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万見
- EMDB-14268: Bovine complex I in the presence of IM1761092, active class iv (H... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14268
タイトルBovine complex I in the presence of IM1761092, active class iv (Hydrophilic domain)
マップデータHydrophilic domain globally sharpened
試料
  • 複合体: NADH Ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Bridges HR / Blaza JN / Yin Z / Chung I / Hirst J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105663141 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural basis of mammalian respiratory complex I inhibition by medicinal biguanides.
著者: Hannah R Bridges / James N Blaza / Zhan Yin / Injae Chung / Michael N Pollak / Judy Hirst /
要旨: The molecular mode of action of biguanides, including the drug metformin, which is widely used in the treatment of diabetes, is incompletely characterized. Here, we define the inhibitory drug-target ...The molecular mode of action of biguanides, including the drug metformin, which is widely used in the treatment of diabetes, is incompletely characterized. Here, we define the inhibitory drug-target interaction(s) of a model biguanide with mammalian respiratory complex I by combining cryo-electron microscopy and enzyme kinetics. We interpret these data to explain the selectivity of biguanide binding to different enzyme states. The primary inhibitory site is in an amphipathic region of the quinone-binding channel, and an additional binding site is in a pocket on the intermembrane-space side of the enzyme. An independent local chaotropic interaction, not previously described for any drug, displaces a portion of a key helix in the membrane domain. Our data provide a structural basis for biguanide action and enable the rational design of medicinal biguanides.
履歴
登録2022年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14268.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hydrophilic domain globally sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 660 pix.
= 482.46 Å		0.73 Å/pix.
x 660 pix.
= 482.46 Å		0.73 Å/pix.
x 660 pix.
= 482.46 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.042042837 - 0.11611702
平均 (標準偏差)-0.00020549024 (±0.0032982149)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ660660660
Spacing660660660
セルA=B=C: 482.46 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14268_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hydrophilic domain halfmap1

ファイルemd_14268_half_map_1.map
注釈Hydrophilic domain halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Hydrophilic domain halfmap2

ファイルemd_14268_half_map_2.map
注釈Hydrophilic domain halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NADH Ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

全体名称: NADH Ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
要素
  • 複合体: NADH Ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

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超分子 #1: NADH Ubiquinone oxidoreductase (Complex I)

超分子名称: NADH Ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#45
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Heart
分子量理論値: 1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.14
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium Chloride
0.05 %C24H46O11n-Dodecyl-B-D-Maltoside
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Grid also covalently modified by peg-thiol for 48 hours in a nitrogen atmosphere.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31957
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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