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- EMDB-15955: Structure of the IFT-A complex; IFT-A1 module -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15955
タイトルStructure of the IFT-A complex; IFT-A1 module
マップデータIFT-A1 module; unsharpened map
試料
  • 複合体: IFT-A complex; IFT-A1 module
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 19
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 140 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / intraciliary transport particle A / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / neural tube patterning ...smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / intraciliary transport particle A / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / neural tube patterning / photoreceptor cell outer segment organization / intraciliary retrograde transport / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / establishment of protein localization to organelle / embryonic camera-type eye development / gonad development / regulation of cilium assembly / spinal cord dorsal/ventral patterning / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / Intraflagellar transport / camera-type eye morphogenesis / embryonic brain development / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic heart tube development / non-motile cilium / embryonic cranial skeleton morphogenesis / nervous system process / 繊毛 / embryonic forelimb morphogenesis / determination of left/right symmetry / embryonic limb morphogenesis / limb development / embryonic digit morphogenesis / receptor clustering / axoneme / cilium assembly / photoreceptor outer segment / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / 中心小体 / ciliary basal body / neural tube closure / cell morphogenesis / 繊毛 / heart development / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / 中心体 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WD domain, G-beta repeat / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート ...WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WD domain, G-beta repeat / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport protein 140 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Hesketh SJ / Mukhopadhyay AG / Nakamura D / Toropova K / Roberts AJ
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust217186/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007202/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: IFT-A structure reveals carriages for membrane protein transport into cilia.
著者: Sophie J Hesketh / Aakash G Mukhopadhyay / Dai Nakamura / Katerina Toropova / Anthony J Roberts /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) ...Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) and motor proteins, posing a formidable challenge to mechanistic understanding. Here, we reconstituted the complete human IFT-A complex and obtained its structure using cryo-EM. Combined with AlphaFold prediction and genome-editing studies, our results illuminate how IFT-A polymerizes, interacts with IFT-B, and uses an array of β-propeller and TPR domains to create "carriages" of the IFT train that engage TULP adaptor proteins. We show that IFT-A⋅TULP carriages are essential for cilia localization of diverse membrane proteins, as well as ICK-the key kinase regulating IFT train turnaround. These data establish a structural link between IFT-A's distinct functions, provide a blueprint for IFT-A in the train, and shed light on how IFT evolved from a proto-coatomer ancestor.
履歴
登録2022年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2023年1月4日-
現状2023年1月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15955.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IFT-A1 module; unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.304 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.16845933 - 0.47634465
平均 (標準偏差)0.00014597371 (±0.0070780874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 546.304 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15955_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IFT-A1 module, half map A

ファイルemd_15955_half_map_1.map
注釈IFT-A1 module, half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IFT-A1 module, half map B

ファイルemd_15955_half_map_2.map
注釈IFT-A1 module, half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IFT-A complex; IFT-A1 module

全体名称: IFT-A complex; IFT-A1 module
要素
  • 複合体: IFT-A complex; IFT-A1 module
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 19
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 140 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog

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超分子 #1: IFT-A complex; IFT-A1 module

超分子名称: IFT-A complex; IFT-A1 module / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: WD repeat-containing protein 19

分子名称: WD repeat-containing protein 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 153.639297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKRIFSLLEK TWLGAPIQFA WQKTSGNYLA VTGADYIVKI FDRHGQKRSE INLPGNCVAM DWDKDGDVLA VIAEKSSCIY LWDANTNKT SQLDNGMRDQ MSFLLWSKVG SFLAVGTVKG NLLIYNHQTS RKIPVLGKHT KRITCGCWNA ENLLALGGED K MITVSNQE ...文字列:
MKRIFSLLEK TWLGAPIQFA WQKTSGNYLA VTGADYIVKI FDRHGQKRSE INLPGNCVAM DWDKDGDVLA VIAEKSSCIY LWDANTNKT SQLDNGMRDQ MSFLLWSKVG SFLAVGTVKG NLLIYNHQTS RKIPVLGKHT KRITCGCWNA ENLLALGGED K MITVSNQE GDTIRQTQVR SEPSNMQFFL MKMDDRTSAA ESMISVVLGK KTLFFLNLNE PDNPADLEFQ QDFGNIVCYN WY GDGRIMI GFSCGHFVVI STHTGELGQE IFQARNHKDN LTSIAVSQTL NKVATCGDNC IKIQDLVDLK DMYVILNLDE ENK GLGTLS WTDDGQLLAL STQRGSLHVF LTKLPILGDA CSTRIAYLTS LLEVTVANPV EGELPITVSV DVEPNFVAVG LYHL AVGMN NRAWFYVLGE NAVKKLKDME YLGTVASICL HSDYAAALFE GKVQLHLIES EILDAQEERE TRLFPAVDDK CRILC HALT SDFLIYGTDT GVVQYFYIED WQFVNDYRHP VSVKKIFPDP NGTRLVFIDE KSDGFVYCPV NDATYEIPDF SPTIKG VLW ENWPMDKGVF IAYDDDKVYT YVFHKDTIQG AKVILAGSTK VPFAHKPLLL YNGELTCQTQ SGKVNNIYLS THGFLSN LK DTGPDELRPM LAQNLMLKRF SDAWEMCRIL NDEAAWNELA RACLHHMEVE FAIRVYRRIG NVGIVMSLEQ IKGIEDYN L LAGHLAMFTN DYNLAQDLYL ASSCPIAALE MRRDLQHWDS ALQLAKHLAP DQIPFISKEY AIQLEFAGDY VNALAHYEK GITGDNKEHD EACLAGVAQM SIRMGDIRRG VNQALKHPSR VLKRDCGAIL ENMKQFSEAA QLYEKGLYYD KAASVYIRSK NWAKVGDLL PHVSSPKIHL QYAKAKEADG RYKEAVVAYE NAKQWQSVIR IYLDHLNNPE KAVNIVRETQ SLDGAKMVAR F FLQLGDYG SAIQFLVMSK CNNEAFTLAQ QHNKMEIYAD IIGSEDTTNE DYQSIALYFE GEKRYLQAGK FFLLCGQYSR AL KHFLKCP SSEDNVAIEM AIETVGQAKD ELLTNQLIDH LLGENDGMPK DAKYLFRLYM ALKQYREAAQ TAIIIAREEQ SAG NYRNAH DVLFSMYAEL KSQKIKIPSE MATNLMILHS YILVKIHVKN GDHMKGARML IRVANNISKF PSHIVPILTS TVIE CHRAG LKNSAFSFAA MLMRPEYRSK IDAKYKKKIE GMVRRPDISE IEEATTPCPF CKFLLPECEL LCPGCKNSIP YCIAT GRHM LKDDWTVCPH CDFPALYSEL KIMLNTESTC PMCSERLNAA QLKKISDCTQ YLRTEEELEN LYFQSDYKDD DDK

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分子 #2: Intraflagellar transport protein 140 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 140 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 167.328312 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALYYDHQIE APDAAGSPSF ISWHPVHPFL AVAYISTTST GSVDIYLEQG ECVPDTHVER PFRVASLCWH PTRLVLAVGW ETGEVTVFN KQDKEQHTMP LTHTADITVL RWSPSGNCLL SGDRLGVLLL WRLDQRGRVQ GTPLLKHEYG KHLTHCIFRL P PPGEDLVQ ...文字列:
MALYYDHQIE APDAAGSPSF ISWHPVHPFL AVAYISTTST GSVDIYLEQG ECVPDTHVER PFRVASLCWH PTRLVLAVGW ETGEVTVFN KQDKEQHTMP LTHTADITVL RWSPSGNCLL SGDRLGVLLL WRLDQRGRVQ GTPLLKHEYG KHLTHCIFRL P PPGEDLVQ LAKAAVSGDE KALDMFNWKK SSSGSLLKMG SHEGLLFFVS LMDGTVHYVD EKGKTTQVVS ADSTIQMLFY ME KREALVV VTENLRLSLY TVPPEGKAEE VMKVKLSGKT GRRADIALIE GSLLVMAVGE AALRFWDIER GENYILSPDE KFG FEKGEN MNCVCYCKVK GLLAAGTDRG RVAMWRKVPD FLGSPGAEGK DRWALQTPTE LQGNITQIQW GSRKNLLAVN SVIS VAILS ERAMSSHFHQ QVAAMQVSPS LLNVCFLSTG VAHSLRTDMH ISGVFATKDA VAVWNGRQVA IFELSGAAIR SAGTF LCET PVLAMHEENV YTVESNRVQV RTWQGTVKQL LLFSETEGNP CFLDICGNFL VVGTDLAHFK SFDLSRREAK AHCSCR SLA ELVPGVGGIA SLRCSSSGST ISILPSKADN SPDSKICFYD VEMDTVTVFD FKTGQIDRRE TLSFNEQETN KSHLFVD EG LKNYVPVNHF WDQSEPRLFV CEAVQETPRS QPQSANGQPQ DGRAGPAADV LILSFFISEE HGFLLHESFP RPATSHSL L GMEVPYYYFT RKPEEADRED EVEPGCHHIP QMVSRRPLRD FVGLEDCDKA TRDAMLHFSF FVTIGDMDEA FKSIKLIKS EAVWENMARM CVKTQRLDVA KVCLGNMGHA RGARALREAE QEPELEARVA VLATQLGMLE DAEQLYRKCK RHDLLNKFYQ AAGRWQEAL QVAEHHDRVH LRSTYHRYAG HLEASADCSR ALSYYEKSDT HRFEVPRMLS EDLPSLELYV NKMKDKTLWR W WAQYLESQ GEMDAALHYY ELARDHFSLV RIHCFQGNVQ KAAQIANETG NLAASYHLAR QYESQEEVGQ AVHFYTRAQA FK NAIRLCK ENGLDDQLMN LALLSSPEDM IEAARYYEEK GVQMDRAVML YHKAGHFSKA LELAFATQQF VALQLIAEDL DET SDPALL ARCSDFFIEH SQYERAVELL LAARKYQEAL QLCLGQNMSI TEEMAEKMTV AKDSSDLPEE SRRELLEQIA DCCM RQGSY HLATKKYTQA GNKLKAMRAL LKSGDTEKIT FFASVSRQKE IYIMAANYLQ SLDWRKEPEI MKNIIGFYTK GRALD LLAG FYDACAQVEI DEYQNYDKAH GALTEAYKCL AKAKAKSPLD QETRLAQLQS RMALVKRFIQ ARRTYTEDPK ESIKQC ELL LEEPDLDSTI RIGDVYGFLV EHYVRKEEYQ TAYRFLEEMR RRLPLANMSY YVSPQAVDAV HRGLGLPLPR TVPEQVR HN SMEDARELDE EVVEEADDDP ENLYFQSWSH PQFEK

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分子 #3: Intraflagellar transport protein 122 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 142.007734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRAVLTWRDK AEHCINDIAF KPDGTQLILA AGSRLLVYDT SDGTLLQPLK GHKDTVYCVA YAKDGKRFAS GSADKSVIIW TSKLEGILK YTHNDAIQCV SYNPITHQLA SCSSSDFGLW SPEQKSVSKH KSSSKIICCS WTNDGQYLAL GMFNGIISIR N KNGEEKVK ...文字列:
MRAVLTWRDK AEHCINDIAF KPDGTQLILA AGSRLLVYDT SDGTLLQPLK GHKDTVYCVA YAKDGKRFAS GSADKSVIIW TSKLEGILK YTHNDAIQCV SYNPITHQLA SCSSSDFGLW SPEQKSVSKH KSSSKIICCS WTNDGQYLAL GMFNGIISIR N KNGEEKVK IERPGGSLSP IWSICWNPSS RWESFWMNRE NEDAEDVIVN RYIQEIPSTL KSAVYSSQGS EAEEEEPEEE DD SPRDDNL EERNDILAVA DWGQKVSFYQ LSGKQIGKDR ALNFDPCCIS YFTKGEYILL GGSDKQVSLF TKDGVRLGTV GEQ NSWVWT CQAKPDSNYV VVGCQDGTIS FYQLIFSTVH GLYKDRYAYR DSMTDVIVQH LITEQKVRIK CKELVKKIAI YRNR LAIQL PEKILIYELY SEDLSDMHYR VKEKIIKKFE CNLLVVCANH IILCQEKRLQ CLSFSGVKER EWQMESLIRY IKVIG GPPG REGLLVGLKN GQILKIFVDN LFAIVLLKQA TAVRCLDMSA SRKKLAVVDE NDTCLVYDID TKELLFQEPN ANSVAW NTQ CEDMLCFSGG GYLNIKASTF PVHRQKLQGF VVGYNGSKIF CLHVFSISAV EVPQSAPMYQ YLDRKLFKEA YQIACLG VT DTDWRELAME ALEGLDFETA KKAFIRVQDL RYLELISSIE ERKKRGETNN DLFLADVFSY QGKFHEAAKL YKRSGHEN L ALEMYTDLCM FEYAKDFLGS GDPKETKMLI TKQADWARNI KEPKAAVEMY ISAGEHVKAI EICGDHGWVD MLIDIARKL DKAEREPLLL CATYLKKLDS PGYAAETYLK MGDLKSLVQL HVETQRWDEA FALGEKHPEF KDDIYMPYAQ WLAENDRFEE AQKAFHKAG RQREAVQVLE QLTNNAVAES RFNDAAYYYW MLSMQCLDIA QDPAQKDTML GKFYHFQRLA ELYHGYHAIH R HTEDPFSV HRPETLFNIS RFLLHSLPKD TPSGISKVKI LFTLAKQSKA LGAYRLARHA YDKLRGLYIP ARFQKSIELG TL TIRAKPF HDSEELVPLC YRCSTNNPLL NNLGNVCINC RQPFIFSASS YDVLHLVEFY LEEGITDEEA ISLIDLEVLR PKR DDRQLE IANNSSQILR LVETKDSIGD EDPFTAKLSF EQGGSEFVPV VVSRLVLRSM SRRDVLIKRW PPPLRWQYFR SLLP DASIT MCPSCFQMFH SEDYELLVLQ HGCCPYCRRC KDDPGP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
詳細: Average electron dose for additional dataset was 49.5 (e-/A2)
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated from the data
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: Resolution range 7-15A / 使用した粒子像数: 136617
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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