+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15961 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM Structure of a BmSF-TAL - Sulfofructose Schiff Base Complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | Transaldolase / sulfofructose / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / decamer (オリゴマー) / TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose transaldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / transaldolase activity / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / aldehyde-lyase activity / Aldolase-type TIM barrel / carbohydrate metabolic process / 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose transaldolase 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア) / Bacillus aryabhattai (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Snow AJD / Sharma M / Blaza J / Davies GJ | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structure and mechanism of sulfofructose transaldolase, a key enzyme in sulfoquinovose metabolism. 著者: Alexander J D Snow / Mahima Sharma / Palika Abayakoon / Spencer J Williams / James N Blaza / Gideon J Davies / 要旨: Sulfoquinovose (SQ) is a key component of plant sulfolipids (sulfoquinovosyl diacylglycerols) and a major environmental reservoir of biological sulfur. Breakdown of SQ is achieved by bacteria through ...Sulfoquinovose (SQ) is a key component of plant sulfolipids (sulfoquinovosyl diacylglycerols) and a major environmental reservoir of biological sulfur. Breakdown of SQ is achieved by bacteria through the pathways of sulfoglycolysis. The sulfoglycolytic sulfofructose transaldolase (sulfo-SFT) pathway is used by gut-resident firmicutes and soil saprophytes. After isomerization of SQ to sulfofructose (SF), the namesake enzyme catalyzes the transaldol reaction of SF transferring dihydroxyacetone to 3C/4C acceptors to give sulfolactaldehyde and fructose-6-phosphate or sedoheptulose-7-phosphate. We report the 3D cryo-EM structure of SF transaldolase from Bacillus megaterium in apo and ligand bound forms, revealing a decameric structure formed from two pentameric rings of the protomer. We demonstrate a covalent "Schiff base" intermediate formed by reaction of SF with Lys89 within a conserved Asp-Lys-Glu catalytic triad and defined by an Arg-Trp-Arg sulfonate recognition triad. The structural characterization of the signature enzyme of the sulfo-SFT pathway provides key insights into molecular recognition of the sulfonate group of sulfosugars. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15961.map.gz | 10.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15961-v30.xml emd-15961.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15961_fsc.xml | 11.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15961.png | 134.5 KB | ||
マスクデータ | emd_15961_msk_1.map | 144.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15961.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_15961_half_map_1.map.gz emd_15961_half_map_2.map.gz | 114.1 MB 114.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15961 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15961 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15961.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15961_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15961_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15961_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Decameric complex of BmSF-TAL
全体 | 名称: Decameric complex of BmSF-TAL |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Decameric complex of BmSF-TAL
超分子 | 名称: Decameric complex of BmSF-TAL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Solution decamer of BmSF-TAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: BmSF-TAL
分子 | 名称: BmSF-TAL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bacillus aryabhattai (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 25.311557 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKYFLDSAIL EEIRYAYENW AIDGVTTNPR HIMNSGKPFL TVLDEFASEF KGVENFPISV EINPHLDNAK DMVEEGTKIA KLSSNFVIK IPCTEPGLIA AKEFEKQGIS TNVTLVFSPS QALQPARIGA KFVSPFVGWK ENSGDDTTQY IQDIVNIYKN Y NYNTEIIV ...文字列: MKYFLDSAIL EEIRYAYENW AIDGVTTNPR HIMNSGKPFL TVLDEFASEF KGVENFPISV EINPHLDNAK DMVEEGTKIA KLSSNFVIK IPCTEPGLIA AKEFEKQGIS TNVTLVFSPS QALQPARIGA KFVSPFVGWK ENSGDDTTQY IQDIVNIYKN Y NYNTEIIV AALRNGKQIV DAAKAGAHIV TCGFDVYKES FQHAFTDYGL NKFRNAWDNT VTEAPVLK UniProtKB: 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose transaldolase |
-分子 #2: (2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4,6-tetrakis(oxidanyl)hexane-1-sulfonic acid
分子 | 名称: (2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4,6-tetrakis(oxidanyl)hexane-1-sulfonic acid タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 10 / 式: QC9 |
---|---|
分子量 | 理論値: 230.236 Da |
Chemical component information | ChemComp-QC9: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 500 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 38.0 kPa / 詳細: 20 mAmp, 10 s hold time |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: -10 blot force, 6 second blot time. |
詳細 | monodisperse sample with acceptable range of orientations; ice was of good quality |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 310000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1842 / 平均露光時間: 3.39 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |