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- EMDB-15727: Poliovirus type 2 (strain MEF-1) virus-like particle in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15727
タイトルPoliovirus type 2 (strain MEF-1) virus-like particle in complex with capsid binder compound 17
マップデータLocal resolution scaled final map from RELION. Sharpened with an ad-hoc B-factor of -15A^2. Contour level determined in UCSF ChimeraX.
試料
  • ウイルス: Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Bahar MW / Fry EE / Stuart DI
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A conserved glutathione binding site in poliovirus is a target for antivirals and vaccine stabilisation.
著者: Mohammad W Bahar / Veronica Nasta / Helen Fox / Lee Sherry / Keith Grehan / Claudine Porta / Andrew J Macadam / Nicola J Stonehouse / David J Rowlands / Elizabeth E Fry / David I Stuart /
要旨: Strategies to prevent the recurrence of poliovirus (PV) after eradication may utilise non-infectious, recombinant virus-like particle (VLP) vaccines. Despite clear advantages over inactivated or ...Strategies to prevent the recurrence of poliovirus (PV) after eradication may utilise non-infectious, recombinant virus-like particle (VLP) vaccines. Despite clear advantages over inactivated or attenuated virus vaccines, instability of VLPs can compromise their immunogenicity. Glutathione (GSH), an important cellular reducing agent, is a crucial co-factor for the morphogenesis of enteroviruses, including PV. We report cryo-EM structures of GSH bound to PV serotype 3 VLPs showing that it can enhance particle stability. GSH binds the positively charged pocket at the interprotomer interface shown recently to bind GSH in enterovirus F3 and putative antiviral benzene sulphonamide compounds in other enteroviruses. We show, using high-resolution cryo-EM, the binding of a benzene sulphonamide compound with a PV serotype 2 VLP, consistent with antiviral activity through over-stabilizing the interprotomer pocket, preventing the capsid rearrangements necessary for viral infection. Collectively, these results suggest GSH or an analogous tight-binding antiviral offers the potential for stabilizing VLP vaccines.
履歴
登録2022年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15727.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15727.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution scaled final map from RELION. Sharpened with an ad-hoc B-factor of -15A^2. Contour level determined in UCSF ChimeraX.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.05 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.05 Å		0.83 Å/pix.
x 450 pix.
= 373.05 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.073327824 - 0.16575879
平均 (標準偏差)0.00019070733 (±0.011270358)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 373.05 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map from final refinement in RELION. Contour...

ファイルemd_15727_half_map_1.map
注釈Half map from final refinement in RELION. Contour level determined in UCSF ChimeraX.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map from final refinement in RELION. Contour...

ファイルemd_15727_half_map_2.map
注釈Half map from final refinement in RELION. Contour level determined in UCSF ChimeraX.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human poliovirus 2

全体名称: Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP0
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein, VP3
  • リガンド: SPHINGOSINE
  • リガンド: 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human poliovirus 2

超分子名称: Human poliovirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of PV2 (strain MEF-1)
NCBI-ID: 12083 / 生物種: Human poliovirus 2 / Sci species strain: MEF-1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: mammal environmental sample (環境試料)
分子量理論値: 5.81 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Virus shell 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein, VP1

分子名称: Capsid protein, VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
分子量理論値: 33.111207 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: GLGDLIEGVV EGVTRNALTP LTPANNLPDT QSSGPAHSKE TPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVIQKR TRSESTVESF FARGACVAI IEVDNDAPTK RASKLFSVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMEFTFVVT SNYTDANNGH ALNQVYQIMY I PPGAPIPG ...文字列:
GLGDLIEGVV EGVTRNALTP LTPANNLPDT QSSGPAHSKE TPALTAVETG ATNPLVPSDT VQTRHVIQKR TRSESTVESF FARGACVAI IEVDNDAPTK RASKLFSVWK ITYKDTVQLR RKLEFFTYSR FDMEFTFVVT SNYTDANNGH ALNQVYQIMY I PPGAPIPG KWNDYTWQTS SNPSVFYTYG APPARISVPY VGIANAYSHF YDGFAKVPLA GQASTEGDSL YGAASLNDFG SL AVRVVND HNPTKLTSKI RVYMKPKHVR VWCPRPPRAV PYYGPGVDYK DGLAPLPEKG LTTY

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分子 #2: Capsid protein, VP0

分子名称: Capsid protein, VP0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
分子量理論値: 37.456855 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYRDSASNA ASKQDFAQDP SKFTEPIKDV LIKTAPTLNS PNIEACGYSD RVMQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YIKDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVT WRKESRGWWW KLPDALKDMG L FGQNMFYH ...文字列:
MGAQVSSQKV GAHENSNRAY GGSTINYTTI NYYRDSASNA ASKQDFAQDP SKFTEPIKDV LIKTAPTLNS PNIEACGYSD RVMQLTLGN STITTQEAAN SVVAYGRWPE YIKDSEANPV DQPTEPDVAA CRFYTLDTVT WRKESRGWWW KLPDALKDMG L FGQNMFYH YLGRAGYTVH VQCNASKFHQ GALGVFAVPE MCLAGDSTTH MFTKYENANP GEKGGEFKGS FTLDTNATNP AR NFCPVDY LFGSGVLAGN AFVYPHQIIN LRTNNCATLV LPYVNSLSID SMTKHNNWGI AILPLAPLDF ATESSTEIPI TLT IAPMCC EFNGLRNITV PRTQ

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分子 #3: Capsid protein, VP3

分子名称: Capsid protein, VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
分子量理論値: 26.472293 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: GLPVLNTPGS NQYLTADNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV RNMMELAEID TMIPLNLTNQ RKNTMDMYRV ELNDAAHSDT PILCLSLSP ASDPRLAHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA EAPKSRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV ...文字列:
GLPVLNTPGS NQYLTADNYQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV RNMMELAEID TMIPLNLTNQ RKNTMDMYRV ELNDAAHSDT PILCLSLSP ASDPRLAHTM LGEILNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK LLVSYAPPGA EAPKSRKEAM LGTHVIWDIG L QSSCTMVV PWISNTTYRQ TINDSFTEGG YISMFYQTRV VVPLSTPRKM DILGFVSACN DFSVRLLRDT THISQEAMPQ

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分子 #4: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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分子 #5: 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]b...

分子名称: 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FHK
分子量理論値: 422.411 Da
Chemical component information

ChemComp-FHK:
4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 262 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 構成要素:
濃度名称
1.0 xDPBS
20.0 mMEDTA

詳細: 1 x DPBS was made from tissue culture grade Dulbecco's Phosphate Buffered Saline (Sigma-Aldrich). 20 mM EDTA was prepared from fresh stocks of buffered EDTA.
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Single blotting with 3.5ul of sample. Four second blot time and -17 blot force on the vitrobot..
詳細Recombinant VLP of PV2 mixed with capsid inhibitor compound 17 at a molar ratio of 1:2500.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4750 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 34.68 e/Å2
詳細: Images were collected in electron counting mode with a calibrated pixel size of 0.829 A/pixel. Super-resolution pixel size 0.4145 A/pixel. Movies were collected in 50 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 60314 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All frames were used for motion correction.
粒子像選択選択した数: 157002
詳細: Particle selection was automated with ETHAN particle picking software.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Startup model was generated ab initio from a subset of the data (10%). Startup model was low pass filtered to 40 Angstroms.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
詳細: Final reconstruction was Ewald sphere corrected and sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -15.0 Angstroms. B-factor was selected ad-hoc while testing a range ...詳細: Final reconstruction was Ewald sphere corrected and sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -15.0 Angstroms. B-factor was selected ad-hoc while testing a range of values for map interpretability.
使用した粒子像数: 51518
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 22600 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
詳細: Number of particles selected for 3D classification was 113004.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1eah

詳細Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8ayz:
Poliovirus type 2 (strain MEF-1) virus-like particle in complex with capsid binder compound 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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