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- EMDB-15473: Cryo-EM structure of crescentin filaments (wildtype, C2 symmetry ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15473
タイトルCryo-EM structure of crescentin filaments (wildtype, C2 symmetry and large box)
マップデータ
試料
  • 複合体: Crescentin filaments in complex with megabodies
    • 複合体: Crescentin
      • タンパク質・ペプチド: Crescentin
    • 複合体: Crescentin-specific megabody MB13
      • タンパク質・ペプチド: Crescentin-specific megabody MB13
キーワードcytoskeleton (細胞骨格) / cell shape / intermediate filaments (中間径フィラメント) / coiled coil (コイルドコイル) / assembly / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (カウロバクター・クレセンタス) / Camelidae (ラクダ科)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Liu Y / Lowe J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Filament structure and subcellular organization of the bacterial intermediate filament-like protein crescentin.
著者: Yue Liu / Fusinita van den Ent / Jan Löwe /
要旨: The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features ...The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features with eukaryotic intermediate filament (IF) proteins, including the formation of static filaments based on long and parallel coiled coils, the protein's length, structural roles in cell and organelle shape determination and the presence of a coiled coil discontinuity called the "stutter." Here, we have used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of the full-length protein and its filament, exploiting a crescentin-specific nanobody. The filament is formed by two strands, related by twofold symmetry, that each consist of two dimers, resulting in an octameric assembly. Crescentin subunits form longitudinal contacts head-to-head and tail-to-tail, making the entire filament non-polar. Using in vivo site-directed cysteine cross-linking, we demonstrated that contacts observed in the in vitro filament structure exist in cells. Electron cryotomography (cryo-ET) of cells expressing crescentin showed filaments on the concave side of the curved cells, close to the inner membrane, where they form a band. When comparing with current models of IF proteins and their filaments, which are also built from parallel coiled coil dimers and lack overall polarity, it emerges that IF proteins form head-to-tail longitudinal contacts in contrast to crescentin and hence several inter-dimer contacts in IFs have no equivalents in crescentin filaments. Our work supports the idea that intermediate filament-like proteins achieve their shared polymerization and mechanical properties through a variety of filament architectures.
履歴
登録2022年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15473.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15473.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.94 Å/pix.
x 500 pix.
= 972. Å		1.94 Å/pix.
x 500 pix.
= 972. Å		1.94 Å/pix.
x 500 pix.
= 972. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.944 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.0029171065 - 1.941944
平均 (標準偏差)0.00007634481 (±0.0065571284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 972.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15473_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15473_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15473_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Crescentin filaments in complex with megabodies

全体名称: Crescentin filaments in complex with megabodies
要素
  • 複合体: Crescentin filaments in complex with megabodies
    • 複合体: Crescentin
      • タンパク質・ペプチド: Crescentin
    • 複合体: Crescentin-specific megabody MB13
      • タンパク質・ペプチド: Crescentin-specific megabody MB13

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超分子 #1: Crescentin filaments in complex with megabodies

超分子名称: Crescentin filaments in complex with megabodies / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Crescentin

超分子名称: Crescentin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (カウロバクター・クレセンタス)

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超分子 #3: Crescentin-specific megabody MB13

超分子名称: Crescentin-specific megabody MB13 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Camelidae (ラクダ科)

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分子 #1: Crescentin

分子名称: Crescentin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (カウロバクター・クレセンタス)
分子量理論値: 49.918559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIA VRANLDQAQR QIALIQAEER EVSARLAAAE TALGESDARR QTQDAALEDN ALEIDRLRNA LLQSDLKVSS L DASLRDAT ...文字列:
MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIA VRANLDQAQR QIALIQAEER EVSARLAAAE TALGESDARR QTQDAALEDN ALEIDRLRNA LLQSDLKVSS L DASLRDAT ARIEHLVQDV EGLRVQAQDI DARRGDAEAA LARANQDNAL LGEEAATLKK RVDQAGLDLA RLSRIETDLE AQ LAAERAR VQAVENALAA HQADSGRTIR GLESQVEANR AEISALQTRL ETATGRADKL EEMNGQISAR LADSSAQQKA VER RAGDLN VALERALDRI RALEEEADGL RQRHAGVDTA RATAIERADQ LAKSAVAQEK ALKRAEERAQ QLRARLDAMQ EAQD QVRRD HEAKIAELQA TIERLTSEAA LAEGALEAAR RDRSRLQMAL LGASDGDVAA SA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8F8EC09

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分子 #2: Crescentin-specific megabody MB13

分子名称: Crescentin-specific megabody MB13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelidae (ラクダ科)
分子量理論値: 101.79018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDG TLLGYSLLQE SVDQASYMYS DNHYLAEMAT ILGKPEEAKR YRQLAQQLAD YINTCMFDPT TQFYYDVRIE D KPLANGCA ...文字列:
EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDG TLLGYSLLQE SVDQASYMYS DNHYLAEMAT ILGKPEEAKR YRQLAQQLAD YINTCMFDPT TQFYYDVRIE D KPLANGCA GKPIVERGKG PEGWSPLFNG AATQANADAV VKVMLDPKEF NTFVPLGTAA LTNPAFGADI YWRGRVWVDQ FW FGLKGME RYGYRDDALK LADTFFRHAK GLTADGPIQE NYNPLTGAQQ GAPNFSWSAA HLYMLYNDFF RKQASGGGSG GGG SGGGGS GNADNYKNVI NRTGAPQYMK DYDYDDHQRF NPFFDLGAWH GHLLPDGPNT MGGFPGVALL TEEYINFMAS NFDR LTVWQ DGKKVDFTLE AYSIPGALVQ KLTAKDVQVE MTLRFATPRT SLLETKITSN KPLDLVWDGE LLEKLEAKEG KPLSD KTIA GEYPDYQRKI SATRDGLKVT FGKVRATWDL LTSGESEYQV HKSLPVQTEI NGNRFTSKAH INGSTTLYTT YSHLLT AQE VSKEQMQIRD ILARPAFYLT ASQQRWEEYL KKGLTNPDAT PEQTRVAVKA IETLNGNWRS PGGAVKFNTV TPSVTGR WF SGNQTWPWDT WKQAFAMAHF NPDIAKENIR AVFSWQIQPG DSVRPQDVGF VPDLIAWNLS PERGGDGGNW NERNTKPS L AAWSVMEVYN VTQDKTWVAE MYPKLVAYHD WWLRNRDHNG NGVPEYGATR DKAHNTESGE MLFTVKKDSL RLSCASSRS IDGINIMRWY RQAPGKQRGM VAVVTGWGST NYVDSVKGRF IISRDSAKDT VYLQMNNLKP EDTAVYSCNA IYRGSEYWGQ GTQVTVSSG ENLYFQGSHH HHHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: PIPES 25mM, 0.05% CHAPS, pH 6.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 550574
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8aix:
Cryo-EM structure of crescentin filaments (wildtype, C2 symmetry and large box)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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