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万見
- EMDB-14560: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase core -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14560
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase core
マップデータprimary map of RNAP core
試料
  • 複合体: DNA-dependent RNA polymerase core
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNA polymerase / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Brodolin K
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE11-0025 フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization
著者: Morichaud Z / Trapani S / Vishwakarma RK / Chaloin L / Lionne C / Lai-Kee-Him J / Bron P / Brodolin K
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization
著者: Morichaud Z / Trapani S / Vishwakarma R / Chaloin L / Lionne C / Lai-Kee-Him J / Bron P / Brodolin K
履歴
登録2022年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14560.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14560.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map of RNAP core
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-0.4918646 - 1.3637666
平均 (標準偏差)-0.00060012966 (±0.04853187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA-dependent RNA polymerase core

全体名称: DNA-dependent RNA polymerase core
要素
  • 複合体: DNA-dependent RNA polymerase core
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: DNA-dependent RNA polymerase core

超分子名称: DNA-dependent RNA polymerase core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 37.745328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV DATRVEQRTD FDKLILDVET KNSISPRDAL ASAGKTLVEL FGLARELNVE AEGIEIGPSP AE ADHIASF ALPIDDLDLT VRSYNCLKRE GVHTVGELVA RTESDLLDIR NFGQKSIDEV KIKLHQLGLS LKDSPPSFDP SEV AGYDVA TGTWSTEGAY DEQDYAETEQ L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: L2E3G4C5 -> V / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 129.602344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYEL SPIEDFSGSM SLSFSDPRFD DVKAPVDECK DKDMTYAAPL FVTAEFINNN TGEIKSQTVF MGDFPMMTEK G TFIINGTE ...文字列:
MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYEL SPIEDFSGSM SLSFSDPRFD DVKAPVDECK DKDMTYAAPL FVTAEFINNN TGEIKSQTVF MGDFPMMTEK G TFIINGTE RVVVSQLVRS PGVYFDETID KSTDKTLHSV KVIPSRGAWL EFDVDKRDTV GVRIDRKRRQ PVTVLLKALG WT SEQIVER FGFSEIMRST LEKDNTVGTD EALLDIYRKL RPGEPPTKES AQTLLENLFF KEKRYDLARV GRYKVNKKLG LHV GEPITS STLTEEDVVA TIEYLVRLHE GQTTMTVPGG VEVPVETDDI DHFGNRRLRT VGELIQNQIR VGMSRMERVV RERM TTQDV EAITPQTLIN IRPVVAAIKE FFGTSQLSQF MDQNNPLSGL THKRRLSALG PGGLSRERAG LEVRDVHPSH YGRMC PIET PEGPNIGLIG SLSVYARVNP FGFIETPYRK VVDGVVSDEI VYLTADEEDR HVVAQANSPI DADGRFVEPR VLVRRK AGE VEYVPSSEVD YMDVSPRQMV SVATAMIPFL EHDDANRALM GANMQRQAVP LVRSEAPLVG TGMELRAAID AGDVVVA EE SGVIEEVSAD YITVMHDNGT RRTYRMRKFA RSNHGTCANQ CPIVDAGDRV EAGQVIADGP CTDDGEMALG KNLLVAIM P WEGHNYEDAI ILSNRLVEED VLTSIHIEEH EIDARDTKLG AEEITRDIPN ISDEVLADLD ERGIVRIGAE VRDGDILVG KVTPKGETEL TPEERLLRAI FGEKAREVRD TSLKVPHGES GKVIGIRVFS REDEDELPAG VNELVRVYVA QKRKISDGDK LAGRHGNKG VIGKILPVED MPFLADGTPV DIILNTHGVP RRMNIGQILE THLGWCAHSG WKVDAAKGVP DWAARLPDEL L EAQPNAIV STPVFDGAQE AELQGLLSCT LPNRDGDVLV DADGKAMLFD GRSGEPFPYP VTVGYMYIMK LHHLVDDKIH AR STGPYSM ITQQPLGGKA QFGGQRFGEM ECWAMQAYGA AYTLQELLTI KSDDTVGRVK VYEAIVKGEN IPEPGIPESF KVL LKELQS LCLNVEVLSS DGAAIELREG EDEDLERAAA NLGINLSRNE SASVEDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 147.438344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: VNFFDELRIG LATAEDIRQW SYGEVKKPET INYRTLKPEK DGLFCEKIFG PTRDWECYCG KYKRVRFKGI ICERCGVEVT RAKVRRERM GHIELAAPVT HIWYFKGVPS RLGYLLDLAP KDLEKIIYFA AYVITSVDEE MRHNELSTLE AEMAVERKAV E DQRDGELE ...文字列:
VNFFDELRIG LATAEDIRQW SYGEVKKPET INYRTLKPEK DGLFCEKIFG PTRDWECYCG KYKRVRFKGI ICERCGVEVT RAKVRRERM GHIELAAPVT HIWYFKGVPS RLGYLLDLAP KDLEKIIYFA AYVITSVDEE MRHNELSTLE AEMAVERKAV E DQRDGELE ARAQKLEADL AELEAEGAKA DARRKVRDGG EREMRQIRDR AQRELDRLED IWSTFTKLAP KQLIVDENLY RE LVDRYGE YFTGAMGAES IQKLIENFDI DAEAESLRDV IRNGKGQKKL RALKRLKVVA AFQQSGNSPM GMVLDAVPVI PPE LRPMVQ LDGGRFATSD LNDLYRRVIN RNNRLKRLID LGAPEIIVNN EKRMLQESVD ALFDNGRRGR PVTGPGNRPL KSLS DLLKG KQGRFRQNLL GKRVDYSGRS VIVVGPQLKL HQCGLPKLMA LELFKPFVMK RLVDLNHAQN IKSAKRMVER QRPQV WDVL EEVIAEHPVL LNRAPTLHRL GIQAFEPMLV EGKAIQLHPL VCEAFNADFD GDQMAVHLPL SAEAQAEARI LMLSSN NIL SPASGRPLAM PRLDMVTGLY YLTTEVPGDT GEYQPASGDH PETGVYSSPA EAIMAADRGV LSVRAKIKVR LTQLRPP VE IEAELFGHSG WQPGDAWMAE TTLGRVMFNE LLPLGYPFVN KQMHKKVQAA IINDLAERYP MIVVAQTVDK LKDAGFYW A TRSGVTVSMA DVLVPPRKKE ILDHYEERAD KVEKQFQRGA LNHDERNEAL VEIWKEATDE VGQALREHYP DDNPIITIV DSGATGNFTQ TRTLAGMKGL VTNPKGEFIP RPVKSSFREG LTVLEYFINT HGARKGLADT ALRTADSGYL TRRLVDVSQD VIVREHDCQ TERGIVVELA ERAPDGTLIR DPYIETSAYA RTLGTDAVDE AGNVIVERGQ DLGDPEIDAL LAAGITQVKV R SVLTCATS TGVCATCYGR SMATGKLVDI GEAVGIVAAQ SIGEPGTQLT MRTFHQGGVG EDITGGLPRV QELFEARVPR GK APIADVT GRVRLEDGER FYKITIVPDD GGEEVVYDKI SKRQRLRVFK HEDGSERVLS DGDHVEVGQQ LMEGSADPHE VLR VQGPRE VQIHLVREVQ EVYRAQGVSI HDKHIEVIVR QMLRRVTIID SGSTEFLPGS LIDRAEFEAE NRRVVAEGGE PAAG RPVLM GITKASLATD SWLSAASFQE TTRVLTDAAI NCRSDKLNGL KENVIIGKLI PAGTGINRYR NIAVQPTEEA RAAAY TIPS YEDQYYSPDF GAATGAAVPL DDYGYSDYRH HHHHH

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 11.85114 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQE KPLSIALREI HADLLEHTEG E

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3064 / 平均電子線量: 49.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 721752
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab-inito reconstuction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 55008
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7pp4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7z8q:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase core

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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