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- EMDB-15041: Solution BcsD structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15041
タイトルSolution BcsD structure
マップデータBcsD octamer in solution : Unsharpened cryo-EM map
試料
  • 複合体: BcsD from G. hansenii
    • タンパク質・ペプチド: Cellulose biosynthesis protein
  • リガンド: water
機能・相同性Cellulose synthase operon protein D, bacterial / Cellulose synthase subunit D superfamily / Cellulose synthase subunit D / cellulose biosynthetic process / Cellulose biosynthesis protein
機能・相同性情報
生物種Komagataeibacter hansenii ATCC 23769 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Krasteva PV / Abidi W / Decossas M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)BioMatrix-ERC-2017-StGEuropean Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Bacterial crystalline cellulose secretion via a supramolecular BcsHD scaffold.
著者: Wiem Abidi / Marion Decossas / Lucía Torres-Sánchez / Lucie Puygrenier / Sylvie Létoffé / Jean-Marc Ghigo / Petya V Krasteva /
要旨: Cellulose, the most abundant biopolymer on Earth, is not only the predominant constituent of plants but also a key extracellular polysaccharide in the biofilms of many bacterial species. Depending on ...Cellulose, the most abundant biopolymer on Earth, is not only the predominant constituent of plants but also a key extracellular polysaccharide in the biofilms of many bacterial species. Depending on the producers, chemical modifications, and three-dimensional assemblies, bacterial cellulose (BC) can present diverse degrees of crystallinity. Highly ordered, or crystalline, cellulose presents great economical relevance due to its ever-growing number of biotechnological applications. Even if some acetic acid bacteria have long been identified as BC superproducers, the molecular mechanisms determining the secretion of crystalline versus amorphous cellulose remain largely unknown. Here, we present structural and mechanistic insights into the role of the accessory subunits BcsH (CcpAx) and BcsD (CesD) that determine crystalline BC secretion in the lineage. We show that oligomeric BcsH drives the assembly of BcsD into a supramolecular cytoskeletal scaffold that likely stabilizes the cellulose-extruding synthase nanoarrays through an unexpected inside-out mechanism for secretion system assembly.
履歴
登録2022年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15041.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BcsD octamer in solution : Unsharpened cryo-EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.098923765 - 0.43423778
平均 (標準偏差)-0.0003106045 (±0.013091735)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 297.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15041_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: BcsD octamer in solution : Autosharpened cryo-EM map (cryoSPARC)

ファイルemd_15041_additional_1.map
注釈BcsD octamer in solution : Autosharpened cryo-EM map (cryoSPARC)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BcsD octamer in solution : half map A

ファイルemd_15041_half_map_1.map
注釈BcsD octamer in solution : half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BcsD octamer in solution : half map B

ファイルemd_15041_half_map_2.map
注釈BcsD octamer in solution : half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BcsD from G. hansenii

全体名称: BcsD from G. hansenii
要素
  • 複合体: BcsD from G. hansenii
    • タンパク質・ペプチド: Cellulose biosynthesis protein
  • リガンド: water

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超分子 #1: BcsD from G. hansenii

超分子名称: BcsD from G. hansenii / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Octameric BcsD in solution. Expressed recombinantly in E. coli and purified via a cleavable N-terminal hexahistidine tag.
由来(天然)生物種: Komagataeibacter hansenii ATCC 23769 (バクテリア)
株: ATCC 23769

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分子 #1: Cellulose biosynthesis protein

分子名称: Cellulose biosynthesis protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The HRV3c-cleavable hexahistidine tag was cleaved during the purification process. Sample protein sequence starts with PMGSTIFEK...
コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataeibacter hansenii ATCC 23769 (バクテリア)
分子量理論値: 20.596332 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTLEV LFQGPMGSTI FEKKPDFTLF LQTLSWEIDD QVGIEVRNEL LREVGRGMGT RIMPPPCQTV DKLQIELNA LLALIGWGTV TLELLSEDQS LRIVHENLPQ VGSAGEPSGT WLAPVLEGLY GRWVTSQAGA FGDYVVTRDV D AEDLNAVP RQTIIMYMRV RSSAT

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.59 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.48 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1221383
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3a8e

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 380318
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC Ab initio model generation
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC Ab initio model generation
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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