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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14812 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and full-length rat STAT2 | |||||||||
マップデータ | DDB1 deltaBPB/E27/STAT2 FL main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Interferon / ubiquitin-proteasome system / Cullin-RING ubiquitin ligases (CRL) / DDB1 / DCAFs / viral DCAF (vDCAF) / cytomegalovirus / STAT2 / IRF9 / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ISGF3 complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex ...ISGF3 complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / ubiquitin-like protein ligase binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cullin family protein binding / viral release from host cell / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of protein phosphorylation / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / response to peptide hormone / defense response / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / regulation of cell population proliferation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lauer S / Spahn CMT / Schwefel D | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2023 タイトル: Structural mechanism of CRL4-instructed STAT2 degradation via a novel cytomegaloviral DCAF receptor. 著者: Vu Thuy Khanh Le-Trilling / Sofia Banchenko / Darius Paydar / Pia Madeleine Leipe / Lukas Binting / Simon Lauer / Andrea Graziadei / Robin Klingen / Christine Gotthold / Jörg Bürger / Thilo ...著者: Vu Thuy Khanh Le-Trilling / Sofia Banchenko / Darius Paydar / Pia Madeleine Leipe / Lukas Binting / Simon Lauer / Andrea Graziadei / Robin Klingen / Christine Gotthold / Jörg Bürger / Thilo Bracht / Barbara Sitek / Robert Jan Lebbink / Anna Malyshkina / Thorsten Mielke / Juri Rappsilber / Christian Mt Spahn / Sebastian Voigt / Mirko Trilling / David Schwefel / 要旨: Human cytomegalovirus (CMV) is a ubiquitously distributed pathogen whose rodent counterparts such as mouse and rat CMV serve as common infection models. Here, we conducted global proteome profiling ...Human cytomegalovirus (CMV) is a ubiquitously distributed pathogen whose rodent counterparts such as mouse and rat CMV serve as common infection models. Here, we conducted global proteome profiling of rat CMV-infected cells and uncovered a pronounced loss of the transcription factor STAT2, which is crucial for antiviral interferon signalling. Via deletion mutagenesis, we found that the viral protein E27 is required for CMV-induced STAT2 depletion. Cellular and in vitro analyses showed that E27 exploits host-cell Cullin4-RING ubiquitin ligase (CRL4) complexes to induce poly-ubiquitylation and proteasomal degradation of STAT2. Cryo-electron microscopy revealed how E27 mimics molecular surface properties of cellular CRL4 substrate receptors called DCAFs (DDB1- and Cullin4-associated factors), thereby displacing them from the catalytic core of CRL4. Moreover, structural analyses showed that E27 recruits STAT2 through a bipartite binding interface, which partially overlaps with the IRF9 binding site. Structure-based mutations in M27, the murine CMV homologue of E27, impair the interferon-suppressing capacity and virus replication in mouse models, supporting the conserved importance of DCAF mimicry for CMV immune evasion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14812.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14812-v30.xml emd-14812.xml | 28.2 KB 28.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14812.png | 130.7 KB | ||
マスクデータ | emd_14812_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-14812.cif.gz | 8.6 KB | ||
その他 | emd_14812_additional_1.map.gz emd_14812_half_map_1.map.gz emd_14812_half_map_2.map.gz | 31.6 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14812 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14812 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14812_validation.pdf.gz | 856 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14812_full_validation.pdf.gz | 855.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14812_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14812_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14812 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14812 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7znnMC 7zn7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | DDB1 deltaBPB/E27/STAT2 FL main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14812_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_14812_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: DDB1 deltaBPB/E27/STAT2 FL half map B
ファイル | emd_14812_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DDB1 deltaBPB/E27/STAT2 FL half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: DDB1 deltaBPB/E27/STAT2 FL half map A
ファイル | emd_14812_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | DDB1 deltaBPB/E27/STAT2 FL half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of RCMV-E E27 with human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2
全体 | 名称: Ternary complex of RCMV-E E27 with human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of RCMV-E E27 with human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2
超分子 | 名称: Ternary complex of RCMV-E E27 with human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-超分子 #2: DNA damage-binding protein 1
超分子 | 名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: delta396-705 GNGNSG |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: E27
超分子 | 名称: E27 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) |
-超分子 #4: Signal transducer and activator of transcription
超分子 | 名称: Signal transducer and activator of transcription / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: DNA damage-binding protein 1
分子 | 名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Residues 396-705 from the reference database entry UNP Q16531 have been replaced by a GNGNSG-linker,Residues 396-705 from the reference database entry UNP Q16531 have been replaced by a GNGNSG-linker コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 93.671461 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GPGMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI ...文字列: GPGMSYNYVV TAQKPTAVNG CVTGHFTSAE DLNLLIAKNT RLEIYVVTAE GLRPVKEVGM YGKIAVMELF RPKGESKDLL FILTAKYNA CILEYKQSGE SIDIITRAHG NVQDRIGRPS ETGIIGIIDP ECRMIGLRLY DGLFKVIPLD RDNKELKAFN I RLEELHVI DVKFLYGCQA PTICFVYQDP QGRHVKTYEV SLREKEFNKG PWKQENVEAE ASMVIAVPEP FGGAIIIGQE SI TYHNGDK YLAIAPPIIK QSTIVCHNRV DPNGSRYLLG DMEGRLFMLL LEKEEQMDGT VTLKDLRVEL LGETSIAECL TYL DNGVVF VGSRLGDSQL VKLNVDSNEQ GSYVVAMETF TNLGPIVDMC VVDLERQGQG QLVTCSGAFK EGSLRIIRNG IGIG NGNSG EIQKLHIRTV PLYESPRKIC YQEVSQCFGV LSSRIEVQDT SGGTTALRPS ASTQALSSSV SSSKLFSSST APHET SFGE EVEVHNLLII DQHTFEVLHA HQFLQNEYAL SLVSCKLGKD PNTYFIVGTA MVYPEEAEPK QGRIVVFQYS DGKLQT VAE KEVKGAVYSM VEFNGKLLAS INSTVRLYEW TTEKELRTEC NHYNNIMALY LKTKGDFILV GDLMRSVLLL AYKPMEG NF EEIARDFNPN WMSAVEILDD DNFLGAENAF NLFVCQKDSA ATTDEERQHL QEVGLFHLGE FVNVFCHGSL VMQNLGET S TPTQGSVLFG TVNGMIGLVT SLSESWYNLL LDMQNRLNKV IKSVGKIEHS FWRSFHTERK TEPATGFIDG DLIESFLDI SRPKMQEVVA NLQYDDGSGM KREATADDLI KVVEELTRIH UniProtKB: DNA damage-binding protein 1, DNA damage-binding protein 1 |
-分子 #2: B27a
分子 | 名称: B27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 株: isolate England |
分子量 | 理論値: 76.341898 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPGMDLRDRQ CESDRNEDNG ETERQAIKER PNAMKIVFEL IKDETADPFC RKFILDNLVQ LKDIEQAARF GFAIEPGSED YNRGVRSFI RLKEPYNHVE LKMSYLKNAR FATANGAYGI RGLTPAWDSA IWGLLREVEA VPYSNPFTFP TCERLEGILN R LEYRPEAT ...文字列: GPGMDLRDRQ CESDRNEDNG ETERQAIKER PNAMKIVFEL IKDETADPFC RKFILDNLVQ LKDIEQAARF GFAIEPGSED YNRGVRSFI RLKEPYNHVE LKMSYLKNAR FATANGAYGI RGLTPAWDSA IWGLLREVEA VPYSNPFTFP TCERLEGILN R LEYRPEAT DACRTLCRAT VAVQYAISIL YGYDRSASVP RYLRRLIDEY IDLQDRIRRL GIVPVLKISG KDMNIVQNVL PE RVCAQIG IPFTYEACLL DEYYDCIESN IEQMYDLLCM CKECGMRRME RFERVRYNTI GERYPKKKRD RERFFEENYV IIH SHPDLG VLKLPKIRHL NPLQQLMMCR YLSKDLLYDT QFGPSNAFSR AQGVPLPFSA VQETDMNIAY ALYLASNSYF MCFL LRCVR DVLRHEEEAF RKLILRLVNE AVEIIRDDVN SRVWAGADSP VFVCVDPRES GISAEERDLA IARSLEELTF SNELV EGSH FGGFCRDAAR FLDLIDAFHF PKALREHRAR EDLLLHTFKI EKMYDNRPLS AYYGDRLVPY HVLMGGHRRR DGAVVR TGG VNLTDNEIVR GHWRADDMMN ARLRYFDSID SIEMIRNVSI RQETLMFDLD RMYISRSELE SLESDVESDN ESEVLAG GA CALPDRQSSS EVDSMCD UniProtKB: B27a |
-分子 #3: Signal transducer and activator of transcription
分子 | 名称: Signal transducer and activator of transcription / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 97.172953 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPGMAQWEML QNLDSPFLDQ LHELYSQSLL PMDVRQHLAA WIEDQNWREA VLGSDHSKAN MLYFNILDQL NQWDHYSLDS DYLLLQHNL RKFNRDIQMF PNGPTQLAEM IFNLLLEEKR ILNQAQRAQE MQPRPAPEAA GESQQQLEIE TRILDLQTAV E ALVRSIRQ ...文字列: GPGMAQWEML QNLDSPFLDQ LHELYSQSLL PMDVRQHLAA WIEDQNWREA VLGSDHSKAN MLYFNILDQL NQWDHYSLDS DYLLLQHNL RKFNRDIQMF PNGPTQLAEM IFNLLLEEKR ILNQAQRAQE MQPRPAPEAA GESQQQLEIE TRILDLQTAV E ALVRSIRQ LKDVQDVFSF RYTVLNHKKT SSLDPHQSQQ RQLVQTTANE LDRMRKEVLD ISKALVGRLT TLVDLLLPKL DE WKAQQQK SCIGAPAPEL QLDQLEQWLT AGAKVLFHLR QLLKQLKDMS LMLRYEGDMF GQGVDLQNAQ VTELLQRLLQ RSF VVETQP CMPQTLHRPL ILKTGSKFTV RTRLLVRLQE GNESLKAEVS IDRNSELPGF RKFNILTSNQ KSLTPEEGQR QGLI WDFGF LTLVEQRSVG AGKGSNKGPL PVTEELHIIS AMVEYVYQGL KMKLQTDTLP VVIISNMNQL SIAWASILWF NMLSS TPKD QQFFCKVPKA PWSLLGPALS WQFSSYIGRG LDPEQLGMLR NKLFGKNCKT EDALLSWADF SKRESPPGKI PFWTWL DKI LELVHDHLKD LWNDGRIMGF VSRSEERRLL KKMVSGTFLL RFSETSEGGI TCSWVEHQDD DKVLIYSVQP YTKEVLQ SL PLTEIIRHYQ VLAEENAPEN PLRFLYPRVP RDEAFGCYYQ EKVNLEERRK YLKHRLIVIS NRQADELQQP LELKQDPE S LELDAELMSV MELARDLELQ SMLQVGLDLG VEPKPDPTLS PAPQILLEPD PARALNQLLP EPDLPQDLQQ LNTGEMEIF RNNINIDDVM PYGDPVLAGQ SIIEEAYRSC PSHFDVDGPL IPSED UniProtKB: Signal transducer and activator of transcription |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.13 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 45 seconds adsorption 2 seconds blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 8069 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 31000 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 112 当てはまり具合の基準: Fast gradient-driven minimization of combined map and restraints target |
得られたモデル | PDB-7znn: |