106169/Z//14/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of human urea transporters UT-A and UT-B and their inhibition.
著者: Gamma Chi / Larissa Dietz / Haiping Tang / Matthew Snee / Andreea Scacioc / Dong Wang / Gavin Mckinley / Shubhashish M M Mukhopadhyay / Ashley C W Pike / Rod Chalk / Nicola A Burgess-Brown / ...著者: Gamma Chi / Larissa Dietz / Haiping Tang / Matthew Snee / Andreea Scacioc / Dong Wang / Gavin Mckinley / Shubhashish M M Mukhopadhyay / Ashley C W Pike / Rod Chalk / Nicola A Burgess-Brown / Jean-Pierre Timmermans / Wouter van Putte / Carol V Robinson / Katharina L Dürr /
要旨: In this study, we present the structures of human urea transporters UT-A and UT-B to characterize them at molecular level and to detail the mechanism of UT-B inhibition by its selective inhibitor, ...In this study, we present the structures of human urea transporters UT-A and UT-B to characterize them at molecular level and to detail the mechanism of UT-B inhibition by its selective inhibitor, UTB-14. High-resolution structures of both transporters establish the structural basis for the inhibitor's selectivity to UT-B, and the identification of multiple binding sites for the inhibitor will aid with the development of drug lead molecules targeting both transporters. Our study also discovers phospholipids associating with the urea transporters by combining structural observations, native MS, and lipidomics analysis. These insights improve our understanding of urea transporter function at a molecular level and provide a blueprint for a structure-guided design of therapeutics targeting these transporters.
履歴
登録2022年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16112.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-3.235934 - 4.45492
平均 (標準偏差)0.0041663805 (±0.11867414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 246.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16112_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16112_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16112_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotrimeric complex of Human Urea Transporter UT-B

全体名称: Homotrimeric complex of Human Urea Transporter UT-B
要素
  • 複合体: Homotrimeric complex of Human Urea Transporter UT-B
    • タンパク質・ペプチド: Urea transporter 1
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 10-(4-ethylphenyl)sulfonyl-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-5-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,9,11-pentaen-7-amine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Homotrimeric complex of Human Urea Transporter UT-B

超分子名称: Homotrimeric complex of Human Urea Transporter UT-B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Urea transporter 1

分子名称: Urea transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N211A is an engineered mutation. The rest are natural variants.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.17741 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFPKALGYVT GDMKELANQL KDKPVVLQFI DWILRGISQV VFVNNPVSGI LILVGLLVQN PWWALTGWLG TVVSTLMALL LSQDRSLIA SGLYGYNATL VGVLMAVFSD KGDYFWWLLL PVCAMSMTCP IFSSALNSVL SKWDLPVFTL PFNMALSMYL S ATGHYNPF ...文字列:
MFPKALGYVT GDMKELANQL KDKPVVLQFI DWILRGISQV VFVNNPVSGI LILVGLLVQN PWWALTGWLG TVVSTLMALL LSQDRSLIA SGLYGYNATL VGVLMAVFSD KGDYFWWLLL PVCAMSMTCP IFSSALNSVL SKWDLPVFTL PFNMALSMYL S ATGHYNPF FPAKLVIPIT TAPQISWSDL SALELLKSIP VGVGQIYGCD NPWTGGIFLG AILLSSPLMC LHAAIGSLLG IA AGLSLSA PFENIYFGLW GFNSSLACIA MGGMFMALTW QTHLLALGCA LFTAYLGVGM ANFMAEVGLP ACTWPFCLAT LLF LIMTTK NSNIYKMPLS KVTYPEENRI FYLQAKKRMV ESPLAENLYF Q

UniProtKB: Urea transporter 1

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分子 #2: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #3: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 51 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #4: 10-(4-ethylphenyl)sulfonyl-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-5-thia-1,8,...

分子名称: 10-(4-ethylphenyl)sulfonyl-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-5-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,9,11-pentaen-7-amine
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: 5D3
分子量理論値: 455.576 Da
Chemical component information

ChemComp-5D3:
10-(4-ethylphenyl)sulfonyl-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-5-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,9,11-pentaen-7-amine

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 66 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
0.02 %DDM
0.002 %CHS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 8221 / 平均電子線量: 39.58 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2288882
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 258739
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8blp:
Human Urea Transporter UT-B/UT1 in Complex with Inhibitor UTBinh-14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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