+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14235 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mink Variant SARS-CoV-2 Spike with 2 Erect RBDs | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Benton DJ / Wrobel AG / Gamblin SJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution of the SARS-CoV-2 spike protein in the human host. 著者: Antoni G Wrobel / Donald J Benton / Chloë Roustan / Annabel Borg / Saira Hussain / Stephen R Martin / Peter B Rosenthal / John J Skehel / Steven J Gamblin / ![]() 要旨: Recently emerged variants of SARS-CoV-2 contain in their surface spike glycoproteins multiple substitutions associated with increased transmission and resistance to neutralising antibodies. We have ...Recently emerged variants of SARS-CoV-2 contain in their surface spike glycoproteins multiple substitutions associated with increased transmission and resistance to neutralising antibodies. We have examined the structure and receptor binding properties of spike proteins from the B.1.1.7 (Alpha) and B.1.351 (Beta) variants to better understand the evolution of the virus in humans. Spikes of both variants have the same mutation, N501Y, in the receptor-binding domains. This substitution confers tighter ACE2 binding, dependent on the common earlier substitution, D614G. Each variant spike has acquired other key changes in structure that likely impact virus pathogenesis. The spike from the Alpha variant is more stable against disruption upon binding ACE2 receptor than all other spikes studied. This feature is linked to the acquisition of a more basic substitution at the S1-S2 furin site (also observed for the variants of concern Delta, Kappa, and Omicron) which allows for near-complete cleavage. In the Beta variant spike, the presence of a new substitution, K417N (also observed in the Omicron variant), in combination with the D614G, stabilises a more open spike trimer, a conformation required for receptor binding. Our observations suggest ways these viruses have evolved to achieve greater transmissibility in humans. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.7 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 102.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7r19MC ![]() 7r0zC ![]() 7r10C ![]() 7r11C ![]() 7r12C ![]() 7r13C ![]() 7r14C ![]() 7r15C ![]() 7r16C ![]() 7r17C ![]() 7r18C ![]() 7r1aC ![]() 7r1bC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.078 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14235_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14235_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Mink Variant SARS-CoV-2 Spike with 2 Erect RBDs
全体 | 名称: Mink Variant SARS-CoV-2 Spike with 2 Erect RBDs |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Mink Variant SARS-CoV-2 Spike with 2 Erect RBDs
超分子 | 名称: Mink Variant SARS-CoV-2 Spike with 2 Erect RBDs / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 420 KDa |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 141.944516 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV C EFQFCNDP ...文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV C EFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV YSSANNCTFE YVSQPFLMDL EGKQGNFKNL REFVFKNIDG YFKIYSKHTP IN LVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QTLLALHRSY LTPGDSSSGW TAGAAAYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDC ALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRVQPTESIV RFPNITNLCP FGEVFNATRF ASVYAWNRKR ISNCVADYSV LYNS ASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQTG KIADYNYKLP DDFTGCVIAW NSNNLDSKVG GNYNY LFRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPCNGVEG FNCYFPLQSY GFQPTNGVGY QPYRVVVLSF ELLHAPATVC GPKKST NLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFLPFQQ FGRDIADTTD AVRDPQTLEI LDITPCSFGG VSVITPGTNT SNQVAVL YQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGSNVF QTRAGCLIGA EHVNNSYECD IPIGAGICAS YQTQTNSPSR ASSVASQS V IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTMYI CGDSTECSNL LLQYGSFCTQ LNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGFN FSQILPDPSK PSKRSFIEDL LFNKVTLADA GFIKQYGDCL GDIAARDLIC AQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GAALQIPFAM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA I GKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL NTLVKQLSSN FGAISSVLND ILSRLDPPEA EVQIDRLITG RLQSLQTYVT QQ LIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GVVFLHVTYV PAQEKNFTTA PAICHDGKAH FPR EGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNTFVSGNCD VVIGIVNNTV YDPLQPELDS FKEELDKYFK NHTSPDVDLG DISG INASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDLQELGKY EQSGRENLYF QGGGGSGYIP EAPRDGQAYV RKDGEWVLLS TFLGH HHHH H |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 30 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |