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- EMDB-14098: Structure of the human inner kinetochore CCAN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14098
タイトルStructure of the human inner kinetochore CCAN complex
マップデータmain map
試料
  • 複合体: human inner kinetochore CCAN complex
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
キーワードINNER KINETOCHORE / CCAN / COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Mis6-Sim4 complex / positive regulation of protein localization to kinetochore / centromere complex assembly / kinetochore organization / spindle attachment to meiosis I kinetochore / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / centromeric DNA binding ...Mis6-Sim4 complex / positive regulation of protein localization to kinetochore / centromere complex assembly / kinetochore organization / spindle attachment to meiosis I kinetochore / metaphase chromosome alignment / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / centromeric DNA binding / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / inner kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid segregation / centriolar satellite / chromosome, centromeric region / chromosome organization / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / pericentric heterochromatin / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / mitotic spindle organization / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / nuclear matrix / Separation of Sister Chromatids / actin cytoskeleton / mitotic cell cycle / chromosome / midbody / nuclear body / cell adhesion / protein heterodimerization activity / cell division / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / apoptotic process / signal transduction / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Centromere protein W / : / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q ...Centromere protein W / : / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P / CENP-A nucleosome associated complex (NAC) subunit / Centromere protein H, C-terminal / Centromere protein Cenp-M / Centromere protein Cenp-K / Centromere protein H / Centromere protein H (CENP-H) / Centromere protein M (CENP-M) / Centromere-associated protein K / Centromere protein I / Mis6 / CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Centromere assembly component CENP-C middle DNMT3B-binding region / Centromere protein O / : / Cenp-O kinetochore centromere component / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L / Centromere protein I / Centromere protein T / Centromere protein N ...Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L / Centromere protein I / Centromere protein T / Centromere protein N / Centromere protein K / Centromere protein O / Centromere protein H / Centromere protein M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Vetter IR / Pesenti M / Raisch T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of the human inner kinetochore CCAN complex and its significance for human centromere organization.
著者: Marion E Pesenti / Tobias Raisch / Duccio Conti / Kai Walstein / Ingrid Hoffmann / Dorothee Vogt / Daniel Prumbaum / Ingrid R Vetter / Stefan Raunser / Andrea Musacchio /
要旨: Centromeres are specialized chromosome loci that seed the kinetochore, a large protein complex that effects chromosome segregation. A 16-subunit complex, the constitutive centromere associated ...Centromeres are specialized chromosome loci that seed the kinetochore, a large protein complex that effects chromosome segregation. A 16-subunit complex, the constitutive centromere associated network (CCAN), connects between the specialized centromeric chromatin, marked by the histone H3 variant CENP-A, and the spindle-binding moiety of the kinetochore. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of human CCAN. We highlight unique features such as the pseudo GTPase CENP-M and report how a crucial CENP-C motif binds the CENP-LN complex. The CCAN structure has implications for the mechanism of specific recognition of the CENP-A nucleosome. A model consistent with our structure depicts the CENP-C-bound nucleosome as connected to the CCAN through extended, flexible regions of CENP-C. An alternative model identifies both CENP-C and CENP-N as specificity determinants but requires CENP-N to bind CENP-A in a mode distinct from the classical nucleosome octamer.
履歴
登録2021年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14098.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 268.8 Å		0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 268.8 Å		0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.0010002586 - 0.020386236
平均 (標準偏差)0.00024873368 (±0.0006638026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14098_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_14098_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_14098_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human inner kinetochore CCAN complex

全体名称: human inner kinetochore CCAN complex
要素
  • 複合体: human inner kinetochore CCAN complex
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein C
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein H
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein I
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein K
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein L
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein M
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein N
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein O
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein P
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein U
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Q
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein R
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein T
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein W
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein

+
超分子 #1: human inner kinetochore CCAN complex

超分子名称: human inner kinetochore CCAN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 451 KDa

+
分子 #1: Centromere protein C

分子名称: Centromere protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.856004 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAASGLDHLK NGYRRRFCRP SRARDINTEQ GQNVLEILQD CFEEKSLAND FSTNSTKSVP NSTRKIKDTC IQSPSKECQK SHPKSVPVS SKKKEASLQF VVEPSEATNR SVQAHEVHQK ILATDVSSKN TPDSKKISSR NINDHHSEAD EEFYLSVGSP S VLLDAKTS ...文字列:
MAASGLDHLK NGYRRRFCRP SRARDINTEQ GQNVLEILQD CFEEKSLAND FSTNSTKSVP NSTRKIKDTC IQSPSKECQK SHPKSVPVS SKKKEASLQF VVEPSEATNR SVQAHEVHQK ILATDVSSKN TPDSKKISSR NINDHHSEAD EEFYLSVGSP S VLLDAKTS VSQNVIPSSA QKRETYTFEN SVNMLPSSTE VSVKTKKRLN FDDKVMLKKI EIDNKVSDEE DKTSEGQERK PS GSSQNRI RDSEYEIQRQ AKKSFSTLFL ETVKRKSESS PIVRHAATAP PHSCPPDDTK LIEDEFIIDE SDQSFASRSW ITI PRKAGS LKQRTISPAE STALLQGRKS REKHHNILPK TLANDKHSHK PHPVETSQPS DKTVLDTSYA LIGETVNNYR STKY EMYSK NAEKPSRSKR TIKQKQRRKF MAKPAEEQLD VGQSKDENIH TSHITQDEFQ RNSDRNMEEH EEMGNDCVSK KQMPP VGSK KSSTRKDKEE SKKKRFSSES KNKLVPEEVT STVTKSRRIS RRPSDWWVVK SEESPVYSNS

UniProtKB: Centromere protein C

+
分子 #2: Centromere protein H

分子名称: Centromere protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.520941 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEEQPQMQDA DEPADSGGEG RAGGPPQVAG AQAACSEDRM TLLLRLRAQT KQQLLEYKSM VDASEEKTPE QIMQEKQIEA KIEDLENEI EEVKVAFEIK KLALDRMRLS TALKKNLEKI SRQSSVLMDN MKHLLELNKL IMKSQQESWD LEEKLLDIRK K RLQLKQAS ...文字列:
MEEQPQMQDA DEPADSGGEG RAGGPPQVAG AQAACSEDRM TLLLRLRAQT KQQLLEYKSM VDASEEKTPE QIMQEKQIEA KIEDLENEI EEVKVAFEIK KLALDRMRLS TALKKNLEKI SRQSSVLMDN MKHLLELNKL IMKSQQESWD LEEKLLDIRK K RLQLKQAS ESKLLEIQTE KNKQKIDLDS MENSERIKII RQNLQMEIKI TTVIQHVFQN LILGSKVNWA EDPALKEIVL QL EKNVDMM

UniProtKB: Centromere protein H

+
分子 #3: Centromere protein I

分子名称: Centromere protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.820188 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSPQKRVKNV QAQNRTSQGS SSFQTTLSAW KVKQDPSNSK NISKHGQNNP VGDYEHADDQ AEEDALQMAV GYFEKGPIKA SQNKDKTLE KHLKTVENVA WKNGLASEEI DILLNIALSG KFGNAVNTRI LKCMIPATVI SEDSVVKAVS WLCVGKCSGS T KVLFYRWL ...文字列:
MSPQKRVKNV QAQNRTSQGS SSFQTTLSAW KVKQDPSNSK NISKHGQNNP VGDYEHADDQ AEEDALQMAV GYFEKGPIKA SQNKDKTLE KHLKTVENVA WKNGLASEEI DILLNIALSG KFGNAVNTRI LKCMIPATVI SEDSVVKAVS WLCVGKCSGS T KVLFYRWL VAMFDFIDRK EQINLLYGFF FASLQDDALC PYVCHLLYLL TKKENVKPFR VRKLLDLQAK MGMQPHLQAL LS LYKFFAP ALISVSLPVR KKIYFKNSEN LWKTALLAVK QRNRGPSPEP LKLMLGPANV RPLKRKWNSL SVIPVLNSSS YTK ECGKKE MSLSDCLNRS GSFPLEQLQS FPQLLQNIHC LELPSQMGSV LNNSLLLHYI NCVRDEPVLL RFYYWLSQTL QEEC IWYKV NNYEHGKEFT NFLDTIIRAE CFLQEGFYSC EAFLYKSLPL WDGLCCRSQF LQLVSWIPFS SFSEVKPLLF DHLAQ LFFT STIYFKCSVL QSLKELLQNW LLWLSMDIHM KPVTNSPLET TLGGSMNSVS KLIHYVGWLS TTAMRLESNN TFLLHF ILD FYEKVCDIYI NYNLPLVVLF PPGIFYSALL SLDTSILNQL CFIMHRYRKN LTAAKKNELV QKTKSEFNFS SKTYQEF NH YLTSMVGCLW TSKPFGKGIY IDPEILEKTG VAEYKNSLNV VHHPSFLSYA VSFLLQESPE ERTVNVSSIR GKKWSWYL D YLFSQGLQGL KLFIRSSVHH SSIPRAEGIN CNNQY

UniProtKB: Centromere protein I

+
分子 #4: Centromere protein K

分子名称: Centromere protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.69607 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNQEDLDPDS TTDVGDVTNT EEELIRECEE MWKDMEECQN KLSLIGTETL TDSNAQLSLL IMQVKCLTAE LSQWQKKTPE TIPLTEDVL ITLGKEEFQK LRQDLEMVLS TKESKNEKLK EDLEREQRWL DEQQQIMESL NVLHSELKNK VETFSESRIF N ELKTKMLN ...文字列:
MNQEDLDPDS TTDVGDVTNT EEELIRECEE MWKDMEECQN KLSLIGTETL TDSNAQLSLL IMQVKCLTAE LSQWQKKTPE TIPLTEDVL ITLGKEEFQK LRQDLEMVLS TKESKNEKLK EDLEREQRWL DEQQQIMESL NVLHSELKNK VETFSESRIF N ELKTKMLN IKEYKEKLLS TLGEFLEDHF PLPDRSVKKK KKNIQESSVN LITLHEMLEI LINRLFDVPH DPYVKISDSF WP PYVELLL RNGIALRHPE DPTRIRLEAF HQ

UniProtKB: Centromere protein K

+
分子 #5: Centromere protein L

分子名称: Centromere protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.039641 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLK EYSRLLNAFI VAEKQKGLAV EVGEDFNIKV IFSTLLGMKG TQRDPEAFLV QIVSKSQLPS ENREGKVLWT G WFCCVFGD ...文字列:
MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLK EYSRLLNAFI VAEKQKGLAV EVGEDFNIKV IFSTLLGMKG TQRDPEAFLV QIVSKSQLPS ENREGKVLWT G WFCCVFGD SLLETVSEDF TCLPLFLANG AESNTAIIGT WFQKTFDCYF SPLAINAFNL SWMAAMWTAC KMDHYVATTE FL WSVPCSP QSLDISFAIH PEDAKALWDS VHKTPGEVTQ EEVDLFMDCL YSHFHRHFKI HLSATRLVRV STSVASAHTD GKI KILCHK YLIGVLAYLT ELAIFQIE

UniProtKB: Centromere protein L

+
分子 #6: Centromere protein M

分子名称: Centromere protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.761945 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSVLRPLDKL PGLNTATILL VGTEDALLQQ LADSMLKEDC ASELKVHLAK SLPLPSSVNR PRIDLIVFVV NLHSKYSLQN TEESLRHVD ASFFLGKVCF LATGAGRESH CSIHRHTVVK LAHTYQSPLL YCDLEVEGFR ATMAQRLVRV LQICAGHVPG V SALNLLSL LRSSEGPSLE DL

UniProtKB: Centromere protein M

+
分子 #7: Centromere protein N

分子名称: Centromere protein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.609551 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWEVFQMS KGPGEDVDLF DMKQFKNSFK KILQRALKNV TVSFRETEEN AVWIRIAWGT QYTKPNQYKP TYVVYYSQTP Y AFTSSSML ...文字列:
MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWEVFQMS KGPGEDVDLF DMKQFKNSFK KILQRALKNV TVSFRETEEN AVWIRIAWGT QYTKPNQYKP TYVVYYSQTP Y AFTSSSML RRNTPLLGQA LTIASKHHQI VKMDLRSRYL DSLKAIVFKQ YNQTFETHNS TTPLQERSLG LDINMDSRII HE NIVEKER VQRITQETFG DYPQPQLEFA QYKLETKFKS GLNGSILAER EEPLRCLIKF SSPHLLEALK SLAPAGIADA PLS PLLTCI PNKRMNYFKI RDK

UniProtKB: Centromere protein N

+
分子 #8: Centromere protein O

分子名称: Centromere protein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.830637 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEQANPLRPD GESKGGVLAH LERLETQVSR SRKQSEELQS VQAQEGALGT KIHKLRRLRD ELRAVVRHRR ASVKACIANV EPNQTVEIN EQEALEEKLE NVKAILQAYH FTGLSGKLTS RGVCVCISTA FEGNLLDSYF VDLVIQKPLR IHHHSVPVFI P LEEIAAKY ...文字列:
MEQANPLRPD GESKGGVLAH LERLETQVSR SRKQSEELQS VQAQEGALGT KIHKLRRLRD ELRAVVRHRR ASVKACIANV EPNQTVEIN EQEALEEKLE NVKAILQAYH FTGLSGKLTS RGVCVCISTA FEGNLLDSYF VDLVIQKPLR IHHHSVPVFI P LEEIAAKY LQTNIQHFLF SLCEYLNAYS GRKYQADRLQ SDFAALLTGP LQRNPLCNLL SFTYKLDPGG QSFPFCARLL YK DLTATLP TDVTVTCQGV EVLSTSWEEQ RASHETLFCT KPLHQVFASF TRKGEKLDMS LVS

UniProtKB: Centromere protein O

+
分子 #9: Centromere protein P

分子名称: Centromere protein P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.210949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDAELAEVRA LQAEIAALRR ACEDPPAPWE EKSRVQKSFQ AIHQFNLEGW KSSKDLKNQL GHLESELSFL STLTGINIRN HSKQTEDLT STEMTEKSIR KVLQRHRLSG NCHMVTFQLE FQILEIQNKE RLSSAVTDLN IIMEPTECSE LSEFVSRAEE R KDLFMFFR ...文字列:
MDAELAEVRA LQAEIAALRR ACEDPPAPWE EKSRVQKSFQ AIHQFNLEGW KSSKDLKNQL GHLESELSFL STLTGINIRN HSKQTEDLT STEMTEKSIR KVLQRHRLSG NCHMVTFQLE FQILEIQNKE RLSSAVTDLN IIMEPTECSE LSEFVSRAEE R KDLFMFFR SLHFFVEWFE YRKRTFKHLK EKYPDAVYLS EGPSSCSMGI RSASRPGFEL VIVWRIQIDE DGKVFPKLDL LT KVPQRAL ELDKNRAIET APLSFRTLVG LLGIEAALES LIKSLCAEEN N

UniProtKB: Centromere protein P

+
分子 #10: Centromere protein U

分子名称: Centromere protein U / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.609766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPRGRRRPR PHRSEGARRS KNTLERTHSM KDKAGQKCKP IDVFDFPDNS DVSSIGRLGE NEKDEETYET FDPPLHSTAI YADEEEFSK HCGLSLSSTP PGKEAKRSSD TSGNEASEIE SVKISAKKPG RKLRPISDDS ESIEESDTRR KVKSAEKIST Q RHEVIRTT ...文字列:
MAPRGRRRPR PHRSEGARRS KNTLERTHSM KDKAGQKCKP IDVFDFPDNS DVSSIGRLGE NEKDEETYET FDPPLHSTAI YADEEEFSK HCGLSLSSTP PGKEAKRSSD TSGNEASEIE SVKISAKKPG RKLRPISDDS ESIEESDTRR KVKSAEKIST Q RHEVIRTT ASSELSEKPA ESVTSKKTGP LSAQPSVEKE NLAIESQSKT QKKGKISHDK RKKSRSKAIG SDTSDIVHIW CP EGMKTSD IKELNIVLPE FEKTHLEHQQ RIESKVCKAA IATFYVNVKE QFIKMLKESQ MLTNLKRKNA KMISDIEKKR QRM IEVQDE LLRLEPQLKQ LQTKYDELKE RKSSLRNAAY FLSNLKQLYQ DYSDVQAQEP NVKETYDSSS LPALLFKART LLGA ESHLR NINHQLEKLL DQG

UniProtKB: Centromere protein U

+
分子 #11: Centromere protein Q

分子名称: Centromere protein Q / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.648375 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGKANASKK NAQQLKRNPK RKKDNEEVVL SENKVRNTVK KNKNHLKDLS SEGQTKHTNL KHGKTAASKR KTWQPLSKST RDHLQTMME SVIMTILSNS IKEKEEIQYH LNFLKKRLLQ QCETLKVPPK KMEDLTNVSS LLNMERARDK ANEEGLALLQ E EIDKMVET ...文字列:
MSGKANASKK NAQQLKRNPK RKKDNEEVVL SENKVRNTVK KNKNHLKDLS SEGQTKHTNL KHGKTAASKR KTWQPLSKST RDHLQTMME SVIMTILSNS IKEKEEIQYH LNFLKKRLLQ QCETLKVPPK KMEDLTNVSS LLNMERARDK ANEEGLALLQ E EIDKMVET TELMTGNIQS LKNKIQILAS EVEEEEERVK QMHQINSSGV LSLPELSQKT LKAPTLQKEI LALIPNQNAL LK DLDILHN SSQMKSMSTF IEEAYKKLDA S

UniProtKB: Centromere protein Q

+
分子 #12: Centromere protein R

分子名称: Centromere protein R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.228297 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MPVKRSLKLD GLLEENSFDP SKITRKKSVI TYSPTTGTCQ MSLFASPTSS EEQKHRNGLS NEKRKKLNHP SLTESKESTT KDNDEFMML LSKVEKLSEE IMEIMQNLSS IQALEGSREL ENLIGISCAS HFLKREMQKT KELMTKVNKQ KLFEKSTGLP H KASRHLDS YEFLKAILN

UniProtKB: Centromere protein R

+
分子 #13: Centromere protein T

分子名称: Centromere protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.502613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MADHNPDSDS TPRTLLRRVL DTADPRTPRR PRSARAGARR ALLETASPRK LSGQTRTIAR GRSHGARSVG RSAHIQASGH LEEQTPRTL LKNILLTAPE SSILMPESVV KPVPAPQAVQ PSRQESSCGS LELQLPELEP PTTLAPGLLA PGRRKQRLRL S VFQQGVDQ ...文字列:
MADHNPDSDS TPRTLLRRVL DTADPRTPRR PRSARAGARR ALLETASPRK LSGQTRTIAR GRSHGARSVG RSAHIQASGH LEEQTPRTL LKNILLTAPE SSILMPESVV KPVPAPQAVQ PSRQESSCGS LELQLPELEP PTTLAPGLLA PGRRKQRLRL S VFQQGVDQ GLSLSQEPQG NADASSLTRS LNLTFATPLQ PQSVQRPGLA RRPPARRAVD VGAFLRDLRD TSLAPPNIVL ED TQPFSQP MVGSPNVYHS LPCTPHTGAE DAEQAAGRKT QSSGPGLQKN SPGKPAQFLA GEAEEVNAFA LGFLSTSSGV SGE DEVEPL HDGVEEAEKK MEEEGVSVSE MEATGAQGPS RVEEAEGHTE VTEAEGSQGT AEADGPGASS GDEDASGRAA SPES ASSTP ESLQARRHHQ FLEPAPAPGA AVLSSEPAEP LLVRHPPRPR TTGPRPRQDP HKAGLSHYVK LFSFYAKMPM ERKAL EMVE KCLDKYFQHL CDDLEVFAAH AGRKTVKPED LELLMRRQGL VTDQVSLHVL VERHLPLEYR QLLIPCAYSG NSVFPA Q

UniProtKB: Centromere protein T

+
分子 #14: Centromere protein W

分子名称: Centromere protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.087236 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MALSTIVSQR KQIKRKAPRG FLKRVFKRKK PQLRLEKSGD LLVHLNCLLF VHRLAEESRT NACASKCRVI NKEHVLAAAK VILKKSRG

UniProtKB: Centromere protein W

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分子 #15: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.294587 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 0.0025% Triton
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5 seconds at blot force -3.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1540 / 平均電子線量: 76.8 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode with 80 frames per image in superresolution mode with 0.35 A/px (0.7A native)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 140910
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2 predictions
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 25206
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7qoo:
Structure of the human inner kinetochore CCAN complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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