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- EMDB-14206: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14206
タイトルCryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex
マップデータLocal filtered map
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex
キーワードCryo EM / RNA polymerase / transcription intermediate complex / sigma54 / TRANSCRIPTION
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Ye FZ / Zhang XD
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N007816/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P007503/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanisms of DNA opening revealed in AAA+ transcription complex structures.
著者: Fuzhou Ye / Forson Gao / Xiaojiao Liu / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
要旨: Gene transcription is carried out by RNA polymerase (RNAP) and requires the conversion of the initial closed promoter complex, where DNA is double stranded, to a transcription-competent open promoter ...Gene transcription is carried out by RNA polymerase (RNAP) and requires the conversion of the initial closed promoter complex, where DNA is double stranded, to a transcription-competent open promoter complex, where DNA is opened up. In bacteria, RNAP relies on σ factors for its promoter specificities. Using a special form of sigma factor (σ), which forms a stable closed complex and requires its activator that belongs to the AAA+ ATPases (ATPases associated with diverse cellular activities), we obtained cryo-electron microscopy structures of transcription initiation complexes that reveal a previously unidentified process of DNA melting opening. The σ amino terminus threads through the locally opened up DNA and then becomes enclosed by the AAA+ hexameric ring in the activator-bound intermediate complex. Our structures suggest how ATP hydrolysis by the AAA+ activator could remove the σ inhibition while helping to open up DNA, using σ amino-terminal peptide as a pry bar.
履歴
登録2022年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14206.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14206.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.037099257 - 0.092782475
平均 (標準偏差)0.0004870952 (±0.0037229613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promo...

全体名称: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex

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超分子 #1: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promo...

超分子名称: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: complex composition: RNA polymease plus promoter DNA and transcription activator PspF
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 700 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
8.0 mMC32H58N2O7SCHAPSO
150.0 mMKCLpotassium chloride
10.0 mMMgCL2Magnesium chloride

詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM KCl, 10 mM MgCl2,8 mM CHAPSO
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was mxied in vitro in an order to form complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14780 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2200000
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3696

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. Relion3.1) / 使用した粒子像数: 21718
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. Relion3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. Relion3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. Relion3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5nsr


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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