+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15768 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Partially disassembled 20S proteasome upon disulfide bond formation. | |||||||||
マップデータ | Partial disassembled 20S, Hole Sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | 20S proteasome / Degradation / Proteolysis / HYDROLASE | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Szenkier N / Arie M / Matzov D / Sertchook R / Carmeli R / Cascio P / Stanhill A / Shalev Benami M / Navon A | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Bovine 20S proteasome, untreated 著者: Szenkier N / Arie M / Matzov D / Sertchook R / Carmeli R / Cascio P / Stanhill A / Shalev Benami M / Navon A | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15768.map.gz | 302.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15768-v30.xml emd-15768.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15768.png | 58.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15768.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_15768_additional_1.map.gz emd_15768_half_map_1.map.gz emd_15768_half_map_2.map.gz | 156.2 MB 297.4 MB 297.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15768 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15768 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15768_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_15768_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15768_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15768_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15768 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15768 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Partial disassembled 20S, Hole Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Partial disassembled 20S, Hole Unharpened map
ファイル | emd_15768_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Partial disassembled 20S, Hole Unharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_15768_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_15768_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Untreated 20S proteasome
全体 | 名称: Untreated 20S proteasome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Untreated 20S proteasome
超分子 | 名称: Untreated 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Dyaphragma muscle |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200046 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |