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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1475 | |||||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage N4 | |||||||||
マップデータ | This is an asymmetric reconstruction of bacteriophage N4 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage N4 / Podoviridae / non-contractile tail sheath / tail tube / appendages | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage N4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Choi KH / McPartland J / Kaganman I / Bowman VD / Rothman-Denes LB / Rossmann MG | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008 タイトル: Insight into DNA and protein transport in double-stranded DNA viruses: the structure of bacteriophage N4. 著者: Kyung H Choi / Jennifer McPartland / Irene Kaganman / Valorie D Bowman / Lucia B Rothman-Denes / Michael G Rossmann / 要旨: Bacteriophage N4 encapsidates a 3500-aa-long DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP), which is injected into the host along with the N4 genome upon infection. The three-dimensional structures of wild- ...Bacteriophage N4 encapsidates a 3500-aa-long DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP), which is injected into the host along with the N4 genome upon infection. The three-dimensional structures of wild-type and mutant N4 viruses lacking gp17, gp50, or gp65 were determined by cryoelectron microscopy. The virion has an icosahedral capsid with T=9 quasi-symmetry that encapsidates well-organized double-stranded DNA and vRNAP. The tail, attached at a unique pentameric vertex of the head, consists of a neck, 12 appendages, and six ribbons that constitute a non-contractile sheath around a central tail tube. Comparison of wild-type and mutant virus structures in conjunction with bioinformatics established the identity and virion locations of the major capsid protein (gp56), a decorating protein (gp17), the vRNAP (gp50), the tail sheath (gp65), the appendages (gp66), and the portal protein (gp59). The N4 virion organization provides insight into its assembly and suggests a mechanism for genome and vRNAP transport strategies utilized by this unique system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1475.map.gz | 205 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1475-v30.xml emd-1475.xml | 7.2 KB 7.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1475.gif | 92.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1475 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1475 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1475_validation.pdf.gz | 252.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1475_full_validation.pdf.gz | 252.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1475_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1475 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1475 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1475.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is an asymmetric reconstruction of bacteriophage N4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage N4
全体 | 名称: Bacteriophage N4 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacteriophage N4
超分子 | 名称: Bacteriophage N4 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 10 |
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-超分子 #1: Enterobacteria phage N4
超分子 | 名称: Enterobacteria phage N4 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage N4 / NCBI-ID: 10752 / 生物種: Enterobacteria phage N4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: bacteriophage N4 |
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宿主 | 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 740 Å / T番号(三角分割数): 9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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撮影 | デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.13 µm / 倍率(公称値): 39500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2489 |
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