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- EMDB-15417: human MutSalpha (MSH2/MSH6) binding to DNA with a GT mismatch -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15417
タイトルhuman MutSalpha (MSH2/MSH6) binding to DNA with a GT mismatch
マップデータ
試料
  • 複合体: MutSalpha on mismatched DNA
    • 複合体: MSH2
      • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh2
    • 複合体: MSH6
      • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh6
    • 複合体: DNA containing a G/T mismatch
      • DNA: DNA (50-MER)
      • DNA: DNA (50-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードDNA mismatch repair / MMR / MutSa / Lynch Syndrome / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / positive regulation of helicase activity / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / meiotic mismatch repair / centromeric DNA binding / mitotic recombination / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / isotype switching / oxidative phosphorylation / response to UV-B / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / response to X-ray / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to UV / protein localization to chromatin / intrinsic apoptotic signaling pathway / methylated histone binding / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / double-strand break repair / spermatogenesis / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / chromatin binding / chromatin / Golgi apparatus / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II ...DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein Msh6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bruekner SR / Sixma TK
資金援助 オランダ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)NOW-TOP 714.016.002 オランダ
European CommissionH2020-MSCA-ITN-2016 722433 DNAREPAIRMANEuropean Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Unexpected moves: a conformational change in MutSα enables high-affinity DNA mismatch binding.
著者: Susanne R Bruekner / Wietske Pieters / Alexander Fish / A Manuel Liaci / Serge Scheffers / Emily Rayner / Daphne Kaldenbach / Lisa Drost / Marleen Dekker / Sandrine van Hees-Stuivenberg / ...著者: Susanne R Bruekner / Wietske Pieters / Alexander Fish / A Manuel Liaci / Serge Scheffers / Emily Rayner / Daphne Kaldenbach / Lisa Drost / Marleen Dekker / Sandrine van Hees-Stuivenberg / Elly Delzenne-Goette / Charlotte de Konink / Hellen Houlleberghs / Hendrikus Jan Dubbink / Abeer AlSaegh / Niels de Wind / Friedrich Förster / Hein Te Riele / Titia K Sixma /
要旨: The DNA mismatch repair protein MutSα recognizes wrongly incorporated DNA bases and initiates their correction during DNA replication. Dysfunctions in mismatch repair lead to a predisposition to ...The DNA mismatch repair protein MutSα recognizes wrongly incorporated DNA bases and initiates their correction during DNA replication. Dysfunctions in mismatch repair lead to a predisposition to cancer. Here, we study the homozygous mutation V63E in MSH2 that was found in the germline of a patient with suspected constitutional mismatch repair deficiency syndrome who developed colorectal cancer before the age of 30. Characterization of the mutant in mouse models, as well as slippage and repair assays, shows a mildly pathogenic phenotype. Using cryogenic electron microscopy and surface plasmon resonance, we explored the mechanistic effect of this mutation on MutSα function. We discovered that V63E disrupts a previously unappreciated interface between the mismatch binding domains (MBDs) of MSH2 and MSH6 and leads to reduced DNA binding. Our research identifies this interface as a 'safety lock' that ensures high-affinity DNA binding to increase replication fidelity. Our mechanistic model explains the hypomorphic phenotype of the V63E patient mutation and other variants in the MBD interface.
履歴
登録2022年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15417.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15417.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.5
最小 - 最大0.0 - 20.713327
平均 (標準偏差)0.21388306 (±0.6674231)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 302.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15417_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15417_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MutSalpha on mismatched DNA

全体名称: MutSalpha on mismatched DNA
要素
  • 複合体: MutSalpha on mismatched DNA
    • 複合体: MSH2
      • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh2
    • 複合体: MSH6
      • タンパク質・ペプチド: DNA mismatch repair protein Msh6
    • 複合体: DNA containing a G/T mismatch
      • DNA: DNA (50-MER)
      • DNA: DNA (50-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: MutSalpha on mismatched DNA

超分子名称: MutSalpha on mismatched DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31 KDa

+
超分子 #2: MSH2

超分子名称: MSH2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: has ADP+Mg bound
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: MSH6

超分子名称: MSH6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: Contains N-terminal 10His-TwinStrep tag removable by 3C
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: DNA containing a G/T mismatch

超分子名称: DNA containing a G/T mismatch / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA mismatch repair protein Msh2

分子名称: DNA mismatch repair protein Msh2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.861875 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAVQPKETLQ LESAAEVGFV RFFQGMPEKP TTTVRLFDRG DFYTAHGEDA LLAAREVFKT QGVIKYMGPA GAKNLQSVVL SKMNFESFV KDLLLVRQYR VEVYKNRAGN KASKENDWYL AYKASPGNLS QFEDILFGNN DMSASIGVVG VKMSAVDGQR Q VGVGYVDS ...文字列:
MAVQPKETLQ LESAAEVGFV RFFQGMPEKP TTTVRLFDRG DFYTAHGEDA LLAAREVFKT QGVIKYMGPA GAKNLQSVVL SKMNFESFV KDLLLVRQYR VEVYKNRAGN KASKENDWYL AYKASPGNLS QFEDILFGNN DMSASIGVVG VKMSAVDGQR Q VGVGYVDS IQRKLGLCEF PDNDQFSNLE ALLIQIGPKE CVLPGGETAG DMGKLRQIIQ RGGILITERK KADFSTKDIY QD LNRLLKG KKGEQMNSAV LPEMENQVAV SSLSAVIKFL ELLSDDSNFG QFELTTFDFS QYMKLDIAAV RALNLFQGSV EDT TGSQSL AALLNKCKTP QGQRLVNQWI KQPLMDKNRI EERLNLVEAF VEDAELRQTL QEDLLRRFPD LNRLAKKFQR QAAN LQDCY RLYQGINQLP NVIQALEKHE GKHQKLLLAV FVTPLTDLRS DFSKFQEMIE TTLDMDQVEN HEFLVKPSFD PNLSE LREI MNDLEKKMQS TLISAARDLG LDPGKQIKLD SSAQFGYYFR VTCKEEKVLR NNKNFSTVDI QKNGVKFTNS KLTSLN EEY TKNKTEYEEA QDAIVKEIVN ISSGYVEPMQ TLNDVLAQLD AVVSFAHVSN GAPVPYVRPA ILEKGQGRII LKASRHA CV EVQDEIAFIP NDVYFEKDKQ MFHIITGPNM GGKSTYIRQT GVIVLMAQIG CFVPCESAEV SIVDCILARV GAGDSQLK G VSTFMAEMLE TASILRSATK DSLIIIDELG RGTSTYDGFG LAWAISEYIA TKIGAFCMFA THFHELTALA NQIPTVNNL HVTALTTEET LTMLYQVKKG VCDQSFGIHV AELANFPKHV IECAKQKALE LEEFQYIGES QGYDIMEPAA KKCYLEREQG EKIIQEFLS KVKQMPFTEM SEENITIKLK QLKAEVIAKN NSFVNEIISR IKVTT

UniProtKB: DNA mismatch repair protein Msh2

+
分子 #2: DNA mismatch repair protein Msh6

分子名称: DNA mismatch repair protein Msh6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 158.767312 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHGSAASWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGALEV LFQGPSRQST LYSFFPKSPA LSDANKASAR ASREGGRAA AAPEASPSPG GDAAWSEAGP GPRPLARSAS PPKAKNLNGG LRRSVAPAAP TSCDFSPGDL VWAKMEGYPW W PCLVYNHP ...文字列:
MAHHHHHHHH HHGSAASWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGALEV LFQGPSRQST LYSFFPKSPA LSDANKASAR ASREGGRAA AAPEASPSPG GDAAWSEAGP GPRPLARSAS PPKAKNLNGG LRRSVAPAAP TSCDFSPGDL VWAKMEGYPW W PCLVYNHP FDGTFIREKG KSVRVHVQFF DDSPTRGWVS KRLLKPYTGS KSKEAQKGGH FYSAKPEILR AMQRADEALN KD KIKRLEL AVCDEPSEPE EEEEMEVGTT YVTDKSEEDN EIESEEEVQP KTQGSRRSSR QIKKRRVISD SESDIGGSDV EFK PDTKEE GSSDEISSGV GDSESEGLNS PVKVARKRKR MVTGNGSLKR KSSRKETPSA TKQATSISSE TKNTLRAFSA PQNS ESQAH VSGGGDDSSR PTVWYHETLE WLKEEKRRDE HRRRPDHPDF DASTLYVPED FLNSCTPGMR KWWQIKSQNF DLVIC YKVG KFYELYHMDA LIGVSELGLV FMKGNWAHSG FPEIAFGRYS DSLVQKGYKV ARVEQTETPE MMEARCRKMA HISKYD RVV RREICRIITK GTQTYSVLEG DPSENYSKYL LSLKEKEEDS SGHTRAYGVC FVDTSLGKFF IGQFSDDRHC SRFRTLV AH YPPVQVLFEK GNLSKETKTI LKSSLSCSLQ EGLIPGSQFW DASKTLRTLL EEEYFREKLS DGIGVMLPQV LKGMTSES D SIGLTPGEKS ELALSALGGC VFYLKKCLID QELLSMANFE EYIPLDSDTV STTRSGAIFT KAYQRMVLDA VTLNNLEIF LNGTNGSTEG TLLERVDTCH TPFGKRLLKQ WLCAPLCNHY AINDRLDAIE DLMVVPDKIS EVVELLKKLP DLERLLSKIH NVGSPLKSQ NHPDSRAIMY EETTYSKKKI IDFLSALEGF KVMCKIIGIM EEVADGFKSK ILKQVISLQT KNPEGRFPDL T VELNRWDT AFDHEKARKT GLITPKAGFD SDYDQALADI RENEQSLLEY LEKQRNRIGC RTIVYWGIGR NRYQLEIPEN FT TRNLPEE YELKSTKKGC KRYWTKTIEK KLANLINAEE RRDVSLKDCM RRLFYNFDKN YKDWQSAVEC IAVLDVLLCL ANY SRGGDG PMCRPVILLP EDTPPFLELK GSRHPCITKT FFGDDFIPND ILIGCEEEEQ ENGKAYCVLV TGPNMGGKST LMRQ AGLLA VMAQMGCYVP AEVCRLTPID RVFTRLGASD RIMSGESTFF VELSETASIL MHATAHSLVL VDELGRGTAT FDGTA IANA VVKELAETIK CRTLFSTHYH SLVEDYSQNV AVRLGHMACM VENECEDPSQ ETITFLYKFI KGACPKSYGF NAARLA NLP EEVIQKGHRK AREFEKMNQS LRLFREVCLA SERSTVDAEA VHKLLTLIKE L

UniProtKB: DNA mismatch repair protein Msh6

+
分子 #3: DNA (50-MER)

分子名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.418874 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC) (DC)(DC)

+
分子 #4: DNA (50-MER)

分子名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.402874 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC) (DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.53 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMTCEPTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 s blotting with blot force 10.
詳細2 uM MutSa with 2-fold excess DNA oligo

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4821 / 平均露光時間: 1.9 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.000000001 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5412220
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 289289
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2o8b


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細PDB-REDO webserver: https://pdb-redo.eu/
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8ag6:
human MutSalpha (MSH2/MSH6) binding to DNA with a GT mismatch

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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