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万見
- EMDB-14859: native KtrAB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14859
タイトルnative KtrAB complex
マップデータKtrAB native complex of KtrB dimer with KtrA octamer ring
試料
  • 複合体: native KtrAB complex
    • タンパク質・ペプチド: Ktr system potassium uptake protein A
    • タンパク質・ペプチド: Ktr system potassium uptake protein B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードpotassium transport / membrane protein / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. ...TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ktr system potassium uptake protein A / Ktr system potassium uptake protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Vonck J / Stautz J
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)VO 1449_1-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)HA 6322/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: native KtrAB complex
著者: Stautz J
履歴
登録2022年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14859.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈KtrAB native complex of KtrB dimer with KtrA octamer ring
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.13 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.13 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.13 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8371 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.04505912 - 0.08604302
平均 (標準偏差)-0.0002632753 (±0.00358658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.13 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14859_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14859_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14859_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : native KtrAB complex

全体名称: native KtrAB complex
要素
  • 複合体: native KtrAB complex
    • タンパク質・ペプチド: Ktr system potassium uptake protein A
    • タンパク質・ペプチド: Ktr system potassium uptake protein B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: native KtrAB complex

超分子名称: native KtrAB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア)
分子量理論値: 390 KDa

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分子 #1: Ktr system potassium uptake protein A

分子名称: Ktr system potassium uptake protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア)
分子量理論値: 23.83692 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKTGDKQFAV IGLGRFGLAV CKELQDSGSQ VLAVDINEDR VKEAAGFVSQ AIVANCTHEE TVAELKLDDY DMVMIAIGAD VNASILATL IAKEAGVKSV WVKANDRFQA RVLQKIGADH IIMPERDMGI RVARKMLDKR VLEFHPLGSG LAMTEFVVGS R LMGKTLSD ...文字列:
MKTGDKQFAV IGLGRFGLAV CKELQDSGSQ VLAVDINEDR VKEAAGFVSQ AIVANCTHEE TVAELKLDDY DMVMIAIGAD VNASILATL IAKEAGVKSV WVKANDRFQA RVLQKIGADH IIMPERDMGI RVARKMLDKR VLEFHPLGSG LAMTEFVVGS R LMGKTLSD LALCKVEGVQ VLGYKRGPEI IKAPDMSTTL EIGDLIIVVG PQDKLANKLK SL

UniProtKB: Ktr system potassium uptake protein A

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分子 #2: Ktr system potassium uptake protein B

分子名称: Ktr system potassium uptake protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア)
分子量理論値: 49.707715 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQFHQRGVF YVPDGKRDKA KGGEPRIILL SFLGVLLPSA VLLTLPVFSV SGLSITDALF TATSAISVTG LGVVDTGQHF TLAGKILLM CLMQIGGLGQ MTLSAVLLYM FGVRLSLRQQ ALAKEALGQE RQVNLRRLVK KIVTFALVAE AIGFVFLSYR W VPEMGWQT ...文字列:
MTQFHQRGVF YVPDGKRDKA KGGEPRIILL SFLGVLLPSA VLLTLPVFSV SGLSITDALF TATSAISVTG LGVVDTGQHF TLAGKILLM CLMQIGGLGQ MTLSAVLLYM FGVRLSLRQQ ALAKEALGQE RQVNLRRLVK KIVTFALVAE AIGFVFLSYR W VPEMGWQT GMFYALFHSI SAFNNAGFAL FSDSMMSFVN DPLVSFTLAG LFIFGGLGFT VIGDVWRHWR KGFHFLHIHT KI MLIATPL LLLVGTVLFW LLERHNPNTM GSLTTGGQWL AAFFQSASAR TAGFNSVDLT QFTQPALLIM IVLMLIGAGS TST GGGIKV STFAVAFMAT WTFLRQKKHV VMFKRTVNWP TVTKSLAIIV VSGAILTTAM FLLMLTEKAS FDKVMFETIS AFAT VGLTA GLTAELSEPG KYIMIVVMII GRIGPLTLAY MLARPEPTLI KYPEDTVLTG

UniProtKB: Ktr system potassium uptake protein B

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #6: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3663 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 60168 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 326803
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3450

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 211602
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 29000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細The model was refined by phenix.real-space-refine
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7zpo:
native KtrAB complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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