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万見
- EMDB-14765: Early Pp module assembly intermediate of complex I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14765
タイトルEarly Pp module assembly intermediate of complex I
マップデータearly Pp module assembly intermediate of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 and cardiolipin remodeling enzyme tafazzin
試料
  • 複合体: Early Pp module assembly intermediate of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 and cardiolipin remodeling enzyme tafazzin.
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Complex I intermediate-associated protein 30-domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: complex I assembly factor CIA84
    • タンパク質・ペプチド: Tafazzin family protein
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiolipin acyl-chain remodeling / 1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase activity / : / O-acyltransferase activity / inner mitochondrial membrane organization / phospholipid biosynthetic process / mitochondrial respirasome assembly / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : ...cardiolipin acyl-chain remodeling / 1-acylglycerophosphocholine O-acyltransferase activity / : / O-acyltransferase activity / inner mitochondrial membrane organization / phospholipid biosynthetic process / mitochondrial respirasome assembly / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Tafazzin / NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 / Complex I intermediate-associated protein 30, mitochondrial / Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30) / Phospholipid/glycerol acyltransferase / Acyltransferase / Phosphate acyltransferases / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complex I intermediate-associated protein / Uncharacterized protein / Complex I intermediate-associated protein 30-domain-containing protein / Tafazzin family protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Schiller J / Laube E / Vonck J / Zickermann V
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)ZI 552/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Insights into complex I assembly: Function of NDUFAF1 and a link with cardiolipin remodeling.
著者: Jonathan Schiller / Eike Laube / Ilka Wittig / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / Volker Zickermann /
要旨: Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly ...Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly factors, is essentially unknown. We determined cryo-electron microscopy structures of assembly intermediates associated with assembly factor NDUFAF1 in a yeast model system. Subunits ND2 and NDUFC2 together with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 form the nucleation point of the NDUFAF1-dependent assembly pathway. Unexpectedly, the cardiolipin remodeling enzyme tafazzin is an integral component of this core complex. In a later intermediate, all 12 subunits of the proximal proton pump module have assembled. NDUFAF1 locks the central ND3 subunit in an assembly-competent conformation, and major rearrangements of central subunits are required for complex I maturation.
履歴
登録2022年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月30日-
現状2022年11月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14765.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14765.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈early Pp module assembly intermediate of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 and cardiolipin remodeling enzyme tafazzin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.21 Å/pix.
x 208 pix.
= 251.1 Å		1.21 Å/pix.
x 208 pix.
= 251.1 Å		1.21 Å/pix.
x 208 pix.
= 251.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.20721 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.0835288 - 4.681307
平均 (標準偏差)0.0024850257 (±0.10163221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 251.09967 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14765_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14765_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Early Pp module assembly intermediate of complex I with assembly ...

全体名称: Early Pp module assembly intermediate of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 and cardiolipin remodeling enzyme tafazzin.
要素
  • 複合体: Early Pp module assembly intermediate of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 and cardiolipin remodeling enzyme tafazzin.
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
    • タンパク質・ペプチド: Complex I intermediate-associated protein 30-domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: complex I assembly factor CIA84
    • タンパク質・ペプチド: Tafazzin family protein
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

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超分子 #1: Early Pp module assembly intermediate of complex I with assembly ...

超分子名称: Early Pp module assembly intermediate of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 and cardiolipin remodeling enzyme tafazzin.
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)

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分子 #1: NADH dehydrogenase subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 53.381367 KDa
配列文字列: (FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF ...文字列:
(FME)LILAIISLI TFVSMSKLSD NRAIIRLINI YLILVLVLDS FLYLLFLNNQ TYTVMGELLI FNSFTFYIDM LIYFIM IVI SSLYGYNLYN NNLYKTLFEP KKELIILFLI NILGALLIVH SNDFITLFVA IELQSYSIYL ITAIYNSSYK ASKASML YF FMGGILSILI AYSINTYYSV LNSYTLHSLD SLIINTLDLN LILIALSLGL LFKIGIAPLH KWLISIYENT PILITIYI S LIPKISILSY LVLSNISINS LVISILAILT LLVGSVGGLL QIKIKRLLAF SGLTNAGYMM LLLLLNNNEF SYLYYITQY SISHLAIFMI IIFSIYYINY INNQYNPIIY VNQLKGLIHD NAYLVLSMAI VVFSFIGIPP LLGFFGKLNI LMSILNNGYY FISIVLIVA SLISALYYLY LLNVSIQDKN NILINSNETV SSVLSYILSS LIILITFGFI YNSLIIDIFN VYFN

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分子 #2: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)

分子名称: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 8.059366 KDa
配列文字列:
MALFTSLVGA SGLGFATKFL SNKIRLKPAG YYPLGYVFSG VAWAGLGLVL HNVHQHSLEV LEKKKTALSE QRTE

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分子 #3: Complex I intermediate-associated protein 30-domain-containing protein

分子名称: Complex I intermediate-associated protein 30-domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: C-terminal strep tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 31.894016 KDa
組換発現生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
配列文字列: MSANPAIVRP TETTEQVLVN FTKPNSLETV LTKCDEELGG YSTVNLALER PTTGKPYGRF FGNLSLDLPK DNKMVTRSGF AMFRTLDQP SSMFKTNAWN WEQYRHLELR VRGDRRKYFV NVQSATPLAS DLYQHRLFIQ TPGEWETVVI PIDDFILTNK G VVQEQMAM ...文字列:
MSANPAIVRP TETTEQVLVN FTKPNSLETV LTKCDEELGG YSTVNLALER PTTGKPYGRF FGNLSLDLPK DNKMVTRSGF AMFRTLDQP SSMFKTNAWN WEQYRHLELR VRGDRRKYFV NVQSATPLAS DLYQHRLFIQ TPGEWETVVI PIDDFILTNK G VVQEQMAM DTANVYTVGI GLIDRQYGPY NLDIEYIKAV AHPPLEFKPK KEYEVEKETI LLTPGQPMEL GKGKVKELEE NL YFQGAEA AAKEAAAKAW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEK

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分子 #4: complex I assembly factor CIA84

分子名称: complex I assembly factor CIA84 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
分子量理論値: 97.098469 KDa
配列文字列: MPKNALLRSA RQVAISRVFA TSRASHVVSH APILASVRPR SNPAPYRRNF SSSRALRNDY GLDTAERSLK ESLVPFNGAP VDRKVVRDQ LMELISVSPG QVFPISVIPV VKSAYYELFR ENERVLSAGD TKTLFGAVAG NNPEDVQDLP FVLAVYHQAE Q AAETNRDS ...文字列:
MPKNALLRSA RQVAISRVFA TSRASHVVSH APILASVRPR SNPAPYRRNF SSSRALRNDY GLDTAERSLK ESLVPFNGAP VDRKVVRDQ LMELISVSPG QVFPISVIPV VKSAYYELFR ENERVLSAGD TKTLFGAVAG NNPEDVQDLP FVLAVYHQAE Q AAETNRDS RDNILLLGKY FLFQDRLDNF WKLLEAQIKT HDDVDAGFVK QLLELISVDP HLTLGNVARV LQLKTDNHVS SS DELRNAL SATLEQLYYK ENEGSEFFLS LVENHILDSK DFTPSDSVVA MILNTCVNEG REDLGQSVLR NVVSRVGNLS PGQ EDPQNC WGFWSSVAMD LHGSKTDVKA FISRLEALPH RTKATWDILI RYAVFKADLA GRNDLLQVRA LLAEMQKVGF EPDA ETYFD AYRSSKSIKP DVVHLFEAEL DIEKDTSIFA IEMDKALKNH DTLEALSIFY ESFEQGAQWE NKRLHMEAMT ELLIQ YAGL NDTSVADILQ LVQRIEPICA QGRIPYSAET AIAQNVLQRH SDTANFYTFM NRQYGNTADK VTKQDPQIRP HTYQVI HDY IYSCESERAD LAWEMYGLLH KFYVVPFADY YKAIKFFAQD VKRQDYALLT FQQIRKNHDL HGQPAATSEM VAFLFHE FA KTKYKRGIKR LHEVVALETS FDVNRDVLNE MMAAYVSVED LNRVQDCWAQ LQQLPPSIGA NNRSVDVLLS YFKDNIHY T ERTWQGIPEF GLLPTLENYE QYLINNCRTG NYRRALEITK NMEIDSGLKP TAKIIAAVYN YTFTEQRKLE VEQWAEKAH PEMWLELKEG DKLKSLCLPA NSDNDNVESL LKQASADMDE EMSGGIVKVE SV

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分子 #5: Tafazzin family protein

分子名称: Tafazzin family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150
分子量理論値: 42.835367 KDa
配列文字列: MSFRNVSLRG SQLLGKLDSR GWGWYVAKKW NIGLVYTMCK VFLRCKKVDI KGLDNLLEAH RQARLEGRGL LTVMNHTSVL DDPVVWGML PNDNGWIPYL MRWATGAKDI CYKNKLYSLF FGAGQVLPIT RFGIGGPFQP GMDMCVRLLN PNNKIKYSAK Y TPYLVHTN ...文字列:
MSFRNVSLRG SQLLGKLDSR GWGWYVAKKW NIGLVYTMCK VFLRCKKVDI KGLDNLLEAH RQARLEGRGL LTVMNHTSVL DDPVVWGML PNDNGWIPYL MRWATGAKDI CYKNKLYSLF FGAGQVLPIT RFGIGGPFQP GMDMCVRLLN PNNKIKYSAK Y TPYLVHTN ATSYPFWRES NWVHFFPEGY VHQALEPHEG TMRYFRWGTS RAVLEPVTPP IIVPMFSHGL QKVFQEIPKG YE MEGNNTN KDRTISIRIG EPISETTVAG FRNEWINLCH KENVGLNAET MPDVLKNGQE AKDLRSKVAA YLREEVEKLR LTV PNMNPE LPEFKEPEFW SDIDKVHKGV YNHRGKVRML RNPTKGLIEV VEANKD

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分子 #6: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #7: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: LMN
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

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分子 #8: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was a mixture of assembly intermediates associated with the assembly factor NDUFAF1

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6229 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2048808
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model in CryoSPARC 3.3.1
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 376810
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7o71

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7zkq:
Early Pp module assembly intermediate of complex I

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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