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万見

- EMDB-15767: Bovine 20S proteasome, untreated -

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登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-15767

タイトル

Bovine 20S proteasome, untreated

マップデータ

Sharpened map

試料

複合体: Untreated 20S proteasome
- タンパク質・ペプチド: x 14種

キーワード

20S proteasome / Degradation / Proteolysis / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Activation of NF-kappaB in B cells / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Activation of NF-kappaB in B cells / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / KEAP1-NFE2L2 pathway / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / UCH proteinases / ABC-family proteins mediated transport / Ub-specific processing proteases / Downstream TCR signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome core complex / Neutrophil degranulation / immune system process / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / ciliary basal body / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide binding / P-body / postsynapse / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / response to oxidative stress / centrosome / synapse / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Szenkier N / Arie M / Matzov D / Sertchook R / Carmeli R / Cascio P / Stanhill A / Shalev Benami M / Navon A

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Bovine 20S proteasome, untreated
著者: Szenkier N / Arie M / Matzov D / Sertchook R / Carmeli R / Cascio P / Stanhill A / Shalev Benami M / Navon A

履歴

登録	2022年9月6日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年3月20日	-
マップ公開	2024年3月20日	-
更新	2024年3月20日	-
現状	2024年3月20日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像	emd_15767.png

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ダウンロードとリンク

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_15767.map.gz	285.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-15767-v30.xml emd-15767.xml	29.3 KB 29.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_15767.png	66.6 KB
Filedesc metadata	emd-15767.cif.gz	7.5 KB
その他	emd_15767_additional_1.map.gz emd_15767_half_map_1.map.gz emd_15767_half_map_2.map.gz	156.8 MB 279.9 MB 279.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15767 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15767	HTTPS FTP

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検証レポート

文書・要旨	emd_15767_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_15767_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_15767_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_15767_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15767 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15767	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8azkMC 15768C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (23) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (23) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (5) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (5)

-
マップ

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_15767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Sharpened map

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.86 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.12
最小 - 最大	-0.41465828 - 0.6986463
平均 (標準偏差)	-0.00028174705 (±0.025673574)

対称性

空間群: 1

詳細

-
添付データ

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイル

emd_15767_additional_1.map

注釈

Unsharpened map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイル

emd_15767_half_map_1.map

注釈

Half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイル

emd_15767_half_map_2.map

注釈

Half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Untreated 20S proteasome

全体	名称: Untreated 20S proteasome
要素	複合体: Untreated 20S proteasome タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1 タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4

全体

名称: Untreated 20S proteasome

要素

複合体: Untreated 20S proteasome
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
- タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4

+
超分子 #1: Untreated 20S proteasome

超分子	名称: Untreated 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Dyaphragma muscle
分子量	理論値: 700 KDa

+
分子 #1: Proteasome subunit beta type-3

分子	名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 22.954859 KDa
配列	文字列: MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQLVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS ...文字列: MSIMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQLVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCAEQMYGM CESLWEPNMD P DHLFETIS QAMLNAVDRD AVSGMGVIVH IIEKDKITTR TLKARMD UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-6

分子	名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 27.432459 KDa
配列	文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA ...文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-2

分子	名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 25.796338 KDa
配列	文字列: AERGYSFSLT TFSPSGKLVQ IEYALAAVAG GAPSVGIKAA NGVVLATEKK QKSILYDERS VHKVEPITKH IGLVYSGMGP DYRVLVHRA RKLAQQYYLV YQEPIPTAQL VQRVASVMQE YTQSGGVRPF GVSLLICGWN EGRPYLFQSD PSGAYFAWKA T AMGKNYVN ...文字列: AERGYSFSLT TFSPSGKLVQ IEYALAAVAG GAPSVGIKAA NGVVLATEKK QKSILYDERS VHKVEPITKH IGLVYSGMGP DYRVLVHRA RKLAQQYYLV YQEPIPTAQL VQRVASVMQE YTQSGGVRPF GVSLLICGWN EGRPYLFQSD PSGAYFAWKA T AMGKNYVN GKTFLEKRYN EDLELEDAIH TAILTLKESF EGQMTEDNIE VGICNEAGFR RLTPTEVKDY LAAIA UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

分子	名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 29.525842 KDa
配列	文字列: MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS ...文字列: MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS AAAVSMLKQD YKEGEMTLKS ALALAIKVLN KTMDVSKLSA EKVEIATLTR ENGKTVIRVL KQKEVEQLIK KH EEEEAKA EREKKEKEQK EKDK UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-7

分子	名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 27.929891 KDa
配列	文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV ...文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV REFLEKNYTD EAIETDDLTI KLVIKALLEV VQSGGKNIEL AVMRRDQSLK ILNPEEIEKY VAEIEKEKEE NE KKKQKKA S UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-5

分子	名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 26.494016 KDa
配列	文字列: MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYDIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR ...文字列: MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYDIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR AIGSASEGAQ SSLQELYHKS MTLKEAIKSS LIILKQVMEE KLNATNIELA TVQPGQNFHM FTKEELEEVI KD I UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-1

分子	名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量	理論値: 29.595627 KDa
配列	文字列: MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA ...文字列: MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA RTYLERHMSE FMECNLNELV KHGLRALRET LPAEQDLTTK NVSIGIVGKD LEFTIYDDDD VSPFLEGLEE RP QRKAQPA QPADEPAEKA DEPMEH UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

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全体 : Untreated 20S proteasome

+
超分子 #1: Untreated 20S proteasome

+
分子 #1: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #8: Proteasome subunit alpha type-3

分子	名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種:

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-試料の構成要素

+全体 : Untreated 20S proteasome

+超分子 #1: Untreated 20S proteasome

+分子 #1: Proteasome subunit beta type-3

+分子 #2: Proteasome subunit alpha type-6

+分子 #3: Proteasome subunit alpha type-2

+分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

+分子 #5: Proteasome subunit alpha type-7

+分子 #6: Proteasome subunit alpha type-5

+分子 #7: Proteasome subunit alpha type-1

+分子 #8: Proteasome subunit alpha type-3

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全体 : Untreated 20S proteasome

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超分子 #1: Untreated 20S proteasome

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分子 #1: Proteasome subunit beta type-3

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分子 #2: Proteasome subunit alpha type-6

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分子 #3: Proteasome subunit alpha type-2

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分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

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分子 #5: Proteasome subunit alpha type-7

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分子 #6: Proteasome subunit alpha type-5

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分子 #7: Proteasome subunit alpha type-1

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分子 #8: Proteasome subunit alpha type-3