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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1455 | |||||||||
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タイトル | Recycling of Aborted Ribosomal 50S Subunit-Nascent Chain-tRNA Complexes by the Heat Shock Protein Hsp15. | |||||||||
マップデータ | EM map of 50S.nc-tRNA complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / cellular response to heat / transferase activity / response to heat / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / single-stranded RNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang L / Schaffitzel C / Bingel-Erlenmeyer R / Ban N / Korber P / Koning RI / Plaisier JR / Abrahams JP | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009 タイトル: Recycling of aborted ribosomal 50S subunit-nascent chain-tRNA complexes by the heat shock protein Hsp15. 著者: Linhua Jiang / Christiane Schaffitzel / Rouven Bingel-Erlenmeyer / Nenad Ban / Philipp Korber / Roman I Koning / Daniël C de Geus / Jasper R Plaisier / Jan Pieter Abrahams / 要旨: When heat shock prematurely dissociates a translating bacterial ribosome, its 50S subunit is prevented from reinitiating protein synthesis by tRNA covalently linked to the unfinished protein chain ...When heat shock prematurely dissociates a translating bacterial ribosome, its 50S subunit is prevented from reinitiating protein synthesis by tRNA covalently linked to the unfinished protein chain that remains threaded through the exit tunnel. Hsp15, a highly upregulated bacterial heat shock protein, reactivates such dead-end complexes. Here, we show with cryo-electron microscopy reconstructions and functional assays that Hsp15 translocates the tRNA moiety from the A site to the P site of stalled 50S subunits. By stabilizing the tRNA in the P site, Hsp15 indirectly frees up the A site, allowing a release factor to land there and cleave off the tRNA. Such a release factor must be stop codon independent, suggesting a possible role for a poorly characterized class of putative release factors that are upregulated by cellular stress, lack a codon recognition domain and are conserved in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1455.map.gz | 879.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1455-v30.xml emd-1455.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1455.gif | 32.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1455 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1455 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1455_validation.pdf.gz | 298.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1455_full_validation.pdf.gz | 297.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1455_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1455 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1455 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map of 50S.nc-tRNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 50S E.coli ribosomal subunit in complex with nascent chain-tRNA
全体 | 名称: 50S E.coli ribosomal subunit in complex with nascent chain-tRNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: 50S E.coli ribosomal subunit in complex with nascent chain-tRNA
超分子 | 名称: 50S E.coli ribosomal subunit in complex with nascent chain-tRNA タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 1.6 MDa |
-超分子 #1: 50S ribosomal subunit
超分子 | 名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 1.6 MDa |
-分子 #1: nascent chain-tRNA
分子 | 名称: nascent chain-tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 30 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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撮影 | デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 42 / 詳細: Nikon super coolscan 9000 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 詳細: Final maps were calculated by "refine" subprogram |
最終 角度割当 | 詳細: EMAN:angle ~4 degrees |
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: Situs, LocalFit |
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詳細 | Protocol: multi-rigid body refinement. The domains were separately fitted manually, then optimized by Situs and LocalFit |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor |
得られたモデル | PDB-3bbu: PDB-3bbv: PDB-3bbx: |