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- EMDB-15848: IstA transposase cleaved donor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15848
タイトルIstA transposase cleaved donor complex
マップデータ
試料
  • 複合体: IstA transposase cleaved donor complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
    • DNA: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
    • DNA: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードDNA Transposition / Transposase / Cleaved donor complex / DDE domain / IS21 / IstA / Insertion sequence / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH domain, IS21 transposase-type / IS21 transposase-type HTH domain profile. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative transposase for insertion sequence element IS5376
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Spinola-Amilibia M / de la Gandara A / Araujo-Bazan L / Berger JM / Arias-Palomo E
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-120275GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-89143-P スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: IS21 family transposase cleaved donor complex traps two right-handed superhelical crossings.
著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Lidia Araújo-Bazán / Álvaro de la Gándara / James M Berger / Ernesto Arias-Palomo /
要旨: Transposases are ubiquitous enzymes that catalyze DNA rearrangement events with broad impacts on gene expression, genome evolution, and the spread of drug-resistance in bacteria. Here, we use ...Transposases are ubiquitous enzymes that catalyze DNA rearrangement events with broad impacts on gene expression, genome evolution, and the spread of drug-resistance in bacteria. Here, we use biochemical and structural approaches to define the molecular determinants by which IstA, a transposase present in the widespread IS21 family of mobile elements, catalyzes efficient DNA transposition. Solution studies show that IstA engages the transposon terminal sequences to form a high-molecular weight complex and promote DNA integration. A 3.4 Å resolution structure of the transposase bound to transposon ends corroborates our biochemical findings and reveals that IstA self-assembles into a highly intertwined tetramer that synapses two supercoiled terminal inverted repeats. The three-dimensional organization of the IstA•DNA cleaved donor complex reveals remarkable similarities with retroviral integrases and classic transposase systems, such as Tn7 and bacteriophage Mu, and provides insights into IS21 transposition.
履歴
登録2022年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15848.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.16822992 - 0.19696657
平均 (標準偏差)0.000040691775 (±0.0038705005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15848_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_15848_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15848_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15848_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IstA transposase cleaved donor complex

全体名称: IstA transposase cleaved donor complex
要素
  • 複合体: IstA transposase cleaved donor complex
    • タンパク質・ペプチド: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
    • DNA: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
    • DNA: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: IstA transposase cleaved donor complex

超分子名称: IstA transposase cleaved donor complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Complex of IstA transposase bound to two right IS5376 transposon ends
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 225 KDa

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分子 #1: Putative transposase for insertion sequence element IS5376

分子名称: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The residues annotated as cloning artefact are the following five flanking bases of the X67861 gene
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 47.687723 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MITRGEFFMI KEMYERGMSI SDIARELGID RKTVRKYIHS PNPPSKSKRK QRKSKLDPFK PYLQKRMLED GVFNSEKLFF EIRQQGYTG GKTILKDYMK PFRETAKKKY TVRYETLPGE QMQVDWKEVG EVVIEGKKVK LSLFVATLGY SRMKYAVFTT S QDQEHLME ...文字列:
MITRGEFFMI KEMYERGMSI SDIARELGID RKTVRKYIHS PNPPSKSKRK QRKSKLDPFK PYLQKRMLED GVFNSEKLFF EIRQQGYTG GKTILKDYMK PFRETAKKKY TVRYETLPGE QMQVDWKEVG EVVIEGKKVK LSLFVATLGY SRMKYAVFTT S QDQEHLME CLIQSFKYFG GVPKKVLFDN MKTVTDGREQ GVVKWNQRFS EFASYYGFIP KVCRPYRAQT KGKVERAIQY IM DHFYVGT AFESIEELNF LLHRWLDQVA NRKPNATTGI SPQERWAEES LKPLPLKDYD TSYLSYRKVH WDGSFSYKGE QWL LSAEYA GKEILVKERL NGDIRLYFRG EEISHVDQQK KVISFAEKIK KKQTEMAATI SPVSVEVDTR PLSVYDAFLR GESS ENLYF Q

UniProtKB: Putative transposase for insertion sequence element IS5376

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分子 #2: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)

分子名称: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
タイプ: dna / ID: 2 / 詳細: GB X67861 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 18.384814 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC) (DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC) (DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG)

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分子 #3: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)

分子名称: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 17.029939 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)

GENBANK: GENBANK: X67861.1

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.119 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium chloride
1.0 mMDTT1,4-Dithiothreitol
0.005 %Tween-20Tween-20
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 3.36 sec. / 平均電子線量: 59.7 e/Å2 / 詳細: Single shot per hole
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Super-resolution counting mode
粒子像選択選択した数: 11094653
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Obtained, from cryo-EM data, using the Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm implemented in Relion 3.1.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 337376
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 180000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 115.818
得られたモデル

PDB-8b4h:
IstA transposase cleaved donor complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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